旨在研究VRTN(vertebrae development homolog)基因在巴馬香豬群體中的編碼區(qū)序列特征、組織表達(dá)情況、脊椎數(shù)性狀因果突變位點(diǎn)ins291的等位基因頻率及其與乳頭數(shù)和產(chǎn)仔數(shù)性狀的關(guān)聯(lián)。本研究采集3頭0日齡巴馬香豬組織,利用cDNA克隆技術(shù)獲得VRTN基因編碼區(qū)全長序列并進(jìn)行生物信息學(xué)分析,利用熒光定量PCR技術(shù)檢測VRTN在心、肝、脾、肺、腎、背最長肌和皮下脂肪組織中的表達(dá)情況;采集279頭經(jīng)產(chǎn)巴馬香豬母豬血液,檢測ins291位點(diǎn)在該群體中的頻率分布,并與乳頭數(shù)、產(chǎn)仔數(shù)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果表明,巴馬香豬VRTN基因編碼區(qū)全長2 097 bp,其編碼的氨基酸序列在不同物種間存在大量保守區(qū)域;VRTN基因編碼698個(gè)氨基酸,預(yù)測為親水性蛋白質(zhì),存在1個(gè)螺旋轉(zhuǎn)角螺旋域超家族結(jié)構(gòu)功能區(qū)、2個(gè)低復(fù)雜度區(qū)域和2個(gè)內(nèi)部重復(fù)結(jié)構(gòu),并與核受體輔抑制子1(NR6A1)、果蠅同源框基因Prospero的脊椎動(dòng)物同源蛋白2(PROX2)和富亮氨酸重復(fù)序列74亞基(LRRC74A)等蛋白具有相互作用;VRTN基因在0日齡巴馬香豬各組織中均有表達(dá),其中在背最長肌組織中表達(dá)量最高;巴馬...

【文章頁數(shù)】：12 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗(yàn)樣品
    1.2 主要試劑
    1.3 主要儀器、設(shè)備
    1.4 巴馬香豬組織DNA和RNA提取
    1.5 引物的設(shè)計(jì)與合成
    1.6 PCR擴(kuò)增巴馬香豬VRTN基因
    1.7 巴馬香豬VRTN基因編碼區(qū)序列生物信息學(xué)分析
    1.8 熒光定量PCR檢測巴馬香豬VRTN的組織表達(dá)
    1.9 巴馬香豬VRTN ins291多態(tài)性檢測
    1.10 VRTN ins291基因型與乳頭數(shù)、產(chǎn)仔數(shù)性狀的關(guān)聯(lián)分析
2 結(jié) 果
    2.1 巴馬香豬VRTN基因編碼區(qū)序列分析
    2.2 巴馬香豬VRTN蛋白結(jié)構(gòu)分析
        2.2.1 巴馬香豬VRTN蛋白基本理化性質(zhì)
        2.2.2 空間結(jié)構(gòu)和親疏水性分析
        2.2.3 磷酸化位點(diǎn)和糖基化位點(diǎn)預(yù)測
        2.2.4 跨膜結(jié)構(gòu)、信號肽和亞細(xì)胞定位預(yù)測
    2.3 巴馬香豬VRTN蛋白功能預(yù)測、互作分析和序列保守性分析
    2.4 VRTN基因系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建
    2.5 巴馬香豬VRTN基因組織表達(dá)分析
    2.6 巴馬香豬VRTN ins291位點(diǎn)多態(tài)性檢測
    2.7 VRTN ins291與巴馬香豬乳頭數(shù)、產(chǎn)仔數(shù)性狀關(guān)聯(lián)分析
3 討 論
4 結(jié) 論



本文編號：3969713