發(fā)布時(shí)間：2017-06-29 15:02

  本文關(guān)鍵詞：牛PPARα、PPARβ基因多態(tài)性及其與生長性狀相關(guān)性分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：本研究以郟縣紅牛、南陽黃牛、魯西牛、秦川牛、渤海黑牛和高原牦牛6個(gè)牛品種共計(jì)514個(gè)個(gè)體為試驗(yàn)動(dòng)物,利用PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism)和DNA測序技術(shù),研究了影響牛脂肪代謝2個(gè)候選基因(PPARα和β)的遺傳變異,包括PPARα和β基因的啟動(dòng)子區(qū)、全部編碼區(qū)和部分內(nèi)含子區(qū)域。并結(jié)合生長性狀對(duì)檢測到的SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)位點(diǎn)進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析,同時(shí)利用生物信息學(xué)方法分析了牛PPARα與PPARβ蛋白的氨基酸序列,預(yù)測了其理化性質(zhì)、二級(jí)結(jié)構(gòu)、信號(hào)肽、跨膜區(qū)、結(jié)構(gòu)域等性質(zhì),本試驗(yàn)旨在篩選出與牛經(jīng)濟(jì)性狀具有顯著相關(guān)的分子遺傳標(biāo)記。其具體結(jié)果如下：1.牛PPARα基因SNPs檢測及其與牛生長性狀的相關(guān)性分析在牛PPARα基因上共檢測到3個(gè)SNPs,分別為：啟動(dòng)子區(qū)-1910 bp(TA)、第五外顯子138 bp(TC)和第八內(nèi)含子136 bp(AG)。g.-1910(TA)位點(diǎn)和g.138(TC)位點(diǎn)除了高原牦牛群體屬于低度多態(tài)外,其他5個(gè)牛品種均屬于中度多態(tài)；g.136(AG)位點(diǎn)6個(gè)牛品種均屬于中度多態(tài)。關(guān)聯(lián)分析結(jié)果表明：g.-1910(TA)位點(diǎn)多態(tài)性與魯西牛的體高、體斜長、胸圍、體重和重高比；郟縣紅牛腹圍和腰角寬；南陽黃牛胸圍、腹圍、腰角寬、體重和重高比；河南地方黃牛(郟縣紅牛和南陽牛)體重(6月齡)、體斜長(6月齡)、平均日增重(6月齡)、胸圍(6月齡)和坐骨端寬(6、12和18月齡)顯著相關(guān)(P0.05或P0.01)。g.138(TC)位點(diǎn)多態(tài)性與魯西牛體高、十字部高；河南地方黃牛胸圍(6月齡)、體高(12、18和24月齡)、體重(18月齡)、體斜長(24月齡)顯著相關(guān)(P0.05或P0.01)。g.136(AG)位點(diǎn)多態(tài)性與南陽牛腹圍、坐骨端寬；河南地方黃牛體重(0、18和24月齡)、坐骨端寬(6、12、18和24月齡)、平均日增重(6月齡)顯著相關(guān)(P0.05或P0.01)。PPARα基因三個(gè)SNPs位點(diǎn)共構(gòu)成8種組合基因型,其中,體高、胸圍、腹圍、腰角寬、十字部高、體重和重高比指標(biāo)在不同組合基因型個(gè)體間存在顯著差異(P0.05或P0.01)。連鎖不平衡與單倍型分析結(jié)果表明在6個(gè)牛品種中,魯西牛、秦川牛、渤海牛和郟縣牛g.136(AG)與g.-1910(TA)位點(diǎn)之間處于強(qiáng)連鎖狀態(tài)(r20.33)；g.138(TC)與g.136(AG)位點(diǎn)之間、g.138(TC)與g.-1910(DA)位點(diǎn)之間均為弱連鎖或不連鎖狀態(tài)(0≤r20.33)。在6個(gè)不同群體中,單倍型的分布存在差異。2.牛PPARβ基因SNPs檢測及其與牛生長性狀的相關(guān)性分析在牛PPARβ基因上共檢測到3個(gè)SNPs,分別為：啟動(dòng)子區(qū)-1373 bp(GA)、第二內(nèi)含子3 bp(AG)和第六內(nèi)含子73 bp(TC)。g.-1373(GA)位點(diǎn)(除秦川牛外)、g.3(AG)位點(diǎn)(除高原牦牛外)、g.73(TC)位點(diǎn)(除渤海牛外),其他5個(gè)牛品種均屬于中度多態(tài)。關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示：g.-1373(GA)位點(diǎn)多態(tài)性與魯西牛胸圍、腹圍和十字部高；郟縣牛腰角寬和坐骨端寬；南陽黃牛胸圍、坐骨端寬和重高比；河南地方黃牛體重(0、6和24月齡)、坐骨端寬(6、12、18和24月齡)、胸圍(6和24月齡)和平均日增重(6和18月齡)顯著相關(guān)(P0.05或P0.01)。g.3(AG)位點(diǎn)多態(tài)性與魯西牛坐骨端寬、體重和重高比；郟縣牛腰角寬和坐骨端寬；河南地方黃牛體重(0、6和24月齡)、體高(6、18和24月齡)、坐骨端寬(6、12、18和24月齡)、體斜長(6月齡)、胸圍(12月齡)和平均日增重(6和12月齡)顯著相關(guān)(P0.05或P0.01)。g.73(TC)位點(diǎn)多態(tài)性與魯西牛胸圍、腹圍、體重和重高比；郟縣牛體重和重高比；南陽牛體斜長、腹圍、體重和重高比：河南地方黃牛體重(0月齡)、體高(6月齡)、坐骨端寬(6、12、18和24月齡)、體斜長(6和12月齡)、胸圍(12、18和24月齡)和平均日增重(18月齡)顯著相關(guān)(P0.05或P0.01)。PPARβ基因三個(gè)SNPs位點(diǎn)共構(gòu)成9種組合基因型,其中,腹圍、腰角寬、坐骨端寬、體重和重高比指標(biāo)在不同組合基因型個(gè)體間存在顯著差異(P0.05或P0.01)。連鎖不平衡與單倍型分析結(jié)果表明g.3(AG)、g.73(TC)和g.-1373(GA)三個(gè)位點(diǎn)兩兩之間均處于弱連鎖或不連鎖狀態(tài)。在6個(gè)不同群體中,單倍型分布存在差異。
【關(guān)鍵詞】：牛 PPARs家族基因 多態(tài)性 關(guān)聯(lián)分析
【學(xué)位授予單位】：信陽師范學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S823
【目錄】：

• 摘要6-8
• Abstract8-14
• 第1章 引言14-26
• 1.1 中國地方黃牛品種介紹15-17
• 1.1.1 秦川牛15
• 1.1.2 魯西黃牛15-16
• 1.1.3 南陽黃牛16
• 1.1.4 郟縣紅牛16-17
• 1.2 動(dòng)物育種策略17-20
• 1.2.1 限制性片段長度多態(tài)性標(biāo)記(RFLP)17-18
• 1.2.2 隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性標(biāo)記(RAPD)18-19
• 1.2.3 擴(kuò)增片段長度多態(tài)性標(biāo)記(AFLP)19
• 1.2.4 微衛(wèi)星多態(tài)性標(biāo)記(SSR)19
• 1.2.5 單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記(SNP)19-20
• 1.3 分子遺傳標(biāo)記在動(dòng)物育種中的應(yīng)用20-22
• 1.3.1 標(biāo)記輔助選擇育種21
• 1.3.2 構(gòu)建動(dòng)物遺傳圖譜21
• 1.3.3 個(gè)體識(shí)別及親緣關(guān)系的鑒定21-22
• 1.4 PPARα、PPARβ基因的研究進(jìn)展22-25
• 1.4.1 PPARα基因的結(jié)構(gòu)特征及組織分布22-23
• 1.4.2 PPARα基因的生物學(xué)功能研究23-24
• 1.4.3 PPARβ基因的結(jié)構(gòu)特征及組織分布24
• 1.4.4 PPARβ基因的生物學(xué)功能研究24-25
• 1.5 研究的目的和意義25-26
• 第2章 材料與方法26-35
• 2.1 試驗(yàn)材料26-28
• 2.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物26
• 2.1.2 生長數(shù)據(jù)26-27
• 2.1.3 主要儀器設(shè)備27
• 2.1.4 試驗(yàn)中常用試劑27-28
• 2.2 試驗(yàn)方法28-34
• 2.2.1 牛全血基因組DNA提取28
• 2.2.2 提取的DNA質(zhì)量檢測28
• 2.2.3 DNA池的構(gòu)建28
• 2.2.4 引物設(shè)計(jì)28-32
• 2.2.5 PCR擴(kuò)增32
• 2.2.6 PCR-RFLP反應(yīng)及測序32-34
• 2.3 試驗(yàn)結(jié)果的統(tǒng)計(jì)分析34-35
• 2.3.1 遺傳多態(tài)性分析34
• 2.3.2 遺傳標(biāo)記與性狀的關(guān)聯(lián)分析統(tǒng)計(jì)模型34-35
• 第3章 結(jié)果與分析35-75
• 3.1 牛PPARα基因突變位點(diǎn)檢測及與牛生長性狀相關(guān)性分析35-53
• 3.1.1 牛PPARα基因DNA池?cái)U(kuò)增后的測序結(jié)果35
• 3.1.2 牛PPARα基因三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)突變區(qū)域的PCR擴(kuò)增35-36
• 3.1.3 牛PPARα基因三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)的PCR-RFLP分析36-39
• 3.1.4 牛PPARα基因三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)的群體遺傳學(xué)分析39-42
• 3.1.5 牛PPARα基因三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)與牛經(jīng)濟(jì)性狀的關(guān)聯(lián)分析42-51
• 3.1.6 牛PPARα基因三個(gè)位點(diǎn)間的組合效應(yīng)與牛生長性狀的關(guān)聯(lián)分析51-53
• 3.2 牛PPARβ基因突變位點(diǎn)檢測及與牛生長性狀相關(guān)性分析53-72
• 3.2.1 牛PPARβ基因DNA池?cái)U(kuò)增后的測序結(jié)果53
• 3.2.2 牛PPARβ基因三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)突變區(qū)域的PCR擴(kuò)增53-54
• 3.2.3 牛PPARβ基因三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)的PCR-RFLP分析54-57
• 3.2.4 牛PPARβ基因三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)的群體遺傳學(xué)分析57-60
• 3.2.5 牛PPARβ基因三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)與牛經(jīng)濟(jì)性狀的關(guān)聯(lián)分析60-70
• 3.2.6 牛PPARβ基因三個(gè)位點(diǎn)間的組合效應(yīng)與牛經(jīng)濟(jì)性狀的關(guān)聯(lián)分析70-72
• 3.3 牛PPARα、PPARβ基因的連鎖不平衡及單倍型分析72-75
• 3.3.1 牛PPARα基因三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)的連鎖不平衡分析72
• 3.3.2 牛PPARα基因三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)的單倍型分析72-73
• 3.3.3 牛PPARβ基因三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)的連鎖不平衡分析73
• 3.3.4 牛PPARβ基因三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)的單倍型分析73-75
• 第4章 生物信息學(xué)分析75-88
• 4.1 牛PPARα蛋白的生物信息學(xué)分析75-81
• 4.1.1 牛PPARα基因結(jié)構(gòu)的基本信息75
• 4.1.2 PPARα氨基酸的基本分析75-76
• 4.1.3 PPARα蛋白的疏水結(jié)構(gòu)76
• 4.1.4 PPARα蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)76-78
• 4.1.5 PPARα蛋白的磷酸化位點(diǎn)分析78
• 4.1.6 PPARα蛋白的糖基化位點(diǎn)分析78-79
• 4.1.7 PPARα蛋白信號(hào)肽與跨膜結(jié)構(gòu)分析79-80
• 4.1.8 PPARα蛋白Domin分析80-81
• 4.1.9 亞細(xì)胞定位81
• 4.2 牛PPARβ蛋白的生物信息學(xué)分析81-88
• 4.2.1 牛PPARβ基因結(jié)構(gòu)的基本信息81
• 4.2.2 PPARβ氨基酸的基本分析81-82
• 4.2.3 PPARβ蛋白的疏水結(jié)構(gòu)82
• 4.2.4 PPARβ蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)82-84
• 4.2.5 PPARβ蛋白的磷酸化位點(diǎn)分析84
• 4.2.6 PPARβ蛋白的糖基化位點(diǎn)分析84-85
• 4.2.7 PPARβ蛋白信號(hào)肽與跨膜結(jié)構(gòu)分析85-86
• 4.2.8 PPARβ蛋白Domin分析86-87
• 4.2.9 亞細(xì)胞定位87-88
• 第5章 討論88-91
• 5.1 牛PPARα基因SNPs的遺傳多樣性分析88-89
• 5.2 牛PPARβ基因SNPs的遺傳多樣性分析89-91
• 第6章 結(jié)論91-93
• 致謝93-94
• 參考文獻(xiàn)94-100
• 攻讀學(xué)位期間獲得與學(xué)位論文相關(guān)的科研成果目錄100-101
• 附錄101-104

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前7條

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  本文關(guān)鍵詞：牛PPARα、PPARβ基因多態(tài)性及其與生長性狀相關(guān)性分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：498265