柴達(dá)木黃牛主要分布在柴達(dá)木盆地,是青海省地方優(yōu)良品種,也是唯一列入《青海省畜禽品種志》的黃牛品種。柴達(dá)木黃牛主要生活在海拔高度為2800³000m的柴達(dá)木盆地,并具有耐粗放管理的優(yōu)點(diǎn),并且對高原低氧嚴(yán)酷生態(tài)環(huán)境有強(qiáng)大適應(yīng)能力。近20多年來,由于生產(chǎn)條件差,良種化程度低,柴達(dá)木黃牛存欄量呈現(xiàn)逐年下降的趨勢。早前對于柴達(dá)木黃牛的研究僅停留在表型觀察、線粒體分析等小數(shù)據(jù)體的研究層面,而關(guān)于柴達(dá)木黃牛的種群遺傳特征、特殊環(huán)境適應(yīng)機(jī)制等關(guān)鍵問題均未能得到較好的解釋。本論文通過構(gòu)建柴達(dá)木黃牛的全基因組遺傳變異圖譜,并與低海拔黃牛品系進(jìn)行全面的比較分析,系統(tǒng)調(diào)查了柴達(dá)木黃牛的遺傳多樣性和群體遺傳結(jié)構(gòu),并探討了柴達(dá)木黃牛的高海拔適應(yīng)機(jī)制�；诘诙鷾y序技術(shù),我們對9頭柴達(dá)木黃牛進(jìn)行全基因組重測序,共產(chǎn)生了173G的原始數(shù)據(jù),平均測序深度為11.09×,基因組覆蓋度為99.26%,獲得柴達(dá)木黃牛的高質(zhì)量的基因組數(shù)據(jù)。通過獲取其它具有代表性的7個低海拔黃牛品種(70個個體)的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行SNP分析,共得到1,121萬個高質(zhì)量的SNPs位點(diǎn)信息。進(jìn)一步的群體遺傳學(xué)分析顯示:柴達(dá)木黃牛...

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【學(xué)位級別】：碩士

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圖3.1常染色體SNP質(zhì)量分布圖

圖3.1常染色體SNP質(zhì)量分布圖Fig.3.1SNPqualityscoredistribution.

圖3.2SNP中缺失信息的個體數(shù)量Fig.3.2MissingnumberforallthecattleSNPs.

圖3.1常染色體SNP質(zhì)量分布圖Fig.3.1SNPqualityscoredistribution.

圖3.3常染色體SNP構(gòu)建的NJ系統(tǒng)發(fā)育樹

蘭州大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文柴達(dá)木黃牛的群體基因組學(xué)研究3.3基因組學(xué)分析3.3.1系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的鑒定為了檢測黃牛不同品系全基因組整體的關(guān)系與分化程度，我們通過計(jì)算黃牛常染色體基因組SNP的遺傳距離，外類群使用牦牛數(shù)據(jù)，進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建。從系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系（圖3.3）可以....

圖3.4PCA主成分分析結(jié)果(a圖為所有個體的主成分分析結(jié)果；b圖為排除瘤牛秦川牛的主成分分析結(jié)果)

蘭州大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文柴達(dá)木黃牛的群體基因組學(xué)研究一半瘤牛血統(tǒng)的秦川牛群體后，再次進(jìn)行主成分分析（圖3.4b）。結(jié)果顯示第一個主成分（5.37%）將歐洲牛（HOL,FLV,RAN,JER）分開，而其余品系黃牛中的韓牛（HAN），日本和牛（JBC）和柴達(dá)木黃牛群體（CDM）....

本文編號：3912046