發(fā)布時(shí)間：2024-05-07 00:00

　　在現(xiàn)代養(yǎng)殖業(yè)中,牛無(wú)角性狀對(duì)提高動(dòng)物福利、降低養(yǎng)殖成本有重要意義。本研究提取7頭蒙古牛(Bos taurus)基因組DNA(其中3頭有角, 4頭無(wú)角),制備基因組文庫(kù),經(jīng)Illumina HiSeq^TM平臺(tái)測(cè)序,利用生物信息學(xué)方法對(duì)重測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,對(duì)識(shí)別的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)和插入缺失(insertion/deletions, InDels)進(jìn)行注釋。結(jié)果共得到380.88 Gb序列數(shù)據(jù),共確定了11 362 382個(gè)SNPs和1 150 664個(gè)InDels,大部分變異(96%的SNPs和94%的InDels)位于基因間、轉(zhuǎn)錄本和內(nèi)含子區(qū),注釋3 768個(gè)基因。經(jīng)過(guò)篩選,確定與角發(fā)育相關(guān)差異基因20個(gè)。同時(shí)利用SNPs和InDels進(jìn)行群體分層分析,發(fā)現(xiàn)無(wú)角性狀沒(méi)有造成蒙古牛的遺傳分化。以全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)結(jié)合聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction, PCR)瓊脂糖凝膠電泳和Sanger測(cè)序結(jié)果 ,確定控制蒙古牛無(wú)角形狀的POLLED位點(diǎn)為P_219I...

【文章頁(yè)數(shù)】：10 頁(yè)

【部分圖文】：

通過(guò)生物信息學(xué)分析，各樣本SNPs和InDels分布情況見(jiàn)表3和表4，其中大多數(shù)SNPs發(fā)生在內(nèi)含子(13030661,40.22767%)、轉(zhuǎn)錄本(13283683,41%)和基因間(4756965,15%)。InDels主要發(fā)生在內(nèi)含子(1271484,4....

根據(jù)已有報(bào)到，POLLED位點(diǎn)突變類(lèi)型都是以長(zhǎng)片段重復(fù)插入形式存在。本研究應(yīng)用常規(guī)分析方法未發(fā)現(xiàn)新形式的重復(fù)插入。對(duì)于全基因組重測(cè)序的數(shù)據(jù)，如果插入片段較長(zhǎng)超過(guò)二代測(cè)序的讀長(zhǎng)，且插入?yún)^(qū)域包含重復(fù)序列，使用二代測(cè)序常規(guī)分析方法不能成功鑒定到具體的變異時(shí)，常通過(guò)整合基因組學(xué)查看器(I....

測(cè)序樣品與參考基因組的比對(duì)率反映樣品數(shù)據(jù)與參考基因組的相似性，覆蓋深度和覆蓋率直接反映序列數(shù)據(jù)的同質(zhì)性和與參考序列的同源性。本研究所有樣本比對(duì)率在97.71%～97.99%之間，參考基因組覆蓋深度在8.48×～18.49×之間(表2)。該比對(duì)結(jié)果正常，適用于后續(xù)突變檢測(cè)及相關(guān)分析....

圖3蒙古牛有角與無(wú)角表型群體分層分析圖5POLLED基因型PCR電泳檢測(cè)圖

本文編號(hào)：3966533