本研究旨在利用Illumina MiSeq高通量測序技術(shù)、熒光定量PCR技術(shù)、PCR-DGGE技術(shù)研究正常肉雞盲腸微生物組成以及地衣芽孢桿菌對患壞死性腸炎肉雞盲腸菌群的調(diào)控作用。共240只1日齡體重相似的肉雞被隨機分為四組。四個組的設(shè)計為:空白組飼喂基礎(chǔ)日糧;造模組飼喂高魚粉型日糧,并使用產(chǎn)氣莢膜梭菌與球蟲進行攻毒;消除組飼喂高魚粉型日糧,灌胃球蟲;預(yù)防組全程飼喂地衣芽孢桿菌,其余處理與造模組相同。22日齡時,每組隨機選取15只肉雞,采集盲腸樣品進行高通量測序、熒光定量PCR以及PCR-DGGE檢測。14日齡與28日齡時,每組隨機選取5只肉雞,采集盲腸樣品進行熒光定量PCR與PCR-DGGE檢測。檢測結(jié)果及分析如下:健康肉雞盲腸菌群的高通量分析結(jié)果表明:稀釋曲線進入平臺期,此次高通量測序深度滿足分析要求;只有少數(shù)樣品與其他樣品的Beta多樣性差異較大;物種注釋分析結(jié)果顯示,健康肉雞盲腸菌群主要由擬桿菌門Bacteroidetes、厚壁菌門Firmicutes、變形菌門Proteobacteria、柔膜菌門Tenericutes組成,這四個菌門總共占到總體群落的98.8%;KEGG數(shù)據(jù)庫...

【文章頁數(shù)】：66 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
符號說明
1 文獻綜述
    1.1 肉雞壞死性腸炎的研究概述
        1.1.1 產(chǎn)氣莢膜梭菌
        1.1.2 壞死性腸炎的特征及危害
    1.2 肉雞壞死性腸炎的防治措施
        1.2.1 傳統(tǒng)治療方式
        1.2.2 新型治療方式
        1.2.3 益生菌對肉雞壞死性腸炎的防治研究
    1.3 腸道菌群研究方法概述
        1.3.1 PCR-DGGE技術(shù)
        1.3.2 熒光定量PCR技術(shù)
        1.3.3 二代測序技術(shù)
    1.4 本研究目的及意義
2 材料與方法
    2.1 試驗材料
        2.1.1 試驗菌株
        2.1.2 試驗動物及日糧
        2.1.3 主要試劑與儀器
    2.2 試驗方法
        2.2.1 動物試驗設(shè)計
        2.2.2 樣品采集與處理
        2.2.3 IlluminaMiSeq測序分析流程
        2.2.4 熒光定量PCR分析盲腸內(nèi)容物特定菌群
        2.2.5 PCR-DGGE分析盲腸菌群結(jié)構(gòu)
3 結(jié)果與分析
    3.1 健康肉雞盲腸菌群的高通量測序分析
    3.2 造模組22日齡肉雞盲腸菌群的特征以及地衣芽孢桿菌對肉雞盲腸菌群的調(diào)控作用
        3.2.1 產(chǎn)氣莢膜梭菌及誘導(dǎo)因素對肉雞盲腸菌群的影響
        3.2.2 地衣芽孢桿菌對22日齡肉雞盲腸菌群的調(diào)控作用
    3.3 不同日齡肉雞盲腸菌群分析
        3.3.1 熒光定量PCR對不同日齡肉雞盲腸特定菌群的分析
        3.3.2 PCR-DGGE對不同日齡肉雞盲腸菌群結(jié)構(gòu)的分析
4 討論
    4.1 健康肉雞盲腸菌群的高通量測序分析
    4.2 造模組肉雞盲腸菌群的特征
    4.3 地衣芽孢桿菌對肉雞盲腸菌群的調(diào)控作用
    4.4 通過熒光定量PCR與PCR-DGGE對不同日齡肉雞盲腸菌群的分析
        4.4.1 熒光定量PCR對不同日齡肉雞盲腸特定菌群的分析
        4.4.2 PCR-DGGE對不同日齡肉雞盲腸菌群結(jié)構(gòu)的分析
5 結(jié)論
參考文獻
致謝
簡歷



本文編號：3933285