本文關(guān)鍵詞：我國(guó)羊巴貝斯蟲(chóng)分子流行病學(xué)調(diào)查及基因組物理圖譜繪制

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【摘要】：巴貝斯蟲(chóng)是一類(lèi)寄生于人和動(dòng)物紅細(xì)胞內(nèi)的隸屬于巴貝斯屬(Babesia)的蜱傳性血液原蟲(chóng),。動(dòng)物感染巴貝斯蟲(chóng)后即患巴貝斯蟲(chóng)病(Babesiosis),該病又被稱(chēng)為蜱傳熱、紅尿熱等。動(dòng)物感染該病后表現(xiàn)出發(fā)熱、貧血、黃疸、血紅蛋白尿等臨床癥狀,嚴(yán)重時(shí)甚至?xí)鹚劳觥Ｔ摬》植挤秶鷱V,在世界各地都有流行,給畜牧業(yè)帶來(lái)巨大的經(jīng)濟(jì)損失。我國(guó)羊巴貝斯蟲(chóng)病研究起步較晚,對(duì)其病原種類(lèi)、分布和生物學(xué)特性尚不十分清楚。本研究首先應(yīng)用Real-time PCR檢測(cè)技術(shù),對(duì)我國(guó)現(xiàn)已分離鑒定到的兩種羊的巴貝斯蟲(chóng)——莫氏巴貝斯蟲(chóng)(Babesia motasi)和巴貝斯蟲(chóng)未定種(Babesia sp.)在十個(gè)省區(qū)開(kāi)展了分子流行病學(xué)調(diào)查;然后以羊巴貝斯蟲(chóng)未定種新疆株(Babesia sp.Xinjiang)為研究對(duì)象,根據(jù)已構(gòu)建的其細(xì)菌人工染色體(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文庫(kù)和二、三代全基因組序列測(cè)序數(shù)據(jù),繪制羊巴貝斯蟲(chóng)未定種新疆株物理圖譜。對(duì)了解該病病原的在我國(guó)的分布和基因組結(jié)構(gòu)做了初步的探索研究。為了調(diào)查和分析羊的巴貝斯蟲(chóng)在我國(guó)的分布情況,2010-2014年間,于我國(guó)10個(gè)省區(qū)共采集到823份綿羊和山羊血液樣本,并提取基因組DNA。應(yīng)用區(qū)分莫氏巴貝斯蟲(chóng)和羊巴貝斯蟲(chóng)未定種的Real-time PCR方法,對(duì)提取的基因組DNA進(jìn)行了檢測(cè)。結(jié)果顯示,除了海南省,其它省份都檢測(cè)到莫氏巴貝斯蟲(chóng)的感染,總體陽(yáng)性率為5.95%(49/823),其中河南陽(yáng)性率最高,為10.47%(9/86);而羊巴貝斯蟲(chóng)未定種只在湖北、貴州和甘肅省檢測(cè)到,陽(yáng)性率分別為4.55%(2/44)、6.38%(3/47)和0.62%(2/322)。本研究首次應(yīng)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR對(duì)我國(guó)羊巴貝斯蟲(chóng)病的流行狀況進(jìn)行大范圍的調(diào)查,為了解我國(guó)羊巴貝斯蟲(chóng)的分布情況和制定相應(yīng)的羊巴貝斯蟲(chóng)病防控策略提供了數(shù)據(jù)支持。綜合羊巴貝斯蟲(chóng)未定種新疆株基因組測(cè)序組裝數(shù)據(jù),根據(jù)定位和設(shè)計(jì)的204對(duì)篩庫(kù)引物,通過(guò)對(duì)羊巴貝斯蟲(chóng)未定種新疆株BAC文庫(kù)約1.5萬(wàn)個(gè)PCR篩選和相應(yīng)的酶切指紋圖譜驗(yàn)證,初步得到覆蓋其基因組的171個(gè)BAC陽(yáng)性克隆,并成功構(gòu)建了測(cè)序組裝的5條Scaffold的克隆重疊群圖譜,其總長(zhǎng)度約8.47Mb,對(duì)其基因組的覆蓋度達(dá)到了99%左右,與此同時(shí)在構(gòu)建好的克隆重疊圖中有6對(duì)引物沒(méi)有篩選到陽(yáng)性克隆,還有1對(duì)引物篩庫(kù)引物的實(shí)際擴(kuò)增片段大小與目的產(chǎn)物大小有一定的差異。這意味著在已有數(shù)據(jù)的拼接結(jié)果中存有錯(cuò)誤拼接。該研究為進(jìn)一步精確組裝該巴貝斯蟲(chóng)的全基因組序列數(shù)據(jù),做了前期探索性的工作。
【關(guān)鍵詞】：羊巴貝斯蟲(chóng) 實(shí)時(shí)熒光定量PCR 分子流行病學(xué)調(diào)查 BAC文庫(kù) 物理圖譜
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：S858.26;S858.27
【目錄】：

• 摘要5-6
• Abstract6-10
• 英文縮略表10-11
• 第一章 引言11-20
• 1.1 巴貝斯蟲(chóng)的簡(jiǎn)介11-13
• 1.1.1 巴貝斯蟲(chóng)的分類(lèi)11
• 1.1.2 巴貝斯蟲(chóng)的病原11-12
• 1.1.3 巴貝斯蟲(chóng)的生活史12
• 1.1.4 巴貝斯蟲(chóng)病流行病學(xué)12-13
• 1.2 巴貝斯蟲(chóng)病診斷技術(shù)13-16
• 1.2.1 病原學(xué)診斷13-14
• 1.2.2 血清學(xué)診斷14
• 1.2.2.1 酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)（ELISA）14
• 1.2.2.2 乳膠凝集試驗(yàn)(LAT)14
• 1.2.3 分子生物學(xué)診斷14-16
• 1.2.3.1 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR）15
• 1.2.3.4 實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)（Real-time PCR)15-16
• 1.3 巴貝斯蟲(chóng)基因組研究16
• 1.4 人工染色體（BAC）16-17
• 1.5 基因組物理圖譜17-18
• 1.5.1 菌落雜交法17
• 1.5.2 分子標(biāo)記法17-18
• 1.5.3 酶切指紋法18
• 1.6 物理圖譜的應(yīng)用18-19
• 1.6.1 基因組測(cè)序18
• 1.6.2 基因的圖位克隆18
• 1.6.3 比較基因組學(xué)研究18-19
• 1.7 本研究的目的和意義19-20
• 第二章 我國(guó)十省區(qū)羊巴貝斯蟲(chóng)流行病學(xué)調(diào)查20-24
• 2.1 材料與方法20-21
• 2.1.1 樣品20
• 2.1.2 主要試劑和儀器20-21
• 2.2 實(shí)驗(yàn)方法21-22
• 2.2.1 血液基因組DNA提取21
• 2.2.2 實(shí)時(shí)熒光定量PCR21-22
• 2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果22
• 2.4 討論22-24
• 第三章 羊巴貝斯蟲(chóng)新疆株物理圖譜繪制24-45
• 3.1 實(shí)驗(yàn)試劑與儀器24
• 3.2 試驗(yàn)方法24-27
• 3.2.1 巴貝斯蟲(chóng)測(cè)序基因組提取24
• 3.2.2 巴貝斯蟲(chóng)篩庫(kù)基因組提取24-25
• 3.2.3 引物定位與設(shè)計(jì)25
• 3.2.4 BAC板庫(kù)制粒復(fù)制25
• 3.2.5 BAC板庫(kù)、行庫(kù)和列庫(kù)制備25-26
• 3.2.6 BAC文庫(kù)篩選26
• 3.2.7 BAC質(zhì)粒提取26
• 3.2.8 BAC質(zhì)粒酶切驗(yàn)證26
• 3.2.9 陽(yáng)性克隆指紋酶切指紋圖譜驗(yàn)證和克隆重疊群構(gòu)建26-27
• 3.2.10 核型分析與Scaffold定位27
• 3.3 結(jié)果與分析27-43
• 3.3.1 測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)27
• 3.3.2 BAC板庫(kù)、行庫(kù)和列庫(kù)質(zhì)粒濃度處理27
• 3.3.3 引物設(shè)計(jì)與篩庫(kù)結(jié)果27-38
• 3.3.4 質(zhì)粒酶切驗(yàn)證38-39
• 3.3.5 酶切指紋圖譜驗(yàn)證39-42
• 3.3.6 核型分析與Scaffold定位42-43
• 3.4 討論43-45
• 第四章 全文結(jié)論45-46
• 參考文獻(xiàn)46-51
• 致謝51-52
• 作者簡(jiǎn)歷52

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3 白啟，劉光遠(yuǎn)，韓根鳳，惠禹;甘肅張家川牛卵形巴貝斯蟲(chóng)的分離及補(bǔ)充傳播試驗(yàn)[J];中國(guó)獸醫(yī)科技;1994年09期

4 陳啟軍，，李德昌;巴貝斯蟲(chóng)分子生物學(xué)研究進(jìn)展[J];中國(guó)獸醫(yī)科技;1995年06期

5 殷宏,羅建勛,呂文順,呂文祥,張其才,王玉英,劉天斌,律光啟,李忠義,竇云龍,趙鵬宇,常思明;莫氏巴貝斯蟲(chóng)和羊巴貝斯蟲(chóng)在我國(guó)的分離及形態(tài)學(xué)觀察[J];中國(guó)獸醫(yī)科技;1997年10期

6 任鈺峰;馬瑛;錢(qián)麗莉;;一例犬感染吉氏巴貝斯蟲(chóng)的病例報(bào)告[J];畜牧獸醫(yī)科技信息;2014年02期

7 白音查汗,五十嵐郁男;牛卵形巴貝斯蟲(chóng)的體外培養(yǎng)[J];中國(guó)獸醫(yī)寄生蟲(chóng)病;2001年02期

8 梁億林;鄧耿高;楊龍飛;龐偉;;犬韋氏巴貝斯蟲(chóng)的分子鑒定[J];廣東農(nóng)業(yè)科學(xué);2011年14期

9 黃國(guó)明;賈立軍;薛書(shū)江;張守發(fā);;牛卵形巴貝斯蟲(chóng)巢式PCR診斷方法的建立及初步應(yīng)用[J];中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào);2012年10期

10 王婧;周緒正;李冰;魏曉娟;范穎;劉翠翠;張繼瑜;;抗巴貝斯蟲(chóng)藥物的研究進(jìn)展[J];中國(guó)畜牧獸醫(yī);2013年04期

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1 牛慶麗;關(guān)貴全;馬米玲;劉志杰;劉愛(ài)紅;高金亮;任巧云;李有全;劉軍龍;羅建勛;殷宏;;用反向線狀印跡方法檢測(cè)和區(qū)別羊的泰勒蟲(chóng)和巴貝斯蟲(chóng)[A];中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)家畜寄生蟲(chóng)學(xué)分會(huì)第六次代表大會(huì)暨第十次學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2009年

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1 李延生;務(wù)實(shí)成就賽貝斯數(shù)據(jù)庫(kù)管理龍頭地位[N];中國(guó)企業(yè)報(bào);2003年

2 美聯(lián);菲·莫成功收購(gòu)納貝斯克[N];廠長(zhǎng)經(jīng)理日?qǐng)?bào);2000年

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2 楊其清;犬吉氏巴貝斯蟲(chóng)重組表達(dá)抗原檢測(cè)技術(shù)的建立及其在流行病學(xué)調(diào)查上的應(yīng)用[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

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10 羅金;馬泰勒蟲(chóng)分類(lèi)學(xué)定位佐證及PCR、ELISA檢測(cè)方法的建立[D];甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué);2011年

本文編號(hào)：689720