【摘要】：目的:基于GEO數(shù)據(jù)庫,我們尋找在子宮頸鱗狀上皮內(nèi)病變進展過程中關(guān)鍵基因和通路的改變,用轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)驗證得到的關(guān)鍵基因并在宮頸癌中進一步探究其和FIGO分期的關(guān)系。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫下載GSE63514、GSE27678、GSE7803三個數(shù)據(jù)集的基因表達譜數(shù)據(jù),用標(biāo)準(zhǔn)化流程處理數(shù)據(jù)。對不同分組的子宮頸病變進行異質(zhì)性分析。利用生物信息學(xué)方法篩選宮頸病變進展過程中關(guān)鍵基因和通路。分析關(guān)鍵基因表達和宮頸病變程度的關(guān)系并利用既往項目轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)進行驗證。分析關(guān)鍵基因的表達和宮頸癌FIGO分期的關(guān)系。結(jié)果:子宮頸病變異質(zhì)性分析顯示:當(dāng)子宮頸病變進展到宮頸癌時,異質(zhì)性顯著增加。基于差異表達基因的KEGG通路富集分析顯示:IL-17信號通路可能是宮頸病變惡性進展中的重要通路;MAPK信號通路可能和子宮頸鱗狀上皮內(nèi)病變的發(fā)生相關(guān)。蛋白網(wǎng)絡(luò)互作分析及關(guān)鍵基因篩選,共得到AURKA、TOP2A、CEP55和RFC4四個核心基因(Hub Gene)。Hub基因表達量和宮頸病變程度呈正相關(guān),轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)驗證得到相同的結(jié)果。Hub基因的表達和宮頸癌FIGO分期的關(guān)系分析顯示:Hub基因在不同F(xiàn)IGO分期的宮頸癌組織中表達均無顯著差異。結(jié)論:AURKA、TOP2A、CEP55和RFC4與子宮頸病變惡性進展有密切關(guān)系,其可能為宮頸癌的治療靶點、宮頸病變診斷分子標(biāo)志物�；蛞部捎脕眍A(yù)測LSIL惡性進展概率,提高宮頸癌篩查的準(zhǔn)確性。
【圖文】：

7圖 2-1 實驗總體設(shè)計流程2.2.1 基因芯片數(shù)據(jù)下載及質(zhì)控利用Bioconductor的GEOquery[14]包從NCBI的GEO數(shù)據(jù)庫下載GSE63514、GSE27678 和 GSE7803 的“series matrix files”。其中 GSE63514 和 GSE27678 數(shù)據(jù)已經(jīng)用 RMA（Robust MultichipAverage）算法標(biāo)準(zhǔn)化，GSE7803 數(shù)據(jù)已做分位數(shù)標(biāo)準(zhǔn)化（quantiles）。用 hgu133plus2.db、hgu133a2.db 和 hgu133a.db 分別注釋以上三個數(shù)據(jù)集的基因芯片。當(dāng)多個探針對應(yīng)一個基因時，則取該數(shù)據(jù)集內(nèi)所有芯片平均表達量最大的探針作為該基因的表達量。
【學(xué)位授予單位】：華中科技大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：R737.33

【參考文獻】

相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

1 馬玉花;極光激酶A對宮頸鱗狀細胞癌的影響及其機制研究[D];新疆醫(yī)科大學(xué);2017年

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本文編號：2610583