本文關(guān)鍵詞：秦川肉牛FGF2基因多態(tài)性及與生長(zhǎng)性狀的相關(guān)性分析

  更多相關(guān)文章： 秦川肉牛 FGF2 多態(tài)性 關(guān)聯(lián)分析

【摘要】：成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子2(FGF2,Fibroblast growth factor-2)是FGFs家族之一,存在于多種細(xì)胞、組織,參與多種機(jī)體生理進(jìn)程,FGF2有可能是影響肉牛重要生產(chǎn)性狀的候選基因。為了解FGF2與秦川牛肉用新品系(簡(jiǎn)稱秦川肉牛)生長(zhǎng)發(fā)育關(guān)系,更好地應(yīng)用現(xiàn)代生物技術(shù)對(duì)秦川牛進(jìn)行肉用選育,本研究采用生物信息學(xué)方法分析了FGF2基因mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的生物學(xué)特征、蛋白結(jié)構(gòu)生物學(xué)特征及生物進(jìn)化信息,通過測(cè)序檢測(cè)了384頭18-24月齡秦川肉牛FGF2基因全部外顯子區(qū)域單核苷酸多態(tài)性;并在對(duì)SNP位點(diǎn)基因分型后,統(tǒng)計(jì)分析各SNP位點(diǎn)相關(guān)群體遺傳信息、平衡性等生物學(xué)信息,關(guān)聯(lián)分析秦川肉牛生長(zhǎng)性狀及FGF2在秦川肉牛不同組織中的表達(dá)情況,以便確定FGF2對(duì)秦川肉牛生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)性狀的影響,以期為秦川肉牛的現(xiàn)代化科學(xué)選育改良提供理論支持。本研究的主要結(jié)果如下:1.牛FGF2基因生物信息學(xué)分析結(jié)果顯示,牛FGF2 mRNA在二級(jí)結(jié)構(gòu)的自由能約-1752.60 kcal/mol;一個(gè)FGF2蛋白含有20種氨基酸,整體表現(xiàn)出強(qiáng)親水性;FGF2蛋白無明顯的跨膜結(jié)構(gòu),非跨膜蛋白;牛FGF2蛋白與山羊和綿羊親緣性較近,和野豬親緣關(guān)系最遠(yuǎn)。2.多態(tài)位點(diǎn)檢測(cè)結(jié)果顯示,在秦川肉牛FGF2的第三外顯子區(qū)域總共有4個(gè)SNP位點(diǎn),分別位于該基因的54740bp(AT)、54758bp(AC)、56809bp(TC)以及59443bp(CT)處。3.各SNP位點(diǎn)關(guān)聯(lián)生長(zhǎng)性狀發(fā)現(xiàn),A54740T和A54758C突變型群體的生長(zhǎng)性狀均值小于野生型群體性狀,此突變會(huì)降低體斜長(zhǎng)、體高、胸深等性狀(P0.05),屬于體尺性狀不利突變;其中,A54740T位點(diǎn)的AA型和A54758C的AA型為體尺性狀優(yōu)勢(shì)基因型,性狀值最高;T56809C和C59443T突變型群體的生長(zhǎng)性狀均值大于野生型群體性狀,此突變會(huì)提高體斜長(zhǎng)、體高、胸深等性狀(P0.05),屬于體尺性狀有利突變;其中,T56809C位點(diǎn)的CC型和C59443T位點(diǎn)的TT型為體尺性狀優(yōu)勢(shì)基因型,性狀值最高。A54740T位點(diǎn)的AA型為肌間脂肪性狀優(yōu)勢(shì)基因型(P0.05),性狀值最高,其他位點(diǎn)SNP與肌間脂肪性狀無關(guān);A54758C的CC型和C59443T位點(diǎn)的TT型為眼肌面積性狀優(yōu)勢(shì)基因型(P0.05),性狀值最高,其他位點(diǎn)SNP與眼肌面積性狀無關(guān);另外,C59443T位點(diǎn)的TT型為背膘厚性狀優(yōu)勢(shì)基因型(P0.05),其他位點(diǎn)SNP與背膘厚性狀無關(guān)。4.SNP相關(guān)連鎖不平衡檢驗(yàn)發(fā)現(xiàn),各SNP基因型呈現(xiàn)出一定的強(qiáng)連鎖效應(yīng),處于連鎖不平衡狀態(tài);此4個(gè)SNP可以組成6種單倍型遺傳下去,其中HAP1單倍型-AATC-出現(xiàn)頻率為59.8%,最高,HAP5單倍型-TCCT-次之(頻率為24.2%),HAP3單倍型-ACTC-為較低頻率出現(xiàn)(頻率為9.4%),其余單倍型為小概率單倍型。5.FGF2 mRNA不同組織表達(dá)量檢測(cè),通過對(duì)秦川肉牛的心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、背最長(zhǎng)肌、皮下脂肪、瘤胃、網(wǎng)胃、瓣胃、皺胃、大腸和小腸等13個(gè)組織FGF2基因的mRNA表達(dá)量進(jìn)行Real Time PCR相對(duì)定量發(fā)現(xiàn),FGF2基因多組織中廣泛表達(dá),其中在肺臟、背最長(zhǎng)肌和腎臟中呈現(xiàn)處較高表達(dá)豐度;在心臟、肝臟、脂肪中表達(dá)量中等;在大腸、網(wǎng)胃、瓣胃、皺胃中表達(dá)豐度較低。由此可知,FGF2的SNP突變對(duì)秦川肉牛生長(zhǎng)性狀有一定影響,可作為秦川肉�，F(xiàn)代分子選育的候選參考基因。
【關(guān)鍵詞】：秦川肉牛 FGF2 多態(tài)性 關(guān)聯(lián)分析
【學(xué)位授予單位】：西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S823
【目錄】：

• 摘要6-8
• ABSTRACT8-13
• 第一章 文獻(xiàn)綜述13-21
• 1.1 肉牛產(chǎn)業(yè)的發(fā)展概況13-15
• 1.1.1 國(guó)外肉牛產(chǎn)業(yè)的發(fā)展現(xiàn)狀13-14
• 1.1.2 我國(guó)肉牛產(chǎn)業(yè)的發(fā)展現(xiàn)狀14
• 1.1.3 生物技術(shù)在肉牛產(chǎn)業(yè)上的應(yīng)用14
• 1.1.4 肉牛產(chǎn)品的消費(fèi)概況14-15
• 1.2 秦川牛15-16
• 1.2.1 秦川牛起源、分布及外貌特征15
• 1.2.2 秦川牛生產(chǎn)性能15
• 1.2.3 秦川牛肉用選育15-16
• 1.3 分子標(biāo)記16-17
• 1.3.1 遺傳標(biāo)記16
• 1.3.2 基于DNA雜交的分子標(biāo)記16
• 1.3.3 基于PCR的分子標(biāo)記16-17
• 1.3.4 基于限制性酶切和PCR的分子標(biāo)記17
• 1.4 單核苷酸多態(tài)性（SNP）17-18
• 1.5 FGFS簡(jiǎn)介18-20
• 1.5.1 FGF家族18-19
• 1.5.2 FGF219-20
• 1.6 本研究的目的與意義20-21
• 第二章 牛FGF2基因的生物信息學(xué)分析21-33
• 2.1 實(shí)驗(yàn)材料與方法21-22
• 2.1.1 FGF2 mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)21
• 2.1.2 FGF2氨基酸結(jié)構(gòu)分析21
• 2.1.3 FGF2蛋白結(jié)構(gòu)分析21
• 2.1.4 FGF2蛋白序列NCBI SMART BLAST分析21
• 2.1.5 秦川肉牛等8個(gè)物種FGF2蛋白同源性分析21-22
• 2.2 結(jié)果與分析22-31
• 2.2.1 牛FGF2 mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)分析結(jié)果22-24
• 2.2.2 牛FGF2氨基酸構(gòu)成結(jié)果24-25
• 2.2.3 牛FGF2蛋白結(jié)構(gòu)25-28
• 2.2.4 FGF2蛋白序列NCBI SMART BLAST結(jié)果28-29
• 2.2.5 牛等8個(gè)物種FGF2蛋白同源性分析結(jié)果29-31
• 2.3 討論31
• 2.4 小結(jié)31-33
• 第三章 秦川肉牛FGF2基因組織表達(dá)分析33-37
• 3.1 材料與方法33-35
• 3.1.1 實(shí)驗(yàn)儀器及試劑33
• 3.1.2 試驗(yàn)動(dòng)物及cDNA樣品獲取33
• 3.1.3 FGF2 Real-time PCR引物的設(shè)計(jì)與合成33
• 3.1.4 FGF2 Real-time PCR擴(kuò)增33-34
• 3.1.5 Real-time PCR定量結(jié)果計(jì)算34-35
• 3.2 結(jié)果與分析35
• 3.3 討論35-36
• 3.4 小結(jié)36-37
• 第四章 秦川肉牛FGF2基因多態(tài)性及與體尺和胴體性狀的相關(guān)性分析37-48
• 4.1 材料與方法37-40
• 4.1.1 實(shí)驗(yàn)儀器及試劑37
• 4.1.2 試驗(yàn)動(dòng)物與DNA獲取37
• 4.1.3 體尺及屠宰數(shù)據(jù)采集37
• 4.1.4 FGF2基因引物設(shè)計(jì)合成37-38
• 4.1.5 PCR擴(kuò)增38-39
• 4.1.6 PCR產(chǎn)物檢測(cè)39
• 4.1.7 PCR產(chǎn)物的分型39
• 4.1.8 群體遺傳結(jié)構(gòu)分析39
• 4.1.9 FGF2突變基因型與秦川肉牛生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)分析39
• 4.1.10 FGF2基因SNP連鎖不平衡分析39-40
• 4.1.11 FGF2基因SNP產(chǎn)生單倍型分析40
• 4.2 結(jié)果與分析40-46
• 4.2.1 秦川肉牛FGF2基因多態(tài)位點(diǎn)檢測(cè)40
• 4.2.2 秦川肉牛FGF2基因分型40
• 4.2.3 秦川肉牛群體遺傳結(jié)構(gòu)分析40-42
• 4.2.4 秦川肉牛FGF2基因各突變位點(diǎn)不同基因型與秦川肉牛性狀關(guān)聯(lián)分析42-45
• 4.2.5 秦川肉牛FGF2基因突變位點(diǎn)基因型連鎖不平衡分析45
• 4.2.6 秦川肉牛FGF2基因型突變位點(diǎn)基因型單倍型分析45-46
• 4.3 討論46-47
• 4.3.1 秦川肉牛群體遺傳多樣性46
• 4.3.2 秦川肉牛FGF2基因突變對(duì)秦川肉牛生長(zhǎng)性狀的影響46-47
• 4.4 小結(jié)47-48
• 第五章 結(jié)論與展望48-49
• 5.1 試驗(yàn)結(jié)論48
• 5.2 展望48-49
• 參考文獻(xiàn)49-53
• 附錄53-59
• 致謝59-60
• 作者簡(jiǎn)介60

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3 王t，

本文編號(hào)：825418