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基于高通量測序技術的藏系綿羊瘤胃與糞便微生物群落結構差異分析

發(fā)布時間:2024-06-14 05:01
  為探究藏系綿羊瘤胃和糞便的微生物群落結構特征及差異,以5只6月齡體況相近及體質量為(21.50±0.59)kg的藏系綿羊為研究對象,分別采集其瘤胃液和糞便樣品,利用高通量測序技術對16S rRNA基因V3-V4區(qū)段進行測序和生物信息學分析。結果表明,從藏系綿羊瘤胃液和糞便10個樣品中共獲得729 326條原始序列,經(jīng)過濾后平均每個樣品產生(64 145±320)條優(yōu)化序列,平均長度(435.20±2.78) bp,聚類后共得到1 207個OTU。藏系綿羊瘤胃微生物的Chao 1指數(shù)和ACE指數(shù)顯著高于糞便微生物,而Simpson指數(shù)和Shannon指數(shù)在兩組之間差異均不顯著,且兩組的菌群結構有顯著分化。在門分類水平上,瘤胃中相對豐度最高的優(yōu)勢菌門為擬桿菌門,糞便中相對豐度最高的優(yōu)勢菌門為厚壁菌門;在屬分類水平上,瘤胃中相對豐度最高的屬為細菌和普雷沃氏菌屬1,糞便中相對豐度最高的屬為瘤胃球菌科RuminococcaceaeUCG010。對瘤胃和糞便的微生物群落進行功能預測,發(fā)現(xiàn)有顯著性差異的代謝通路34個,主要富集在代謝、...

【文章頁數(shù)】:9 頁

【文章目錄】:
1 材料與方法
    1.1 試驗動物
    1.2 樣品的采集與處理
    1.3 DNA提取及高通量測序
    1.4 微生物多樣性的生物信息學分析
2 結果與分析
    2.1 各樣品測序結果
    2.2 微生物群落多樣性分析
        2.2.1 α多樣性分析
        2.2.2 β多樣性分析
    2.3 不同分類水平微生物群落結構差異分析
        2.3.1 門水平微生物群落結構差異
        2.3.2 屬水平微生物群落結構差異
    2.4 微生物基因功能預測分析
3 討 論
    3.1 瘤胃和糞便的微生物群落多樣性
    3.2 瘤胃和糞便微生物在不同分類水平上的群落結構差異
    3.3 瘤胃和糞便微生物功能預測
4 結 論



本文編號:3994181

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