本文關(guān)鍵詞：秦川肉牛FGF2基因多態(tài)性及與生長性狀的相關(guān)性分析

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【摘要】：成纖維細胞生長因子2(FGF2,Fibroblast growth factor-2)是FGFs家族之一,存在于多種細胞、組織,參與多種機體生理進程,FGF2有可能是影響肉牛重要生產(chǎn)性狀的候選基因。為了解FGF2與秦川牛肉用新品系(簡稱秦川肉牛)生長發(fā)育關(guān)系,更好地應(yīng)用現(xiàn)代生物技術(shù)對秦川牛進行肉用選育,本研究采用生物信息學方法分析了FGF2基因mRNA二級結(jié)構(gòu)的生物學特征、蛋白結(jié)構(gòu)生物學特征及生物進化信息,通過測序檢測了384頭18-24月齡秦川肉牛FGF2基因全部外顯子區(qū)域單核苷酸多態(tài)性;并在對SNP位點基因分型后,統(tǒng)計分析各SNP位點相關(guān)群體遺傳信息、平衡性等生物學信息,關(guān)聯(lián)分析秦川肉牛生長性狀及FGF2在秦川肉牛不同組織中的表達情況,以便確定FGF2對秦川肉牛生長發(fā)育相關(guān)性狀的影響,以期為秦川肉牛的現(xiàn)代化科學選育改良提供理論支持。本研究的主要結(jié)果如下:1.牛FGF2基因生物信息學分析結(jié)果顯示,牛FGF2 mRNA在二級結(jié)構(gòu)的自由能約-1752.60 kcal/mol;一個FGF2蛋白含有20種氨基酸,整體表現(xiàn)出強親水性;FGF2蛋白無明顯的跨膜結(jié)構(gòu),非跨膜蛋白;牛FGF2蛋白與山羊和綿羊親緣性較近,和野豬親緣關(guān)系最遠。2.多態(tài)位點檢測結(jié)果顯示,在秦川肉牛FGF2的第三外顯子區(qū)域總共有4個SNP位點,分別位于該基因的54740bp(AT)、54758bp(AC)、56809bp(TC)以及59443bp(CT)處。3.各SNP位點關(guān)聯(lián)生長性狀發(fā)現(xiàn),A54740T和A54758C突變型群體的生長性狀均值小于野生型群體性狀,此突變會降低體斜長、體高、胸深等性狀(P0.05),屬于體尺性狀不利突變;其中,A54740T位點的AA型和A54758C的AA型為體尺性狀優(yōu)勢基因型,性狀值最高;T56809C和C59443T突變型群體的生長性狀均值大于野生型群體性狀,此突變會提高體斜長、體高、胸深等性狀(P0.05),屬于體尺性狀有利突變;其中,T56809C位點的CC型和C59443T位點的TT型為體尺性狀優(yōu)勢基因型,性狀值最高。A54740T位點的AA型為肌間脂肪性狀優(yōu)勢基因型(P0.05),性狀值最高,其他位點SNP與肌間脂肪性狀無關(guān);A54758C的CC型和C59443T位點的TT型為眼肌面積性狀優(yōu)勢基因型(P0.05),性狀值最高,其他位點SNP與眼肌面積性狀無關(guān);另外,C59443T位點的TT型為背膘厚性狀優(yōu)勢基因型(P0.05),其他位點SNP與背膘厚性狀無關(guān)。4.SNP相關(guān)連鎖不平衡檢驗發(fā)現(xiàn),各SNP基因型呈現(xiàn)出一定的強連鎖效應(yīng),處于連鎖不平衡狀態(tài);此4個SNP可以組成6種單倍型遺傳下去,其中HAP1單倍型-AATC-出現(xiàn)頻率為59.8%,最高,HAP5單倍型-TCCT-次之(頻率為24.2%),HAP3單倍型-ACTC-為較低頻率出現(xiàn)(頻率為9.4%),其余單倍型為小概率單倍型。5.FGF2 mRNA不同組織表達量檢測,通過對秦川肉牛的心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長肌、皮下脂肪、瘤胃、網(wǎng)胃、瓣胃、皺胃、大腸和小腸等13個組織FGF2基因的mRNA表達量進行Real Time PCR相對定量發(fā)現(xiàn),FGF2基因多組織中廣泛表達,其中在肺臟、背最長肌和腎臟中呈現(xiàn)處較高表達豐度;在心臟、肝臟、脂肪中表達量中等;在大腸、網(wǎng)胃、瓣胃、皺胃中表達豐度較低。由此可知,FGF2的SNP突變對秦川肉牛生長性狀有一定影響,可作為秦川肉�，F(xiàn)代分子選育的候選參考基因。
【關(guān)鍵詞】：秦川肉牛 FGF2 多態(tài)性 關(guān)聯(lián)分析
【學位授予單位】：西北農(nóng)林科技大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S823
【目錄】：

• 摘要6-8
• ABSTRACT8-13
• 第一章 文獻綜述13-21
• 1.1 肉牛產(chǎn)業(yè)的發(fā)展概況13-15
• 1.1.1 國外肉牛產(chǎn)業(yè)的發(fā)展現(xiàn)狀13-14
• 1.1.2 我國肉牛產(chǎn)業(yè)的發(fā)展現(xiàn)狀14
• 1.1.3 生物技術(shù)在肉牛產(chǎn)業(yè)上的應(yīng)用14
• 1.1.4 肉牛產(chǎn)品的消費概況14-15
• 1.2 秦川牛15-16
• 1.2.1 秦川牛起源、分布及外貌特征15
• 1.2.2 秦川牛生產(chǎn)性能15
• 1.2.3 秦川牛肉用選育15-16
• 1.3 分子標記16-17
• 1.3.1 遺傳標記16
• 1.3.2 基于DNA雜交的分子標記16
• 1.3.3 基于PCR的分子標記16-17
• 1.3.4 基于限制性酶切和PCR的分子標記17
• 1.4 單核苷酸多態(tài)性（SNP）17-18
• 1.5 FGFS簡介18-20
• 1.5.1 FGF家族18-19
• 1.5.2 FGF219-20
• 1.6 本研究的目的與意義20-21
• 第二章 牛FGF2基因的生物信息學分析21-33
• 2.1 實驗材料與方法21-22
• 2.1.1 FGF2 mRNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測21
• 2.1.2 FGF2氨基酸結(jié)構(gòu)分析21
• 2.1.3 FGF2蛋白結(jié)構(gòu)分析21
• 2.1.4 FGF2蛋白序列NCBI SMART BLAST分析21
• 2.1.5 秦川肉牛等8個物種FGF2蛋白同源性分析21-22
• 2.2 結(jié)果與分析22-31
• 2.2.1 牛FGF2 mRNA二級結(jié)構(gòu)分析結(jié)果22-24
• 2.2.2 牛FGF2氨基酸構(gòu)成結(jié)果24-25
• 2.2.3 牛FGF2蛋白結(jié)構(gòu)25-28
• 2.2.4 FGF2蛋白序列NCBI SMART BLAST結(jié)果28-29
• 2.2.5 牛等8個物種FGF2蛋白同源性分析結(jié)果29-31
• 2.3 討論31
• 2.4 小結(jié)31-33
• 第三章 秦川肉牛FGF2基因組織表達分析33-37
• 3.1 材料與方法33-35
• 3.1.1 實驗儀器及試劑33
• 3.1.2 試驗動物及cDNA樣品獲取33
• 3.1.3 FGF2 Real-time PCR引物的設(shè)計與合成33
• 3.1.4 FGF2 Real-time PCR擴增33-34
• 3.1.5 Real-time PCR定量結(jié)果計算34-35
• 3.2 結(jié)果與分析35
• 3.3 討論35-36
• 3.4 小結(jié)36-37
• 第四章 秦川肉牛FGF2基因多態(tài)性及與體尺和胴體性狀的相關(guān)性分析37-48
• 4.1 材料與方法37-40
• 4.1.1 實驗儀器及試劑37
• 4.1.2 試驗動物與DNA獲取37
• 4.1.3 體尺及屠宰數(shù)據(jù)采集37
• 4.1.4 FGF2基因引物設(shè)計合成37-38
• 4.1.5 PCR擴增38-39
• 4.1.6 PCR產(chǎn)物檢測39
• 4.1.7 PCR產(chǎn)物的分型39
• 4.1.8 群體遺傳結(jié)構(gòu)分析39
• 4.1.9 FGF2突變基因型與秦川肉牛生長性狀的關(guān)聯(lián)分析39
• 4.1.10 FGF2基因SNP連鎖不平衡分析39-40
• 4.1.11 FGF2基因SNP產(chǎn)生單倍型分析40
• 4.2 結(jié)果與分析40-46
• 4.2.1 秦川肉牛FGF2基因多態(tài)位點檢測40
• 4.2.2 秦川肉牛FGF2基因分型40
• 4.2.3 秦川肉牛群體遺傳結(jié)構(gòu)分析40-42
• 4.2.4 秦川肉牛FGF2基因各突變位點不同基因型與秦川肉牛性狀關(guān)聯(lián)分析42-45
• 4.2.5 秦川肉牛FGF2基因突變位點基因型連鎖不平衡分析45
• 4.2.6 秦川肉牛FGF2基因型突變位點基因型單倍型分析45-46
• 4.3 討論46-47
• 4.3.1 秦川肉牛群體遺傳多樣性46
• 4.3.2 秦川肉牛FGF2基因突變對秦川肉牛生長性狀的影響46-47
• 4.4 小結(jié)47-48
• 第五章 結(jié)論與展望48-49
• 5.1 試驗結(jié)論48
• 5.2 展望48-49
• 參考文獻49-53
• 附錄53-59
• 致謝59-60
• 作者簡介60

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3 王t，

本文編號：825418