本文關鍵詞：高氧誘導支氣管肺發(fā)育不良差異表達長鏈非編碼RNA的篩選及生物信息學分析

  更多相關文章： lncRNAs 高氧 支氣管肺發(fā)育不良(BPD) 基因芯片

【摘要】：[目的]1.制備高氧誘導新生小鼠支氣管肺發(fā)育不良(BPD)模型,利用基因芯片技術篩選BPD肺組織中差異表達的長鏈非編碼RNA (lncRNA)。2.挑選部分差異表達的lncRNAs,通過實時定量PCR (qRT-PCR)驗證芯片結(jié)果的可靠性。3.對候選lncRNAs進行生物信息學分析,為進一步闡明lncRNAs差異表達致使BPD發(fā)生發(fā)展的確切分子機制提供實驗基礎。[方法]1.制備高氧誘導新生小鼠BPD模型：將新生C57BL/6J小鼠暴露于95%濃度氧下7d,取肺組織做病理切片HE染色、行放射性肺泡計數(shù)(RAC)、qRT-PCR驗證BPD分子標志物TGF-β、IGF-1、VEGF-α的表達,鑒定BPD模型制備成功與否。2.高氧誘導BPD模型制備成功后抽取肺組織總RNA進行Arraystar LncRNA芯片篩選。3.通過生物信息學分析,篩選出可能參與BPD形成的lncRNAs,并應用qRT-PCR驗證篩選結(jié)果。4.利用基因瀏覽工具分析候選lncRNAs生物學特性及其與鄰近蛋白編碼基因的關系。[結(jié)果]1.成功復制了高氧誘導新生小鼠BPD模型。肺組織病理切片顯示肺泡直徑變大、數(shù)目減少、肺泡間隔增大；與空氣對照組相比,RAC差異具有統(tǒng)計學差異(7.1±0.5 VS 4.8±0.3,p0.05)。BPD經(jīng)典分子標志物TGF-β上調(diào)了3.2倍、IGF-1上調(diào)了4倍、VEGF-α表達下調(diào)了60%。2.對BPD肺組織和對照組肺組織芯片篩選結(jié)果進行分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)差異表達的lncRNA(差異倍數(shù)≥2倍且p0.05)共1769條,其中上調(diào)的有882條,下調(diào)的有887條；5倍以上上調(diào)的共140條,下調(diào)的共71條；10倍以上上調(diào)的共28條,下調(diào)的有2條。3.依據(jù)組間差異大、組內(nèi)差異小、原始拷貝數(shù)較高原則,挑選了15條lncRNA進行RT-PCR驗證,結(jié)果具有統(tǒng)計學意義(p0.05)且與芯片結(jié)果一致。4.進一步生物信息學分析發(fā)現(xiàn)AK033210與TNC、1010001N08Rik與Gata6均形成antisense overlap關系,可能參與BPD發(fā)生發(fā)展形成過程。[結(jié)論]1.本研究成功復制了高氧誘導新生小鼠BPD模型。2.BPD肺組織中存在大量差異表達的lncRNAs。3.芯片數(shù)據(jù)真實可靠。4.進一步生物信息學分析提示AK033210、1010001N08Rik可能參與BPD發(fā)生發(fā)展形成過程。
【關鍵詞】：lncRNAs 高氧 支氣管肺發(fā)育不良(BPD) 基因芯片
【學位授予單位】：南京醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R722.1
【目錄】：

• 中文摘要6-8
• 英文摘要8-11
• 引言11-17
• 研究背景11-16
• 研究目的16
• 研究內(nèi)容16-17
• 第一部分 BPD模型制備及差異表達lncRNAs的篩選17-34
• 1.1 研究目的17
• 1.2 材料與方法17-24
• 1.3 結(jié)果24-32
• 1.4 討論32-34
• 第二部分 芯片結(jié)果可靠性驗證及部分lncRNAs生物信息學分析34-44
• 2.1 研究目的34
• 2.2 材料與方法34-38
• 2.3 實驗結(jié)果38-41
• 2.4 討論41-44
• 結(jié)論44-45
• 參考文獻45-56
• 綜述56-70
• 參考文獻64-70
• 附錄70-71
• 讀研期間科研及發(fā)表學術論文情況71-72
• 致謝72-73

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本文編號：984908