本文關(guān)鍵詞：基于中外豬種全基因組重測序數(shù)據(jù)搜尋PRRSV為主的豬病相關(guān)候選基因

  更多相關(guān)文章： 全基因組重測序 抗病育種 豬繁殖與呼吸綜合征 單核苷酸多態(tài)性

【摘要】：在現(xiàn)代養(yǎng)豬業(yè)中豬病尤其是豬藍耳病對國內(nèi)外的養(yǎng)豬業(yè)造成了很大的威脅。發(fā)達國家畜牧業(yè)每年因疾病造成的經(jīng)濟損失通常為17%,而發(fā)展中國家超過了30%以上,部分區(qū)域甚至高達50%。發(fā)達國家因豬病造成的經(jīng)濟損失相對較少源于對豬的健康及抗病力的高度重視�？v觀國內(nèi)外豬抗病育種歷程,從遺傳角度通過育種措施來培育高抗病性的個體提高豬群抵抗力在育種項目上是可行的,不僅降低用藥和防疫費用,也符合綠色健康養(yǎng)殖這一世界主流理念。豬藍耳病存在品種差異性,已被國內(nèi)外學(xué)者證實�？共×娛俏覈鄶�(shù)地方豬品種所具有的優(yōu)良特性。在豬藍耳病品種差異性的研究發(fā)現(xiàn)中國地方豬與歐洲豬相比表現(xiàn)出抗病力強的特點。目前通過不同豬種對藍耳病毒抗性或者易感性的篩選開展抗病育種尚未見報道,有可能是未來藍耳病防制的重要途徑之一,挖掘與鑒定更多與豬藍耳病重要相關(guān)的候選基因及致病突變位點任重道遠。同時隨著高通量重測序技術(shù)在動植物鄰域的廣泛應(yīng)用,如何充分利用高質(zhì)量的全基因組重測序數(shù)據(jù)挖掘有價值的信息亦是當(dāng)前研究的重點。本研究采用不同豬種全基因組重測序數(shù)據(jù),根據(jù)中外豬種抗病力的差異性分成中國地方豬群體和歐洲豬群體,利用卡方檢驗(χ2-Test)比較中外豬種群體之間SNPs的差異顯著性,應(yīng)用生物信息學(xué)方法分析位于x染色體和常染色體上中國地方豬群體與歐洲豬群體的全基因組遺傳變異,為搜尋中國地方豬優(yōu)良抗病基因、特別是豬藍耳病相關(guān)的候選基因及致病突變位點奠定基礎(chǔ),為開展豬PRRSV抗病育種提供重要的參考信息,為豬病的預(yù)防及治療提供新的研究思路。獲得主要結(jié)果如下:獲得主要結(jié)果如下:(1)Chi-20與PigQTLdb、OMIM以及OMIA數(shù)據(jù)庫共有的中外豬種差異疾病基因五個重要基因GUSB、GALC、MYH9、SEL1L和FBN1在人類疾病、不同動物疾病研究以及豬藍耳病的發(fā)病過程中均有直接或者間接影響,利用中國地方豬種抗病力強的特點,可深入挖掘在具體疾病性狀中的應(yīng)用。MYH9基因上同義突變位點G585C,為MYH9提升宿主細胞對PRRSV病毒感染敏感性研究候選位點提供參考。(2)PRRSV的中外豬種差異顯著的特定免疫基因及相關(guān)通路七個重要基因及其位點:COPS5上同義突變C693T;DARS上同義突變位點G252A;P4HA1上錯義突變A771C;PSMD12上錯義突變位點A1003G、同義突變位點T1007A、T1008A;TLR4上錯義突變A1027C;ATP6V1H上同義突變G1080A。這些重要基因及差異位點可為PRRS抗病育種候選基因及致因突變位點的材料積累;通路富集:60個特定免疫基因主要富集到溶酶體通路、Toll樣受體信號通路、肺結(jié)核、促化因子信號通路以及EB病毒感染通路。為中外豬種免疫相關(guān)的差異性通路研究,進一步提供參考;生物學(xué)過程:60個特定免疫基因顯著的生物學(xué)功能為肺部損傷、溶酶體組織、IL-1產(chǎn)物、ERK1與ERK2聯(lián)合負調(diào)控、白細胞增生負調(diào)控、全基因組核苷酸切除修復(fù)。進一步推動了中外豬種免疫相關(guān)的差異性生物學(xué)過程研究。(3)PRRSV的中外豬種差異顯著受體蛋白基因及位點SDC2基因上有錯義突變位點C243T,引起第81位氨基酸由天冬酰胺變?yōu)樘於彼�。為深入研究HS介導(dǎo)PRRSV內(nèi)吞作用機制中的致因突變提供重要的參考依據(jù)。(4)PRRSV的中外豬種差異顯著重要基因及位點Mx1基因有兩錯義突變位點A1241G與C1652T,分別引起第414位氨基酸由精氨酸變?yōu)橘嚢彼岷偷?51位氨基酸由丙氨酸變?yōu)槔i氨酸,可作為抗PRRSV和抗流感病毒致因突變位點積累;FOS基因上兩個突變位點G773A與G765A,推測在PRRSV激活ERK進而增強病毒的感染和繁殖過程中發(fā)揮作用。IFNE基因的G13T位點在IFNE激活細胞因子活性并與細胞因子受體結(jié)合中發(fā)揮作用。
【關(guān)鍵詞】：全基因組重測序 抗病育種 豬繁殖與呼吸綜合征 單核苷酸多態(tài)性
【學(xué)位授予單位】：華南農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S828
【目錄】：

• 摘要3-5
• Abstract5-10
• 1 前言10-19
• 1.1 豬抗病育種內(nèi)涵10-11
• 1.2 豬藍耳病11-14
• 1.2.1 PRRSV生物學(xué)特征11-12
• 1.2.2 PRRSV免疫基因12-13
• 1.2.3 PRRSV受體蛋白基因13-14
• 1.3 PRRSV信號通路14-17
• 1.3.1 胞外信號調(diào)控激酶信號通路14-15
• 1.3.2 視黃酸誘導(dǎo)基因蛋白I信號通路15
• 1.3.3 Toll樣受體信號通路15-16
• 1.3.4 髓樣細胞觸發(fā)受體1信號通路16
• 1.3.5 細胞凋亡信號通路16
• 1.3.6 其他重要信號通路16-17
• 1.4 豬病品種差異性17-18
• 1.5 全基因組重測序18-19
• 1.6 本研究的目的及意義19
• 2 材料與方法19-24
• 2.1 試驗材料19-21
• 2.2 試驗方法21-24
• 2.2.1 分群21-22
• 2.2.2 中外豬種等位基因頻率極端差異性分析22
• 2.2.3 數(shù)據(jù)庫22-24
• 3 結(jié)果與分析24-42
• 3.1 中外豬種差異基因及位點篩選結(jié)果24
• 3.2 中外豬種差異基因與各疾病基因數(shù)據(jù)庫比對結(jié)果24-29
• 3.2.1 Chi_40基因比對25
• 3.2.2 Chi_30基因比對25-26
• 3.2.3 Chi_20基因比對26-29
• 3.3 中外豬種差異基因與各數(shù)據(jù)庫比對的疾病候選基因29-31
• 3.3.1 PigQTLdb數(shù)據(jù)庫29-30
• 3.3.2 OMIA數(shù)據(jù)庫30
• 3.3.3 OMIM數(shù)據(jù)庫30-31
• 3.4 PRRSV相關(guān)中外豬種差異免疫基因及位點31-37
• 3.4.1 PRRSV特定的免疫基因31-36
• 3.4.2 PRRSV的普通免疫基因36-37
• 3.5 PRRSV的中外豬種差異顯著其它基因及位點37-42
• 3.5.1 PRRSV受體蛋白基因37-39
• 3.5.2 PRRSV相關(guān)信號通路上的基因39-41
• 3.5.3 PRRSV相關(guān)的其他重要基因41-42
• 4 討論與結(jié)論42-50
• 4.1 討論42-48
• 4.1.1 卡方檢驗與PigQTLdb、OMIM以及OMIA數(shù)據(jù)庫比對的共有基因42-44
• 4.1.2 PRRSV相關(guān)中外豬種差異的特定免疫基因44-46
• 4.1.3 PRRSV受體蛋白基因46
• 4.1.4 PRRSV相關(guān)重要基因的多態(tài)性46-47
• 4.1.5 PRRSV重要信號通路上差異基因及位點47-48
• 4.2 結(jié)論48-50
• 致謝50-51
• 參考文獻51-57
• 附錄57-142

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

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本文編號：786775