本文關(guān)鍵詞：位置功能候選基因HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160與豬肢蹄結(jié)實(shí)度的關(guān)聯(lián)性

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【摘要】：【目的】建立一種通過內(nèi)在的四肢骨關(guān)節(jié)評分來評估豬肢蹄結(jié)實(shí)度的方法,并計(jì)算關(guān)節(jié)評分與表觀評估的肢蹄結(jié)實(shí)度之間的相關(guān)系數(shù)。此外,在F2、萊蕪、二花臉、蘇太和杜長大5個(gè)豬群中,研究三個(gè)位置功能候選基因HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160與豬肢蹄結(jié)實(shí)度之間的關(guān)聯(lián)性�！痉椒ā扛鶕�(jù)關(guān)節(jié)面裂痕的大小和深淺以及損傷的嚴(yán)重程度,對5塊四肢骨的關(guān)節(jié)進(jìn)行評分(1—5分)。如果關(guān)節(jié)面裂痕很大且很深,或損傷很嚴(yán)重,則評為1分;如果關(guān)節(jié)面沒有裂痕和損傷,則評為5分。評分越高,說明關(guān)節(jié)越健康,肢蹄越結(jié)實(shí)。此外,基于筆者前期全基因組關(guān)聯(lián)分析的結(jié)果,在豬7號染色體最強(qiáng)關(guān)聯(lián)SNP兩側(cè)翼各0.2 Mb的區(qū)域內(nèi),篩選出HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160三個(gè)位置功能候選基因。在F2群體中,通過基因測序,搜尋這3個(gè)基因的多態(tài)位點(diǎn),并根據(jù)多態(tài)位點(diǎn)在6個(gè)物種間的保守性,篩選出11個(gè)多態(tài)位點(diǎn)。利用Taqman探針,對3個(gè)HMGA1位點(diǎn)和3個(gè)C6orf106位點(diǎn)進(jìn)行基因分型,而另一個(gè)基因的5個(gè)多態(tài)位點(diǎn)則通過基因型填補(bǔ)(genotype imputation)方法進(jìn)行基因分型。最后,利用R軟件Gen ABEL程序包,分析最小等位基因頻率(MAF)大于0.05的多態(tài)位點(diǎn)與肢蹄結(jié)實(shí)度之間的關(guān)聯(lián)性�！窘Y(jié)果】在C6orf106和ENSSSCG00000023160基因中,分別鑒別到174和5個(gè)多態(tài)位點(diǎn)。關(guān)節(jié)評分之間呈顯著的正相關(guān),絕大部關(guān)節(jié)評分與蹄趾、肢蹄和步態(tài)評分之間無相關(guān),而與肱二頭肌長度和重量呈顯著的負(fù)相關(guān)。公豬的肩胛骨關(guān)節(jié)評分極顯著低于母豬的評分,但是臂骨肩關(guān)節(jié)和后肢跗關(guān)節(jié)評分顯著高于母豬相應(yīng)的關(guān)節(jié)評分。在F2群體中,3個(gè)候選基因均與肢蹄結(jié)實(shí)度關(guān)聯(lián),但是ENSSSCG00000023160的關(guān)聯(lián)程度不如另外2個(gè)基因強(qiáng),可以排除它為肢蹄結(jié)實(shí)度的因果基因。因此,該基因沒有在其余的4個(gè)群體中進(jìn)行檢測。在二花臉群體中,HMGA1的g.2029CT和g.3155AG位點(diǎn)均與肢蹄結(jié)實(shí)度關(guān)聯(lián),另一個(gè)位點(diǎn)的MAF小于0.05。在其它3個(gè)群體中,HMGA1 3個(gè)位點(diǎn)的MAF都小于0.05。在萊蕪群體中,僅C6orf106的g.6953TC位點(diǎn)的MAF大于0.05,該位點(diǎn)與肢蹄結(jié)實(shí)度顯著關(guān)聯(lián)。在蘇太和杜長大群體中,C6orf106的g.2054TC和g.6953TC位點(diǎn)的MAF大于0.05,但它們與肢蹄結(jié)實(shí)度性狀之間無顯著關(guān)聯(lián)�！窘Y(jié)論】建立了一套利用四肢骨關(guān)節(jié)評分來評估肢蹄結(jié)實(shí)度的方法,該方法是對現(xiàn)有的表觀評估方法的重要補(bǔ)充。因?yàn)樘阒�、肢蹄和步態(tài)評分與關(guān)節(jié)評分無相關(guān),所以它們不能取代關(guān)節(jié)評分。關(guān)聯(lián)分析結(jié)果排除了ENSSSCG00000023160是肢蹄結(jié)實(shí)度因果基因,但沒有排除HMGA1和C6orf106的可能性,因此,有必要對這2個(gè)基因進(jìn)行更深入的研究。
【作者單位】： 溫州醫(yī)科大學(xué)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)中心;江西農(nóng)業(yè)大學(xué)種豬遺傳改良與養(yǎng)殖技術(shù)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 豬 肢蹄結(jié)實(shí)度 關(guān)節(jié)評分 關(guān)聯(lián)分析 基因型填補(bǔ)
【基金】：國家自然科學(xué)基金(31060153,31460590) 江西省自然科學(xué)基金(20142BAB204017)
【分類號】：S828
【正文快照】： 傳力為0.1—0.5[3,5-7]。ROTHSCHILD等在一個(gè)杜洛克0引言群體中對肢蹄結(jié)實(shí)度進(jìn)行5個(gè)世代的歧化選擇后,正【研究意義】肢蹄結(jié)實(shí)度反映豬前后肢蹄的結(jié)實(shí)向選擇群體的肢蹄結(jié)實(shí)度顯著高于反向選擇群體[7]。程度,一般通過外在的肢蹄評分和步態(tài)評分來度量[1]。因此,對肢蹄結(jié)實(shí)度的遺

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中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前7條

1 候利娟;張徐非;郭源梅;;豬肢蹄結(jié)實(shí)度的遺傳解析進(jìn)展[J];豬業(yè)科學(xué);2013年12期

2 楊興柱;制定湖北白豬肢蹄結(jié)實(shí)度選種標(biāo)準(zhǔn)的試探[J];畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào);1988年01期

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4 樊新忠;;淺議種豬群肢蹄結(jié)實(shí)度的選擇改良[J];豬業(yè)科學(xué);2013年11期

5 柳小春,陳斌,施啟順;大約克夏豬和長白豬肢蹄結(jié)實(shí)度的遺傳分析[J];中國農(nóng)業(yè)科學(xué);1991年05期

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7 ;[J];;年期

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 張徐非;位置候選基因HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160與豬肢蹄結(jié)實(shí)度的關(guān)聯(lián)性研究[D];江西農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

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本文編號：752144