為了解塞內(nèi)卡病毒分離株SVA/CH/ZZ/2016全基因組序列,設(shè)計4對相互重疊的特異性引物擴增基因片段,將擴增產(chǎn)物分別克隆至pCE2TA/Blunt-Zero載體并進行測序,拼接校正后獲得SVA/CH/ZZ/2016株全基因組。結(jié)果顯示,該毒株基因組全長7 292 bp,包括5’UTR(670 bp)、ORF(6 546 bp)以及3’UTR(76 bp)。選擇國內(nèi)外其他9株參考毒株序列,對編碼區(qū)12個基因的核苷酸及編碼氨基酸進行比對。結(jié)果顯示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2%¹00%之間。VP1基因遺傳進化分析顯示,SVA/CH/ZZ/2016株與美國分離株USAIL_Purdue₄3₂016和USAIN_Purdue₃698₂016株親緣關(guān)系最近,屬同一進化分支,與原始毒株SVV-001株親緣關(guān)系最遠。對SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 毒株與細胞
    1.2 參考毒株
    1.3 主要試劑
    1.4 儀器與設(shè)備
    1.5 引物設(shè)計
    1.6 病毒RNA提取及反轉(zhuǎn)錄
    1.7 PCR擴增
    1.8 PCR產(chǎn)物克隆測序
    1.9 全基因序列拼接及組成分析
2 結(jié)果
    2.1 SVA/CH/ZZ/2016株全基因擴增
    2.2 全基因序列拼接及分析
    2.3 編碼區(qū)基因同源性分析
    2.4 SVA/CH/ZZ/2016株VP1基因系統(tǒng)進化樹分析
    2.5 VP1蛋白氨基酸差異比較
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