發(fā)布時間：2024-03-09 16:49

　　為了對牛種布魯菌2308株基因組中的sRNA進行預測和鑒定,提取牛種布魯菌2308株的總RNA,進行RNA-Seq高通量測序,基于測序結果采用sRNA-Detect算法進行sRNA的預測,并采用反轉(zhuǎn)錄PCR對sRNA進行驗證。結果顯示,共預測篩選出3 523條候選的sRNA,采用反轉(zhuǎn)錄PCR驗證出14個sRNA可以表達,其中13個sRNA的正常表達與Hfq伴侶蛋白密切相關。本研究在牛種布魯菌中預測出3 523條sRNA,Hfq蛋白可以調(diào)控部分sRNA的正常表達。

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【部分圖文】：

圖1預測的sRNAs的長度分布

為了對預測結果進行驗證,隨機選取14個長度在100nt以上的sRNA,采用反轉(zhuǎn)錄PCR驗證,結果表明14個sRNA在牛種布魯菌2308株中均可以被轉(zhuǎn)錄(圖2)。14條sRNA在基因組中的位置信息如表2所示。2.4Hfq伴侶蛋白對sRNA表達的影響

圖2反轉(zhuǎn)錄PCR對sRNA預測結果的驗證

為了檢測RNA伴侶蛋白Hfq是否影響這些sRNA的正常表達,通過熒光定量PCR方法對牛種布魯菌2308株及hfq基因缺失株中14個sRNA的表達量進行了檢測,結果顯示其中13種sRNA的表達量在hfq缺失株中顯著降低(表2)。這一結果預示Hfq蛋白對維持這些sRNA的穩(wěn)定性存在一....

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