【目的】初步篩選內(nèi)異癥患者異位內(nèi)膜與在位內(nèi)膜差異表達(dá)的基因,為后續(xù)的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證研究提供線索�！痉椒ā�(1)在GEO(Gene Expression Omnibus)數(shù)據(jù)庫中,以“endometriosis”為關(guān)鍵詞檢索m RNA芯片。建立納入標(biāo)準(zhǔn):來源于人類組織;子宮內(nèi)膜異位癥患者的異位內(nèi)膜及其在位內(nèi)膜的配對(duì)芯片;來自全基因組m RNA表達(dá)的芯片。(2)利用GCBI(Gene-Cloud of Biotechnology Information)對(duì)篩選的芯片進(jìn)行數(shù)據(jù)處理(P值≤0.01,Q值￡0.01、差異倍數(shù)≥2),篩選出2組芯片中差異表達(dá)基因的交集。(3)應(yīng)用DAVID(The Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)在線數(shù)據(jù)庫對(duì)差異基因賦予GO功能注釋及KEGG通路分析。(4)篩選出既有GO功能又存在KEGG通路的差異基因。(5)利用String數(shù)據(jù)庫構(gòu)建差異基因編碼的蛋白間相互作用網(wǎng)絡(luò),篩選關(guān)聯(lián)性較強(qiáng)的節(jié)點(diǎn)蛋白(分值≥0.4)�！窘Y(jié)果】(1)滿足納入標(biāo)準(zhǔn)的m RNA芯片有2個(gè),分別是GSE7305和GSE11691。(2)對(duì)GSE7305和GSE11691進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘,篩選出59個(gè)差異基因。其中在2個(gè)芯片中均呈低表達(dá)的差異基因有43個(gè),均呈高表達(dá)的差異基因有10個(gè),表達(dá)趨勢(shì)不同者有6個(gè)。剔除表達(dá)趨勢(shì)不同的6個(gè)基因,選取剩余的53個(gè)差異基因進(jìn)行后續(xù)的功能分析。(3)差異基因的GO(Gene Ontology)分析及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析結(jié)果:生物學(xué)過程共有8個(gè),主要集中在細(xì)胞粘附、免疫反應(yīng)、補(bǔ)體經(jīng)典激活途徑、負(fù)趨化性等方面。分子功能共有6個(gè),主要集中蛋白質(zhì)結(jié)合、鈣離子結(jié)合、細(xì)胞外基質(zhì)結(jié)構(gòu)成分、MHC-II受體活性、3',5'-環(huán)核苷酸磷酸二酯酶活性等方面。細(xì)胞學(xué)組件共有20個(gè),主要涉及在漿膜、漿膜外側(cè)、細(xì)胞外區(qū)域、細(xì)胞表面、細(xì)胞外基質(zhì)、高爾基體膜、溶酶體膜、MHC-II蛋白復(fù)合物等。KEGG通路分析,發(fā)現(xiàn)35條通路,主要涉及三大類:信號(hào)通路(MAPK信號(hào)通路、PI3K-Akt信號(hào)通路),細(xì)胞粘附(細(xì)胞粘附分子、局部粘附),免疫相關(guān)性疾病的通路(如Ig A腸免疫、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、系統(tǒng)性紅斑狼瘡、同種異體移植排斥、移植物抗宿主疾病、自身免疫性甲狀腺疾病、抗原處理和提呈等)(4)篩選到既有GO功能,又存在于KEGG通路的差異基因共9個(gè),分別是AOC3、C3、PDE1A、PDE2A、PDGFA、SLIT2、A2M、HLA-DRB1、HLA-DPA1。(5)蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)結(jié)果顯示49個(gè)節(jié)點(diǎn),14條蛋白間相互作用,分值較高的部分蛋白為:PTPRC、HLA-DQA1、HLA-DQB1、PTPRC、MCAM、CXCL12、C3、CLU、A2M、TGFBR2、SYNPO、BGN、PDE2A等,其中PTPRC、HLA-DQA1、HLA-DQB1存在顯著關(guān)聯(lián)�！窘Y(jié)論】(1)本文利用生物信息學(xué)方法對(duì)公共數(shù)據(jù)GEO中子宮內(nèi)膜異位癥m RNA芯片進(jìn)行分析,篩選內(nèi)異癥異位內(nèi)膜表達(dá)的差異基因,最終篩選出差異基因共9個(gè),分別是AOC3、C3、PDE1A、PDE2A、PDGFA、SLIT2、A2M、HLA-DRB1、HLA-DPA1。(2)對(duì)差異基因賦予功能分析,發(fā)現(xiàn):ACO3主要參與細(xì)胞粘附及苯丙氨酸代謝過程。PDGFA主要涉及MAPK信號(hào)通路、PI3K-Akt信號(hào)通路、細(xì)胞因子受體間相互作用及細(xì)胞局部粘附等。C3、A2M參與補(bǔ)體及凝血激活的級(jí)聯(lián)反應(yīng)。PDE1A、PDE2A主要涉及3',5'-環(huán)核苷酸磷酸二酯酶活性、嘌呤代謝。HLA-DRB1、HLA-DPA1主要涉及免疫反應(yīng),參與免疫相關(guān)性疾病。
【學(xué)位單位】：華中科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：R711.71
【部分圖文】：

圖 1. 差異基因分析方案2.3.1 輸入數(shù)據(jù)并對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分組：組 1 為 GSE7305,將其分為 實(shí)驗(yàn)組 1：輸入 10 個(gè)卵巢子宮內(nèi)膜囊腫的樣本芯片據(jù)；對(duì)照組 1：輸入 10 個(gè)同患者在位子宮內(nèi)膜的樣本芯片數(shù)據(jù)。

14圖 2. GSE7305 中差異基因表達(dá)的熱圖熱圖：每個(gè)方格代表一種基因，顏色表示表達(dá)量的大小。右側(cè)顏色欄顯示：紅色代表高表達(dá)，綠色代表低表達(dá)，越接近紅色，表示該基因的表達(dá)量越高。

圖 3. GSE7305 中差異基因的火山圖每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)基因，橘色表示顯著差異表達(dá)的基因GSE11691 中篩選出的差異基因共有 94 個(gè)（P 值 0.01，Q 值 0.01，差異倍數(shù)中高表達(dá)的差異基因有 22 個(gè)，低表達(dá)的差異基因有 72 個(gè)（見圖 4、圖 5）。

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前4條

1 紀(jì)娜;趙莉;馮忻;羅立梅;梁婷;莊晨玉;張麗華;;miRNA-155及其靶基因在子宮內(nèi)膜異位癥中的生物學(xué)作用及分子機(jī)制[J];海南醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào);2015年11期

2 王芳;朱穎軍;何宏月;;miRNA-135a對(duì)子宮內(nèi)膜異位癥HOXA10基因表達(dá)的調(diào)控的研究[J];現(xiàn)代婦產(chǎn)科進(jìn)展;2014年10期

3 王春紅;魏靜波;曲銀娥;田艷霞;薛素萍;;血管內(nèi)皮生長因子及其受體在子宮內(nèi)膜異位癥中的表達(dá)和意義[J];中國免疫學(xué)雜志;2013年06期

4 程明軍;徐叢劍;;子宮內(nèi)膜異位癥的發(fā)病機(jī)制理論及學(xué)說[J];中國實(shí)用婦科與產(chǎn)科雜志;2007年07期

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1 張海燕;非編碼小核酸miR-141與COX-2在子宮內(nèi)膜異位癥的在位內(nèi)膜中的表達(dá)及相關(guān)性研究[D];復(fù)旦大學(xué);2013年

本文編號(hào)：2834176