【摘要】：目的從外周血基因表達(dá)譜中篩選胃癌和宮頸癌檢測(cè)的潛在生物標(biāo)志物。方法使用PAXgene試管收集21名胃癌(Stomach cancer,SC)患者、11名宮頸癌(Cervical cancer,CC)患者、21名宮頸上皮內(nèi)瘤變(Cervical intraepithelial neoplasia,CIN)患者和36名健康對(duì)照者(Healthy controls,HC)的外周血樣本。提取樣本mRNA并進(jìn)行高通量測(cè)序。利用生物信息學(xué)方法分析樣本的基因表達(dá)譜,比較胃癌與健康對(duì)照者之間,以及宮頸癌、宮頸上皮內(nèi)瘤變與健康對(duì)照三者之間的差異表達(dá)基因。使用DAVID在線分析平臺(tái)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行基因本體論(Gene ontology,GO)生物學(xué)過(guò)程分析和京都基因和基因組(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。為胃癌和宮頸癌的檢測(cè)提供候選差異表達(dá)基因。使用PAXgene試管收集25名胃癌患者、83名宮頸癌患者、32名宮頸上皮內(nèi)瘤變患者和86名健康對(duì)照者的外周血樣本。為候選差異表達(dá)基因設(shè)計(jì)引物。使用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(Quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)技術(shù)檢測(cè)候選差異表達(dá)基因在新樣本中的表達(dá)情況,篩選表達(dá)量差異顯著的基因。使用受試者工作特征(Receiver operating characteristic,ROC)曲線和Logistic回歸分析評(píng)估差異表達(dá)基因檢測(cè)癌癥的能力,初步建立胃癌和宮頸癌的檢測(cè)模型。結(jié)果在胃癌與健康對(duì)照樣本之間檢測(cè)到7263個(gè)差異表達(dá)基因。其生物學(xué)過(guò)程和通路包括免疫應(yīng)答、炎癥反應(yīng)、細(xì)胞凋亡、T細(xì)胞受體信號(hào)通路和干擾素-γ介導(dǎo)的信號(hào)通路等。在宮頸癌與宮頸上皮內(nèi)瘤變樣本之間檢測(cè)到1008個(gè)差異表達(dá)基因。其生物學(xué)過(guò)程和通路包括免疫反應(yīng)、細(xì)胞凋亡、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞殺傷和炎癥反應(yīng)等。在宮頸上皮內(nèi)瘤變與健康對(duì)照樣本之間檢測(cè)到381個(gè)差異表達(dá)基因。其生物學(xué)過(guò)程和通路包括免疫應(yīng)答、T細(xì)胞激活、防御反應(yīng)、炎癥反應(yīng)和干擾素-γ介導(dǎo)的信號(hào)通路等。在宮頸癌與健康對(duì)照樣本之間檢測(cè)到118個(gè)差異表達(dá)基因,沒(méi)有明確的生物學(xué)過(guò)程和通路。篩選胃癌與健康對(duì)照樣本之間的30個(gè)差異表達(dá)基因,在73個(gè)新樣本中進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)證,3個(gè)基因(C1QB、MMP9和SMIM1)有顯著差異。Logistic回歸分析顯示這3個(gè)基因聯(lián)合檢測(cè)胃癌的靈敏度為92%,特異性為72.92%,ROC曲線下面積(Area under curve,AUC)為0.8717。篩選宮頸癌、宮頸上皮內(nèi)瘤變和健康對(duì)照樣本之間的59個(gè)差異表達(dá)基因,在161個(gè)新樣本中進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)證,9個(gè)基因在至少2組樣本間有顯著差異。Logistic回歸分析顯示4個(gè)基因(CIR1、GPR84、GZMB和NDUFA1)聯(lián)合檢測(cè)宮頸病變(包括宮頸癌和宮頸上皮內(nèi)瘤變)的靈敏度為82.61%,特異性為87.83%,AUC為0.8981。此外,3個(gè)基因(AGAP1、GZMB和NUAK1)聯(lián)合鑒別宮頸癌和宮頸上皮內(nèi)瘤變的靈敏度為53.13%,特異性為96.39%,AUC為0.7786。結(jié)論胃癌和宮頸癌患者的外周血基因表達(dá)譜均與健康對(duì)照者存在差異。C1QB、MMP9和SMIM1基因具有檢測(cè)胃癌的潛在價(jià)值。CIR1、GPR84、GZMB和NDUFA1基因具有檢測(cè)宮頸病變的潛在價(jià)值。AGAP1、GZMB和NUAK1基因具有鑒別宮頸癌和宮頸上皮內(nèi)瘤變的潛在價(jià)值。從外周血基因表達(dá)譜中篩選差異表達(dá)基因是一種有前景的癌癥非侵入式檢測(cè)方法。
【圖文】：

軍事科學(xué)院碩士學(xué)位論文 1μL 梯度劑到標(biāo)有梯子的孔，加 1μL 樣本到樣本孔。芯片水平放置在 IKA 渦旋器中 2400 rpm 渦旋 1min。 5min 內(nèi)將芯片放入 Agilent 2100 生物分析儀上運(yùn)行。濃度，選取 RNA 完整性指數(shù)（RNA integrity number, RIN）續(xù)實(shí)驗(yàn)（圖 1.1 和圖 1.2）。

加 1μL 梯度劑到標(biāo)有梯子的孔，，加 1μL 樣本到樣本孔。將芯片水平放置在 IKA 渦旋器中 2400 rpm 渦旋 1min。在 5min 內(nèi)將芯片放入 Agilent 2100 生物分析儀上運(yùn)行。本濃度，選取 RNA 完整性指數(shù)（RNA integrity number, RIN）后續(xù)實(shí)驗(yàn)（圖 1.1 和圖 1.2）。 Agilent 2100 檢測(cè) RNA 完整性合格樣本凝膠圖譜（RIN=9.2
【學(xué)位授予單位】：軍事科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：R737.33;R735.2

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本文編號(hào)：2633132