目的:通過全基因組測序及全外顯子測序?qū)m頸腺癌發(fā)生相關(guān)的體細(xì)胞突變、拷貝數(shù)改變及結(jié)構(gòu)改變等基因組變異進(jìn)行鑒定,繪制特異性宮頸腺癌的基因突變圖譜,鑒定關(guān)鍵性突變基因及驅(qū)動基因,探索宮頸腺癌中發(fā)生的人乳頭瘤病毒(HPV)整合事件及相關(guān)基因組學(xué)改變;通過全轉(zhuǎn)錄組測序,探索宮頸腺癌與宮頸鱗癌在轉(zhuǎn)錄組水平基因差異表達(dá)情況。方法:1.收集20例原發(fā)性宮頸腺癌患者的腺癌組織及其配對的癌旁正常組織,提取基因組DNA構(gòu)建DNA文庫,行全外顯子測序及全基因組測序。通過測序數(shù)據(jù)質(zhì)量的評估、生物信息技術(shù)分析鑒定宮頸腺癌發(fā)生的體細(xì)胞單核苷酸變異、小片段插入缺失、拷貝數(shù)改變、結(jié)構(gòu)變異等基因組變異,篩選宮頸腺癌特異性顯著突變基因行功能及信號通路富集;并進(jìn)行HPV DNA整合及其特異性基因組學(xué)改變的鑒定。2.收集4例宮頸腺癌及4例宮頸鱗癌病例的癌組織及其配對的癌旁正常組織,提取RNA構(gòu)建文庫,行全轉(zhuǎn)錄組測序,根據(jù)生物信息學(xué)分析,獲得宮頸腺癌及鱗癌組的miRNA、IncRNA、mRNA、circRNA差異性表達(dá)結(jié)果,并比對兩組轉(zhuǎn)錄組水平差異表達(dá)基因的分布情況。結(jié)果:1.20例宮頸腺癌的全基因組測序共鑒定了 2,916個拷貝數(shù)變異,CISTIC分析顯示拷貝數(shù)擴增最顯著區(qū)域為 3q27.1(30%)、12q11(30%)、19q11(35%)、19q13.11(20%)、3p11.1(20%),拷貝數(shù)缺失的顯著區(qū)域為 12p13.31(10%)、1p36.22(5%)、2q37.1(10%)、9q34.3(10%)、12p12.3(5%)、19q13.2(10%)、20p11.1(15%);鑒定結(jié)構(gòu)變異734次,結(jié)構(gòu)變異斷點主要位于基因間區(qū);全外顯子測序鑒定了 6,113個體細(xì)胞突變,突變負(fù)荷為2.4 mutations/Mb,突變頻譜分析確定了宮頸腺癌的3種突變特征,分別對應(yīng)COSMIC數(shù)據(jù)庫的Signature2、5、6三種模式,預(yù)測的宮頸腺癌相關(guān)的驅(qū)動基因共6個,包括PIK3CA、KRAS、TRAPPC12、NDN、GOLGA6L4、BAIAP3,鑒定顯著突變基因4個,分別為PIK3CA、NDN、GOLGA6L4、BAIAP3。20 例宮頸腺癌中,95%(19/20)檢測到HPV感染,感染HPV者36.8%(7/19)發(fā)生HPVDNA整合事件。HPV整合組鑒定了 1,036個突變基因,HPV未整合組鑒定了 289個突變基因,97.4%的HPV整合組突變基因與90.7%的HPV未整合組突變基因未有重疊;HPV整合組鑒定了 2個顯著突變基因,即GOLGA6L4和BAIAP3,而HPV未整合組鑒定了5 個,分別為 PIK3CA、NDN、KRAS、FUT1、GOLGA6L64。2.通過全轉(zhuǎn)錄測序,在宮頸鱗癌中鑒定了 30個顯著差異表達(dá)的miRNA,宮頸腺癌中鑒定了 190個顯著差異表達(dá)的miRNA,宮頸腺癌組93.7%的差異miRNA與鱗癌組60%的差異miRNA無重疊;宮頸鱗癌組顯著差異表達(dá)的lncRNA有595個,腺癌組有1,337個,腺癌組中85.0%的差異lncRNA與鱗癌組中66.4%的差異lncRNA無重疊;鱗癌組顯著差異表達(dá)的mRNA有3,500個,腺癌組有6,233個,其中83.8%與鱗癌組中71.2%的差異mRNA無重疊;宮頸鱗癌中確定了 173個顯著差異表達(dá)的circRNA,而腺癌中確定了 424個顯著差異表達(dá)的circRNA,其中89.9%與鱗癌組中75.1%的差異circRNA無重疊。結(jié)論:宮頸腺癌具有不同于宮頸鱗癌的基因組學(xué)及轉(zhuǎn)錄組學(xué)特征,提示它與宮頸鱗癌發(fā)生的分子機制不同;HPV整合與未整合在宮頸腺癌發(fā)生的基因組學(xué)改變中起不同的作用。
【學(xué)位單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：R737.33
【部分圖文】：

圖１－１原始數(shù)據(jù)處理及數(shù)據(jù)分析流程逡逑病毒感染與整合狀態(tài)分析逡逑序列整合到宿主基因組中是許多病毒介導(dǎo)的癌癥，特別是宮頸癌發(fā)生的重要驅(qū)動因素。在本研究中我們利用ＶｉＨ軟件和算法對Ｈ中的整合狀態(tài)進(jìn)行分析２７，這是一種結(jié)合系統(tǒng)發(fā)育方法和基于參病毒整合的計算方法。與僅基于參考序列比對讀取的方法相比，據(jù)顯示出較高的精度和靈敏度，即使當(dāng)整合病毒是新菌株或發(fā)生檢測到整合。該算法生成一套用于宮頸癌樣本分析的乳頭瘤病毒納入了邋２０８種ＨＰＶ，包含常見的１８種與宮頸癌密切相關(guān)的高中６、ＨＰＶ１８、ＨＰＶ２６、ＨＰＶ３１、ＨＰＶ３３、ＨＰＶ３５、ＨＰＶ３９、ＨＰＶ４５、ＨＰＶ５３、ＨＰＶ５６、ＨＰＶ５８、ＨＰＶ５９、ＨＰＶ６６、ＨＰＶ６８、ＨＰＶ７３、ＶｉＨ算法得到宮頸腺癌中ＨＰＶ出現(xiàn)感染以及相應(yīng)發(fā)生病毒整合整合情況將２０例宮頸腺癌病例分為２組，ＨＰＶ整合組和ＨＰＶ析兩組驅(qū)動基因、顯著突變基因及其富集結(jié)果，比較ＨＰＶ整合

Ｘｑ邋（３０％）等部位；發(fā)生拷貝數(shù)改變的區(qū)域主要位于基因組的外顯子區(qū)，占５６．５％逡逑（１，６４８／２，９１６），其次是基因間區(qū)（２９．３％）和內(nèi)含子區(qū)（６．１％）。各樣本中拷貝數(shù)逡逑擴增或缺失長度分布見圖１－２。逡逑ｌ0ｓｓ＿ｓｉｚｅ邐ｇａｉｎ＿ｓｉｚｅ逡逑４００－１逡逑Ｉ邋Ｉ逡逑：Ｌ邋ＩｓｌＬ邋［“逡逑＾邐令逡逑注：橫坐標(biāo)代表樣品名稱，縱坐標(biāo)代表拷貝數(shù)長度（Ｍｂ）。逡逑圖１－２全基因組測序體細(xì)胞拷貝數(shù)變異分布逡逑１８逡逑

性腫瘤的發(fā)生與結(jié)構(gòu)變異導(dǎo)致的基因融合事件相關(guān)。本研究中采用Ｃｒｅｓｔ軟件２３對逡逑宮頸腺癌組織及癌旁正常對照組織成對樣本進(jìn)行ＳＶ信息監(jiān)測分析。全基因組測序逡逑得到各樣本體細(xì)胞ＳＶ統(tǒng)計結(jié)果見圖１－４。逡逑ＳＢ邋ｉｎｖｅｒｓｉｏｎ邐Ｄ＾ｉ＾ｔｉｏｎ邐ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ邐Ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎ逡逑２００－邐Ｈ｜逡逑１５０－邐■■逡逑－Ｈｉ邐Ｉ逡逑。Ｍ邐ｍｉ邐胃逡逑注：橫坐標(biāo)代表樣品名稱，縱坐標(biāo)代表結(jié)構(gòu)變異數(shù)目，不同顏色代表結(jié)構(gòu)變異類型。逡逑圖１－４全基因組測序體細(xì)胞結(jié)構(gòu)變異的分布逡逑對２０對宮頸腺癌樣本的全基因組測序共發(fā)現(xiàn)７４３次結(jié)構(gòu)變異（平均每個腫瘤逡逑組織鑒定出３０．２次結(jié)構(gòu)變異），包括倒位７４次、大片段拷貝數(shù)缺失３７５次、大片段逡逑插入３次、易位２９１次；易位者包括染色體內(nèi)易位（Ｉｎｔｒａ－ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ邋ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎｓ，逡逑ＩＴＸ）邋２５１邋次及染色體間易位（Ｉｎｔｅｒ－ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ邋ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎｓ，ＣＴＸ）邋４０邋次。宮逡逑頸腺癌的結(jié)構(gòu)變異斷點（ｂｒｅａｋｐｏｉｎｔ）最常見于基因間區(qū)域（４９．１％），其次是內(nèi)含子逡逑區(qū)域（４０．７％）、非編碼ＲＮＡ內(nèi)含子區(qū)域（ｎｃＲＮＡ＿ｉｎｔｒｏｎｉｃ，４．１％）、上下游調(diào)控區(qū)逡逑域（２．２％）、外顯子及剪切位點區(qū)域（１．９％）等。逡逑３．邋４．邋３單核苷酸變異及插入／缺失突變逡逑３．邋４．邋３．１單核苷酸變異逡逑單核苷酸變異（Ｓｉｎｇｌｅ邋ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ邋ｖａｒｉａｎｔ

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 方成香;;651例宮頸鱗癌患者人乳頭瘤病毒感染情況分析[J];現(xiàn)代實用醫(yī)學(xué);2018年04期

2 董瑞彤;董越;羅婭紅;胡啟云;王菲菲;于韜;;宮頸鱗癌容積CT灌注參數(shù)的測量穩(wěn)定性和影響因素[J];中國醫(yī)學(xué)影像學(xué)雜志;2018年06期

3 佐合拉古麗·木塔力甫;美麗帕;金華;;中晚期宮頸鱗癌放化療后復(fù)發(fā)未控相關(guān)因素探討[J];世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘;2016年55期

4 于海蓮;李冬雷;于洪波;楊雷;呂玲玲;;中晚期宮頸鱗癌放化療后復(fù)發(fā)未控的臨床危險因素分析[J];中國性科學(xué);2017年05期

5 崔s

本文編號：2815440