發(fā)布時間：2024-10-05 01:49

　　免疫系統(tǒng)的正常工作對于機體健康具有重要作用,免疫系統(tǒng)的失職、失察或者過激反應都會引發(fā)感染或者其他疾病。由于免疫系統(tǒng)組成和反應的復雜性,同時受限于生物實驗技術和實驗結(jié)果分析方法,使得復雜疾病的診斷、解釋和動物育種有效分子標記的開發(fā)成為生物醫(yī)學和動物育種的重點和難點。各種高通量生物技術的發(fā)展,特別是以蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡和基因調(diào)控網(wǎng)絡為代表的生物網(wǎng)絡顯示了很好的基因間的復雜作用關系,為復雜疾病和動物抗病育種提供了大量可靠的數(shù)據(jù)支持。目前,高通量數(shù)據(jù)的獲取不再困難,研究人員面臨的挑戰(zhàn)是如何在生物醫(yī)學和動物遺傳育種研究過程中運用這些數(shù)據(jù)。 本研究旨在發(fā)展高通量的免疫基因組學分析平臺和方法,在哺乳動物全或近全免疫基因組數(shù)據(jù)的收集、整理的基礎上,通過全或近全免疫基因網(wǎng)絡的構建與評估,深入解析了動物免疫基因組的特點,并將免疫基因組/免疫網(wǎng)絡作為工具,初步運用于表達譜和GWAS。主要結(jié)果和發(fā)現(xiàn)如下： 1.全或近全免疫基因組數(shù)據(jù)的收集、免疫基因網(wǎng)絡的建立與評估 原始數(shù)據(jù)主要來源于6個蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(BioGRID、InAct、HPRD、Innatedb、 Reactom、MINT)和4個基因通路數(shù)據(jù)庫...

【文章頁數(shù)】：98 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
1 緒論
    1.1 前言
    1.2 系統(tǒng)生物學與基因網(wǎng)絡生物學
        1.2.1 系統(tǒng)生物學的定義
        1.2.2 生物網(wǎng)絡類型
        1.2.3 生物網(wǎng)絡的獲取方法
        1.2.4 生物網(wǎng)絡的特征
        1.2.5 生物網(wǎng)絡在后基因組時代的應用
    1.3 本文的研究內(nèi)容與創(chuàng)新
    1.4 本文的內(nèi)容寫作安排
2 免疫基因網(wǎng)絡的構建、評估
    2.1 前言
        2.1.1 問題的由來
        2.1.2 免疫基因網(wǎng)絡概述
        2.1.3 免疫基因網(wǎng)絡建立的假設
        2.1.4 免疫基因網(wǎng)絡的作用、目的及意義
    2.2 材料與方法
        2.2.1 生物網(wǎng)絡數(shù)據(jù)
        2.2.2 免疫基因數(shù)據(jù)
        2.2.3 免疫基因網(wǎng)絡的構建
        2.3.4 免疫基因網(wǎng)絡的評估
    2.3 實驗結(jié)果
        2.3.1 互作數(shù)據(jù)的收集與整理
        2.3.2 免疫基因的收集與整理
        2.3.3 免疫基因網(wǎng)絡的構建
        2.3.4 免疫基因網(wǎng)絡的評估
            2.3.4.1 免疫基因網(wǎng)絡的分子組成
            2.3.4.2 免疫基因網(wǎng)絡的拓撲學結(jié)構評估
        2.3.5 免疫基因網(wǎng)絡的可靠性和全面性評估
3 免疫基因網(wǎng)絡應用于高通量表達譜基因芯片
    3.1 前言
        3.1.1 問題的由來
        3.1.2 文獻綜述
    3.2 實驗材料與方法
        3.2.1 實驗動物群體及設計
        3.2.2 實驗材料
        3.2.3 試驗方法
    3.3 實驗結(jié)果
        3.3.1 差異表達基因分析
        3.3.2 基因集富集分析(GSEA)
4 免疫基因網(wǎng)絡應用于豬外周血淋巴細胞亞型全基因組關聯(lián)分析(GWAS)和轉(zhuǎn)錄組芯片的整合分析研究
    4.1 前言
        4.1.1 問題的由來
        4.1.2 關于血液表型的GWAS研究綜述
        4.1.3 T淋巴細胞及亞群在臨床診斷當中的應用
        4.1.4 關于淋巴細胞的全基因組關聯(lián)分析(GWAS)進展
        4.1.5 全基因組關聯(lián)分析進展及碰到的問題
    4.2 實驗材料與方法
        4.2.1 實驗動物群體及設計
        4.2.2 試驗材料
            4.2.2.1 全基因組SNP數(shù)據(jù)
            4.2.2.2 T細胞亞型表型數(shù)據(jù)
            4.2.2.3 GWAS結(jié)果極端個體的表達譜芯片
        4.2.3 實驗方法
            4.2.3.1 全基因組關聯(lián)分析的方法
            4.2.3.2 表達譜芯片分析
            4.2.3.3 致因網(wǎng)絡的構建
            4.2.3.4 致因網(wǎng)絡應用與表達譜芯片分析
    4.3 實驗結(jié)果
        4.3.1 PolyI：C刺激前后T細胞亞型表型的變化
        4.3.2 各類型細胞表型的GWAS結(jié)果
            4.3.2.1 T淋巴細胞亞型細胞的GWAS結(jié)果
            4.3.2.2 CD4 T細胞與CD8 T細胞比率的GWAS分析結(jié)果
            4.3.2.3 非T淋巴細胞亞型的分析結(jié)果
        4.3.3 區(qū)域內(nèi)候選基因致因網(wǎng)絡的構建
        4.3.4 GWAS顯著區(qū)間內(nèi)候選基因的網(wǎng)絡分析
5 討論
6 小結(jié)
參考文獻
攻讀學位期間撰寫論文題錄
致謝



本文編號：4007402