試驗(yàn)旨在分析lnc23在調(diào)控牛骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞分化過程中轉(zhuǎn)錄組水平的變化,篩選出可能參與調(diào)節(jié)骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞生長的調(diào)控通路及相關(guān)mRNAs。采用第二代測序技術(shù)(next-generation sequencing,NGS)基于Illumia hiSeq測序平臺(tái)對成功構(gòu)建的lnc23抑制模型及相應(yīng)對照組的牛骨骼肌衛(wèi)星細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,將數(shù)據(jù)整理、過濾及評(píng)估后,通過生物信息學(xué)方法分析樣品間基因轉(zhuǎn)錄差異表達(dá),對這些差異基因進(jìn)行GO和KEGG富集分析,并應(yīng)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果顯示,轉(zhuǎn)錄組測序共鑒定到19 358個(gè)基因,篩選到1 297個(gè)差異表達(dá)基因,其中上調(diào)856個(gè),下調(diào)441個(gè)。差異基因的GO功能分析共包括細(xì)胞組分、分子功能和生物學(xué)過程3大類222個(gè)分支,其中有大量的差異基因與催化活性、分子功能調(diào)節(jié)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、生物黏附、新陳代謝相關(guān)。KEGG分析顯示,差異基因共涉及190個(gè)通路,顯著富集在PI3K-Akt、P53、TNF、RIG-Ⅰ樣受體、神經(jīng)活性配體受體互作、細(xì)胞因子互作等信號(hào)通路上,進(jìn)一步從中篩選出可能參與細(xì)胞生長、肌肉發(fā)育過程的差異基因,如CCNA2、R...

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圖1測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估圖

表2數(shù)據(jù)過濾統(tǒng)計(jì)Table2Datafilteringstatistics樣品Samples高質(zhì)量序列Reads數(shù)NumberofCleanReads/個(gè)高質(zhì)量序列堿基數(shù)BasepairofCleandata/bp高質(zhì)量序列Reads占測序Reads的....

圖2基因測序深度分布圖

表3序列比對區(qū)域分布統(tǒng)計(jì)Table3Distributionstatisticsofsequencealignmentregion個(gè)樣品Samples比對事件發(fā)生的總數(shù)Mapevents比對到基因區(qū)域的Reads總數(shù)Mappedtogene比對到基....

圖3樣本表達(dá)量分析圖

轉(zhuǎn)錄組測序總共鑒定到19358個(gè)基因,通過DESeq對基因表達(dá)進(jìn)行差異分析,根據(jù)表達(dá)差異倍數(shù)|log2FoldChange|>1,顯著性P-value<0.05為條件篩選差異表達(dá)基因,共得到1297個(gè)差異基因(圖4A),其中856個(gè)上調(diào)基因,根據(jù)差異倍數(shù)降序排列,差異倍數(shù)較大....

圖4差異基因表達(dá)分析

圖3樣本表達(dá)量分析圖2.5差異表達(dá)基因的GO和KEGG富集分析

本文編號(hào)：3891472