【背景】山羊第一卵泡波中的優(yōu)勢卵泡(dominant follicles, DF)和從屬卵泡(subordinate follicles,SF)是整個(gè)卵泡發(fā)育過程中最為關(guān)鍵的兩個(gè)階段。隨著卵泡的進(jìn)一步發(fā)育,最終DF可能發(fā)育成為成熟卵泡,直到排卵;SF將走向閉鎖,其中顆粒細(xì)胞的凋亡是導(dǎo)致卵泡發(fā)生閉鎖的關(guān)鍵因素。然而目前對促進(jìn)卵泡的優(yōu)勢化或?qū)е缕溟]鎖的分子機(jī)理尚不清楚。【目的】通過對山羊第一卵泡波中DF和SF顆粒細(xì)胞進(jìn)行高通量測序,旨在篩選影響卵泡發(fā)育的關(guān)鍵基因,為深入探究卵泡發(fā)育的調(diào)控機(jī)制提供理論依據(jù)。【方法】選取10只1歲齡健康的貴州白山羊分別注射前列腺素F2α,使其同期發(fā)情,此后每天用B超檢測并記錄卵泡的生長情況,發(fā)情3 d后,統(tǒng)一屠宰并采集第一卵泡波中DF (直徑4.5—6 mm)與SF (直徑3—4.5 mm),分別分離其中的顆粒細(xì)胞,提取總RNA、構(gòu)建文庫后通過Illumina Hiseq 2500平臺進(jìn)行測序。利用FastQC對測序產(chǎn)出raw reads進(jìn)行質(zhì)量評估并經(jīng)過過濾后,獲得品質(zhì)較高的clean reads;使用Trinity對得到的clean reads進(jìn)行重新組裝...

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【部分圖文】：

圖1DF和SF顆粒細(xì)胞中原始數(shù)據(jù)的分類

高通量測序得到的rawreads，經(jīng)過濾帶接頭的、含N的及低質(zhì)量的reads，最終在DF中獲得43217934條cleanreads，占95.19%；在SF中獲得40766348條cleanreads，占95.35%（圖1）。將得到的cleanreads比對到山羊....

圖2DF和SF顆粒細(xì)胞中差異表達(dá)基因火山圖

通過goseq軟件對得到的695個(gè)差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能富集分析,共分為三大類42組：其中生物學(xué)過程占47.6%，細(xì)胞組分占47.6%，分子功能占4.8%（圖3）。圖3DF和SF顆粒細(xì)胞中差異表達(dá)基因GO分析

圖3DF和SF顆粒細(xì)胞中差異表達(dá)基因GO分析

圖2DF和SF顆粒細(xì)胞中差異表達(dá)基因火山圖2.4KEGG信號通路分析

圖4DF和SF顆粒細(xì)胞中差異表達(dá)基因KEGG通路富集散點(diǎn)圖

通過功能分析，我們篩選出6個(gè)可能與山羊卵泡發(fā)育密切相關(guān)的基因（表3）。其中PRLR、PTX3、RGN在SF顆粒細(xì)胞中表現(xiàn)為上調(diào)；DKK3、ALDH1A2、RARRES1則表現(xiàn)為下調(diào)。QRT-PCR結(jié)果顯示PRLR、RGN、DKK3、ALDH1A2、RARRES1的表達(dá)趨勢與高通量....

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