發(fā)布時間：2017-09-14 20:17

  本文關(guān)鍵詞：雞馬立克氏病病毒中國分離毒株分子進化研究

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【摘要】：雞馬立克氏病(MD)是由雞馬立克氏病病毒1型(MDV-1)引起的一種嚴重危害養(yǎng)禽業(yè)的傳染性淋巴組織增生性疾病。主要臨床癥狀表現(xiàn)為T淋巴細胞瘤和神經(jīng)麻痹。其病原MDV-1又稱禽皰疹病毒2型,屬于皰疹病毒科,馬立克病毒屬。該病在疫苗的廣泛使用下得到了有效的控制,但近些年來MD流行病學(xué)調(diào)查顯示,中國免疫雞群中MD發(fā)生比例呈明顯上升趨勢。分離毒株的毒力研究也證明,新分離毒株致病特征發(fā)生變化,病毒毒力明顯增強。在MDV毒力不斷增強,現(xiàn)有MD疫苗不能提供完全保護的情況下,研究MDV分離毒株分子進化規(guī)律和趨勢,尋找分離毒株毒力相關(guān)因子,是目前防控MD的前提。之前對中國MDV分離毒株分子進化的研究主要集中于少數(shù)幾個基因,對于MDV這樣的大基因組病毒,難以反映其真實分子進化規(guī)律。而完成全基因組測序的中國分離毒株僅僅包括了814、LMS和GX0101 3株毒株。這些數(shù)據(jù)不能夠充分揭示中國MDV分離毒株的分子進化以及探究分離毒株毒力相關(guān)因子。本研究中我們選取6株在2011-2014年分離的中國MDV毒株LCC、LTS、WC/1203、JL/1404、CC/1409和HS/1412株以及1株1974年分離的中國毒株J-1株,進行病毒基因組高通量測序和序列比對分析。基因組組裝結(jié)果顯示7株測序毒株基因組大小相似,在176kbp左右,基因組結(jié)構(gòu)符合E類皰疹病毒基因組特點。通過基因組進化樹分析,首次從基因組水平證明在過去的二十多年間中國和世界范圍內(nèi)的MDV已經(jīng)進化;20世紀90年代是MDV進化的轉(zhuǎn)折點�；蚪M和重要基因、片段進化樹分析證明,2000年以后分離的中國毒株具有近的進化關(guān)系。經(jīng)過基因組序列比對分析,證明中國分離MDV毒株包含特異性序列,尤其是在meq、ICP4、UL36基因和短獨特區(qū)與末端短重復(fù)區(qū)(US/TRS)連接區(qū)域。其中,meq、ICP4、UL29基因的點突變,US/TRS連接區(qū)域151-bp插入推測更可能與中國MDV新分離毒株毒力增強有關(guān)。另外,單核苷酸突變RLORF4 T11M、RLORF7 P176R/T、UL29 R506L、RSORF1 K44 R和ICP4 K1948M是中國新分離毒株的特有突變。為了更全面的了解中國MDV分離毒株毒力相關(guān)因子,我們對中國MDV分離毒株L-MS體外傳代致弱株L-MSp75和L-MSp110及其親本毒株L-MSp5進行基因組高通量測序和序列比對分析,探究MDV毒株體外進化分子變異規(guī)律。序列比對分析證明,中國MDV分離毒株體外傳代致弱株發(fā)生了大量的插入、缺失和非無義單核苷酸突變。特別是RLORF1、RLORF2、RLORF12、ICP4、US7和US8基因突變以及內(nèi)部短重復(fù)區(qū)(IRS)上游(TRS下游)601-bp缺失,IRS/US(US/TRS)連接區(qū)域15bp插入、116bp缺失推測可能與中國MDV分離毒株毒力致弱有關(guān)。結(jié)合上述中國MDV分離毒株毒力增強相關(guān)分子變異結(jié)果,證明ICP4基因和US/TRS連接區(qū)域是中國MDV分離毒株毒力相關(guān)的變異富集區(qū),是下一步MDV毒力相關(guān)分子研究的重點。本研究首次從基因組水平對中國MDV分離毒株進行了分子進化分析,并結(jié)合分離毒株體外繼代致弱毒株基因組分析,探究了中國MDV分離毒株毒力相關(guān)變異。為下一步MDV毒力研究以及更好的防控MD和新型MD疫苗的研制提供了研究方向和理論基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：雞馬立克氏病病毒 基因組 分子進化 毒力
【學(xué)位授予單位】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S852.65
【目錄】：

• 摘要6-7
• Abstract7-13
• 英文縮略表13-15
• 第一章 引言15-25
• 1.1 雞馬立克氏病及雞馬立克氏病病毒15-16
• 1.2 雞馬立克氏病病毒基因組及功能基因16-19
• 1.2.1 病毒基因組16-17
• 1.2.2 病毒功能基因17-19
• 1.3 雞馬立克氏病病毒在宿主中的感染19-20
• 1.4 雞馬立克氏病流行病學(xué)20-22
• 1.4.1 雞馬立克氏病流行情況20-21
• 1.4.2 雞馬立克氏病病毒毒力演化21-22
• 1.5 雞馬立克氏病疫苗和防控22-24
• 1.6 本研究的目的和意義24-25
• 第二章 雞馬立克氏病病毒分離毒株分子進化25-44
• 2.1 材料25-26
• 2.1.1 病毒株25-26
• 2.1.2 SPF雞/鴨胚26
• 2.1.3 主要試劑26
• 2.1.4 試驗儀器26
• 2.2 方法26-30
• 2.2.1 病毒分離和鑒定26-27
• 2.2.2 病毒增殖27
• 2.2.3 病毒基因組提取和純化27-28
• 2.2.4 病毒基因組高通量測序28
• 2.2.5 病毒基因組sanger法測序28
• 2.2.6 病毒基因組序列拼接28-29
• 2.2.7 病毒基因組分析29-30
• 2.3 結(jié)果30-41
• 2.3.1 病毒分離、鑒定與增殖30-31
• 2.3.2 病毒基因組提取和純化31-32
• 2.3.3 病毒基因組組成32-33
• 2.3.4 中國MDV分離毒株遺傳進化樹分析33-35
• 2.3.5 中國MDV分離毒株重要基因、片段分析35-39
• 2.3.6 中國MDV新分離毒株單核苷酸多態(tài)性39-41
• 2.4 討論41-44
• 第三章 雞馬立克氏病病毒分離毒株體外繼代分子變異44-51
• 3.1 材料44
• 3.1.1 病毒株44
• 3.2 方法44-45
• 3.3 結(jié)果45-49
• 3.3.1 病毒增殖和基因組純化45
• 3.3.2 病毒基因組組成45
• 3.3.3 傳代致弱毒株包含插入突變45-46
• 3.3.4 傳代致弱毒株包含缺失突變46-47
• 3.3.5 傳代致弱毒株基因包含單核苷酸多態(tài)性47-49
• 3.4 討論49-51
• 第四章 全文結(jié)論51-52
• 參考文獻52-60
• 致謝60-61
• 作者簡歷61

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本文編號：852111