本研究利用高通量測(cè)序技術(shù),對(duì)放牧和補(bǔ)飼條件下大青山絨山羊瘤胃細(xì)菌及甲烷菌多樣性進(jìn)行了分析。試驗(yàn)選用10只1歲平均體重為(38.2±1.6)kg的健康大青山絨山羊(羯羊),分成放牧組和補(bǔ)飼組。29 d試驗(yàn)結(jié)束后,從抽取的瘤胃液中提取微生物DNA,對(duì)瘤胃細(xì)菌、甲烷菌的16S rDNA序列V3至V4區(qū)進(jìn)行HiSeq測(cè)序。結(jié)果表明:在門水平上,與放牧組相比,補(bǔ)飼顯著提高了擬桿菌門和變形菌門豐度,顯著降低了厚壁菌門和互養(yǎng)菌門的比例;在科水平上,普雷沃氏菌科(40.73%、62.77%)為主要細(xì)菌類別,補(bǔ)飼精料后其豐度顯著提高,而顯著降低了韋榮球菌科、瘤胃球菌科、理研球菌科和互養(yǎng)菌科。補(bǔ)飼顯著增加了甲烷桿菌科而降低了甲烷八疊球菌科的豐度;在屬水平上甲烷短桿菌屬表現(xiàn)出絕對(duì)優(yōu)勢(shì),補(bǔ)飼后顯著升高,但甲烷微球菌屬顯著降低,其他甲烷菌屬無顯著差異。研究表明,補(bǔ)飼精料降低了瘤胃內(nèi)與纖維分解相關(guān)細(xì)菌的豐度,產(chǎn)甲烷菌豐度在科、屬水平上受補(bǔ)飼的影響也存在差異,但放牧與補(bǔ)飼條件下大青山絨山羊瘤胃中細(xì)菌和產(chǎn)甲烷菌的優(yōu)勢(shì)菌群并未發(fā)生變化。

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圖1瘤胃微生物門水平上相似性聚類分析

對(duì)放牧組與補(bǔ)飼組瘤胃微生物在門水平上的相似性利用非加權(quán)配對(duì)算術(shù)平均法(UPGMA)進(jìn)行聚類分析,結(jié)果如圖1所示。放牧組大青山絨山羊瘤胃微生物能清晰的與補(bǔ)飼組相區(qū)分,即在細(xì)菌門水平上(圖1A)各放牧組間相似性較高,聚在一起;各補(bǔ)飼組間相似性較高,聚集在一起形成另一簇。同樣,在產(chǎn)甲烷....

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