發(fā)布時(shí)間：2019-03-16 16:29

【摘要】：龐貝氏癥（Pompe disease），又稱為酸性麥芽糖酵素缺乏癥（acid maltasedeficiency，AMD）或肝糖儲積癥第二型（glycogenstoragedisorder，GSD；glycogenosisII），是一種罕見疾病。其成因?yàn)榈?7對染色體出現(xiàn)病變，導(dǎo)致體內(nèi)缺乏酸性α-葡萄糖苷酶這種酵素，而無法分解肝糖，會導(dǎo)致肌肉無力，心臟擴(kuò)大等病因，可分成嬰兒型及晚發(fā)型兩種，剛出生的嬰兒若得此病癥，，通�；畈贿^1~2歲。然而，目前對其分子遺傳機(jī)制的研究尚不完善和系統(tǒng)。本研究是基于基因表達(dá)譜公共數(shù)據(jù)庫GEO（Gene Expression Omnibus）中關(guān)于龐貝氏癥嬰幼兒發(fā)病患者的芯片數(shù)據(jù)，運(yùn)用R軟件和Biocondutor數(shù)據(jù)包，采用非配對t檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)分析方法進(jìn)行差異顯著性分析，并進(jìn)行Benjamini-Hochberg多重檢驗(yàn)。最終我們得到了與嬰兒型龐貝氏癥顯著性相關(guān)的基因共6264個(gè)（p≤0.01），并繪制出其在各個(gè)樣本中的表達(dá)量值的散點(diǎn)熱圖和趨勢圖，以此來顯示與嬰兒型龐貝氏癥顯著性相關(guān)的差異表達(dá)基因的特征，并利用這些基因構(gòu)建嬰兒型龐貝氏癥基因數(shù)據(jù)庫。接著，為了確定所篩選出來的顯著性差異表達(dá)基因所參與的通路以及相關(guān)的功能注釋，我們采用費(fèi)舍爾精確性檢驗(yàn)(Fisher exacttest)原理并結(jié)合KEGG數(shù)據(jù)庫及DAVID網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫工具對差顯基因進(jìn)行通路分析和功能分析。我們最終得到與嬰兒型龐貝氏癥存在顯著性正相關(guān)的918個(gè)基因所涉及的通路有3個(gè)（包括溶酶體通路、p53信號通路和細(xì)胞外基質(zhì)受體互作通路），而對于負(fù)相關(guān)的759個(gè)基因則存在4個(gè)顯著性通路（包括鈣信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路、纈氨酸，亮氨酸和異亮氨酸的降解通路、晝夜節(jié)律通路和帕金森疾病通路）；另外，我們得到與嬰兒型龐貝氏癥存在顯著性負(fù)相關(guān)的759個(gè)基因所涉及的生物學(xué)過程功能注釋有4個(gè)（包括細(xì)胞代謝進(jìn)程、分解代謝進(jìn)程、初級代謝進(jìn)程和大分子代謝過程），而對于正相關(guān)的918個(gè)基因則存在7個(gè)顯著性生物學(xué)過程功能注釋（包括化學(xué)刺激反應(yīng)、解剖結(jié)構(gòu)發(fā)育、生物學(xué)進(jìn)程正調(diào)控、細(xì)胞發(fā)育進(jìn)程、細(xì)胞進(jìn)程正調(diào)控、細(xì)胞凋亡和細(xì)胞粘附）。這些遺傳信息都可作為我們進(jìn)一步研究嬰兒型龐貝氏癥的可靠資源和渠道，并最終為系統(tǒng)性闡述嬰兒型龐貝氏癥的分子遺傳學(xué)機(jī)制服務(wù)。
[Abstract]:Pompeii's disease (Pompe disease), also known as acidic maltase deficiency (acid maltasedeficiency,AMD) or hepatic glucose accumulation type II (glycogenstoragedisorder,GSD;glycogenosisII), is a rare disease. As a result of 17 pairs of chromosome lesions, resulting in the lack of acid 偽-glucosidase in the body this enzyme, but unable to break down liver sugar, will lead to muscle weakness, heart enlargement and other causes, can be divided into two types of infantile and late-onset. New-born babies usually die of 1 / 2 years of age if they get the disease. However, the study of its molecular genetic mechanism is not perfect and systematic. This study is based on the microarray data of Pompeii disease infant patients in the public database of gene expression profile (GEO (Gene Expression Omnibus). Using R software and Biocondutor data packet, the statistical analysis method of unpaired t-test was used to analyze the significance of the difference. Benjamini-Hochberg multiple tests were performed. Finally, we obtained a total of 6264 genes associated with the significance of infantile Pompeii's disease (p 鈮

本文編號：2441731