本研究將同窩民豬6頭隨機(jī)分為兩組：常溫組3頭20℃24h飼養(yǎng)；低溫組3頭4℃24h飼養(yǎng)。分別對(duì)兩組民豬肌肉組織進(jìn)行表達(dá)譜測(cè)序，目的是獲得民豬在冷應(yīng)激反應(yīng)時(shí)差異基因。全文主要結(jié)論如下： 1）常溫組和低溫組分別獲得5860627條和5664509條高質(zhì)量標(biāo)簽序列（Clean Tags），占標(biāo)簽序列總量的95.28%和96.89%，約為標(biāo)簽序列種類的37.37%和38.24%。 2）篩選出差異表達(dá)基因1720個(gè)，其中上調(diào)表達(dá)基因662個(gè)，下調(diào)表達(dá)基因1058個(gè)，通過(guò)對(duì)差異基因篩選結(jié)果進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)了大量免疫相關(guān)的基因，如豬白細(xì)胞抗原2基因（SLA-2）、白介素10基因（IL-10）等；生長(zhǎng)性能相關(guān)基因，肌球蛋白重鏈4基因（MYH4）、抗壞血酸過(guò)氧化物酶基因（OSAP）、硫氧還蛋白還原酶1基因（TXNRD1）、上皮生長(zhǎng)因子基因(EGF)、3磷酸肌醇依賴性蛋白激酶1基因（PDK-1）、肌酸磷酸激酶2基因（CKMT-2）、圍脂滴蛋白2基因（PLIN-2）、半乳糖結(jié)合蛋白基因（GBP1）等，機(jī)體保護(hù)相關(guān)基因硝基還原酶基因（NOR-1）、CADD45A等。 3）對(duì)1720個(gè)差異基因進(jìn)行了GO Onto...

【文章頁(yè)數(shù)】：65 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖3-1測(cè)序飽和度分析

圖3-1測(cè)序飽和度分析Fig.3-1Sequencingsaturationanalysis.1.2高質(zhì)量標(biāo)簽序列統(tǒng)計(jì)分析.1.2.1高質(zhì)量標(biāo)簽序列分布統(tǒng)計(jì)通過(guò)對(duì)測(cè)序標(biāo)簽序列的統(tǒng)計(jì)分析發(fā)現(xiàn)，常溫組和低溫組分別獲得586萬(wàn)條和566萬(wàn)量標(biāo)簽序列（CleanT....

圖3-2測(cè)序整體質(zhì)量評(píng)估Fig.3-2SequencingQualityEvaluation

圖3-2測(cè)序整體質(zhì)量評(píng)估Fig.3-2SequencingQualityEvaluation圖3-3高質(zhì)量標(biāo)簽序列拷貝數(shù)分布統(tǒng)計(jì)分析Fig.3-3DistributionofCleanTagCopyNumber

圖3-3高質(zhì)量標(biāo)簽序列拷貝數(shù)分布統(tǒng)計(jì)分析

18圖3-3高質(zhì)量標(biāo)簽序列拷貝數(shù)分布統(tǒng)計(jì)分析Fig.3-3DistributionofCleanTagCopyNumber3.1.2.2高質(zhì)量標(biāo)簽序列的對(duì)比統(tǒng)計(jì)將標(biāo)簽序列對(duì)比到已知轉(zhuǎn)錄組是鑒定基因表達(dá)譜分子事件的最有效辦法，將常溫、低溫組文庫(kù)中tag比對(duì)到....

圖3-4高質(zhì)量標(biāo)簽序列比對(duì)統(tǒng)計(jì)

圖3-4高質(zhì)量標(biāo)簽序列比對(duì)統(tǒng)計(jì)Fig.3-4StatisticsofCleanTagAlignment3.1.4民豬差異表達(dá)基因篩選將常溫組和低溫組的所有高質(zhì)量標(biāo)簽序列經(jīng)過(guò)基因注釋后進(jìn)行差異表達(dá)分析，設(shè)定檢測(cè)條件為log2（常溫組/低溫組）的比值絕對(duì)值大于0.....

本文編號(hào)：3986460