免疫系統(tǒng)的正常工作對于機體健康具有重要作用,免疫系統(tǒng)的失職、失察或者過激反應(yīng)都會引發(fā)感染或者其他疾病。由于免疫系統(tǒng)組成和反應(yīng)的復(fù)雜性,同時受限于生物實驗技術(shù)和實驗結(jié)果分析方法,使得復(fù)雜疾病的診斷、解釋和動物育種有效分子標(biāo)記的開發(fā)成為生物醫(yī)學(xué)和動物育種的重點和難點。各種高通量生物技術(shù)的發(fā)展,特別是以蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)為代表的生物網(wǎng)絡(luò)顯示了很好的基因間的復(fù)雜作用關(guān)系,為復(fù)雜疾病和動物抗病育種提供了大量可靠的數(shù)據(jù)支持。目前,高通量數(shù)據(jù)的獲取不再困難,研究人員面臨的挑戰(zhàn)是如何在生物醫(yī)學(xué)和動物遺傳育種研究過程中運用這些數(shù)據(jù)。 本研究旨在發(fā)展高通量的免疫基因組學(xué)分析平臺和方法,在哺乳動物全或近全免疫基因組數(shù)據(jù)的收集、整理的基礎(chǔ)上,通過全或近全免疫基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與評估,深入解析了動物免疫基因組的特點,并將免疫基因組/免疫網(wǎng)絡(luò)作為工具,初步運用于表達(dá)譜和GWAS。主要結(jié)果和發(fā)現(xiàn)如下： 1.全或近全免疫基因組數(shù)據(jù)的收集、免疫基因網(wǎng)絡(luò)的建立與評估 原始數(shù)據(jù)主要來源于6個蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(BioGRID、InAct、HPRD、Innatedb、 Reactom、MINT)和4個基因通路數(shù)據(jù)庫...

【文章頁數(shù)】：98 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
1 緒論
    1.1 前言
    1.2 系統(tǒng)生物學(xué)與基因網(wǎng)絡(luò)生物學(xué)
        1.2.1 系統(tǒng)生物學(xué)的定義
        1.2.2 生物網(wǎng)絡(luò)類型
        1.2.3 生物網(wǎng)絡(luò)的獲取方法
        1.2.4 生物網(wǎng)絡(luò)的特征
        1.2.5 生物網(wǎng)絡(luò)在后基因組時代的應(yīng)用
    1.3 本文的研究內(nèi)容與創(chuàng)新
    1.4 本文的內(nèi)容寫作安排
2 免疫基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建、評估
    2.1 前言
        2.1.1 問題的由來
        2.1.2 免疫基因網(wǎng)絡(luò)概述
        2.1.3 免疫基因網(wǎng)絡(luò)建立的假設(shè)
        2.1.4 免疫基因網(wǎng)絡(luò)的作用、目的及意義
    2.2 材料與方法
        2.2.1 生物網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)
        2.2.2 免疫基因數(shù)據(jù)
        2.2.3 免疫基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        2.3.4 免疫基因網(wǎng)絡(luò)的評估
    2.3 實驗結(jié)果
        2.3.1 互作數(shù)據(jù)的收集與整理
        2.3.2 免疫基因的收集與整理
        2.3.3 免疫基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        2.3.4 免疫基因網(wǎng)絡(luò)的評估
            2.3.4.1 免疫基因網(wǎng)絡(luò)的分子組成
            2.3.4.2 免疫基因網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)鋵W(xué)結(jié)構(gòu)評估
        2.3.5 免疫基因網(wǎng)絡(luò)的可靠性和全面性評估
3 免疫基因網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用于高通量表達(dá)譜基因芯片
    3.1 前言
        3.1.1 問題的由來
        3.1.2 文獻(xiàn)綜述
    3.2 實驗材料與方法
        3.2.1 實驗動物群體及設(shè)計
        3.2.2 實驗材料
        3.2.3 試驗方法
    3.3 實驗結(jié)果
        3.3.1 差異表達(dá)基因分析
        3.3.2 基因集富集分析(GSEA)
4 免疫基因網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用于豬外周血淋巴細(xì)胞亞型全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)和轉(zhuǎn)錄組芯片的整合分析研究
    4.1 前言
        4.1.1 問題的由來
        4.1.2 關(guān)于血液表型的GWAS研究綜述
        4.1.3 T淋巴細(xì)胞及亞群在臨床診斷當(dāng)中的應(yīng)用
        4.1.4 關(guān)于淋巴細(xì)胞的全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)進(jìn)展
        4.1.5 全基因組關(guān)聯(lián)分析進(jìn)展及碰到的問題
    4.2 實驗材料與方法
        4.2.1 實驗動物群體及設(shè)計
        4.2.2 試驗材料
            4.2.2.1 全基因組SNP數(shù)據(jù)
            4.2.2.2 T細(xì)胞亞型表型數(shù)據(jù)
            4.2.2.3 GWAS結(jié)果極端個體的表達(dá)譜芯片
        4.2.3 實驗方法
            4.2.3.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析的方法
            4.2.3.2 表達(dá)譜芯片分析
            4.2.3.3 致因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
            4.2.3.4 致因網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用與表達(dá)譜芯片分析
    4.3 實驗結(jié)果
        4.3.1 PolyI：C刺激前后T細(xì)胞亞型表型的變化
        4.3.2 各類型細(xì)胞表型的GWAS結(jié)果
            4.3.2.1 T淋巴細(xì)胞亞型細(xì)胞的GWAS結(jié)果
            4.3.2.2 CD4 T細(xì)胞與CD8 T細(xì)胞比率的GWAS分析結(jié)果
            4.3.2.3 非T淋巴細(xì)胞亞型的分析結(jié)果
        4.3.3 區(qū)域內(nèi)候選基因致因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        4.3.4 GWAS顯著區(qū)間內(nèi)候選基因的網(wǎng)絡(luò)分析
5 討論
6 小結(jié)
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間撰寫論文題錄
致謝



本文編號：4007402