【摘要】：目的:基于GEO數(shù)據(jù)庫,我們尋找在子宮頸鱗狀上皮內病變進展過程中關鍵基因和通路的改變,用轉錄組測序數(shù)據(jù)驗證得到的關鍵基因并在宮頸癌中進一步探究其和FIGO分期的關系。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫下載GSE63514、GSE27678、GSE7803三個數(shù)據(jù)集的基因表達譜數(shù)據(jù),用標準化流程處理數(shù)據(jù)。對不同分組的子宮頸病變進行異質性分析。利用生物信息學方法篩選宮頸病變進展過程中關鍵基因和通路。分析關鍵基因表達和宮頸病變程度的關系并利用既往項目轉錄組測序數(shù)據(jù)進行驗證。分析關鍵基因的表達和宮頸癌FIGO分期的關系。結果:子宮頸病變異質性分析顯示:當子宮頸病變進展到宮頸癌時,異質性顯著增加。基于差異表達基因的KEGG通路富集分析顯示:IL-17信號通路可能是宮頸病變惡性進展中的重要通路;MAPK信號通路可能和子宮頸鱗狀上皮內病變的發(fā)生相關。蛋白網(wǎng)絡互作分析及關鍵基因篩選,共得到AURKA、TOP2A、CEP55和RFC4四個核心基因(Hub Gene)。Hub基因表達量和宮頸病變程度呈正相關,轉錄組測序數(shù)據(jù)驗證得到相同的結果。Hub基因的表達和宮頸癌FIGO分期的關系分析顯示:Hub基因在不同F(xiàn)IGO分期的宮頸癌組織中表達均無顯著差異。結論:AURKA、TOP2A、CEP55和RFC4與子宮頸病變惡性進展有密切關系,其可能為宮頸癌的治療靶點、宮頸病變診斷分子標志物�；蛞部捎脕眍A測LSIL惡性進展概率,提高宮頸癌篩查的準確性。
【圖文】：

7圖 2-1 實驗總體設計流程2.2.1 基因芯片數(shù)據(jù)下載及質控利用Bioconductor的GEOquery[14]包從NCBI的GEO數(shù)據(jù)庫下載GSE63514、GSE27678 和 GSE7803 的“series matrix files”。其中 GSE63514 和 GSE27678 數(shù)據(jù)已經(jīng)用 RMA（Robust MultichipAverage）算法標準化，GSE7803 數(shù)據(jù)已做分位數(shù)標準化（quantiles）。用 hgu133plus2.db、hgu133a2.db 和 hgu133a.db 分別注釋以上三個數(shù)據(jù)集的基因芯片。當多個探針對應一個基因時，則取該數(shù)據(jù)集內所有芯片平均表達量最大的探針作為該基因的表達量。
【學位授予單位】：華中科技大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2019
【分類號】：R737.33

【參考文獻】

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1 馬玉花;極光激酶A對宮頸鱗狀細胞癌的影響及其機制研究[D];新疆醫(yī)科大學;2017年

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本文編號：2610583