旨在探究基因Ⅰ型和Ⅲ型日本腦炎病毒(Japanese encephalitis virus, JEV)感染細胞產(chǎn)生的黃病毒亞基因組RNA(subgenomic flaviviral RNA, sfRNA)亞型與演化趨勢。應(yīng)用高分辨率Northern blot檢測Ⅰ型和Ⅲ型JEV感染細胞產(chǎn)生sfRNA亞型特征;對美國國立生物技術(shù)信息中心(NCBI)收錄的99條JEV sfRNA序列通過Mega X軟件進行多序列比對及遺傳演化分析,用Megalign軟件進行核苷酸相似性比較及變異分析。結(jié)果表明:Ⅰ型和Ⅲ型JEV感染細胞產(chǎn)生特征相似的4種亞型sfRNA;JEV sfRNA序列10 440、10 673、10 853位核苷酸差異具有基因型特異性(位點說明以JEV HEN0701為例,GenBank:FJ495189.1);Ⅰ型10 477位核苷酸的變化相較于Ⅲ型更有利于sfRNA PK1結(jié)構(gòu)的堿基配對;Ⅰ型和Ⅲ型sfRNA組間核苷酸序列相似性為79.2%～100%,Ⅰ型sfRNA組內(nèi)核苷酸序列相似性為81.6%～100%,Ⅲ型sfRNA組內(nèi)核苷酸序列相似性為85.6%～100%;Ⅰ型和Ⅲ型sf...

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 細胞與毒株
    1.2 主要試劑
    1.3 Northern blot檢測JEV sfRNA亞型
    1.4 RNA二級結(jié)構(gòu)預測
    1.5 JEV基因序列來源
    1.6 統(tǒng)計與分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 JEV sfRNA亞型特征
    2.2 JEV sfRNA基因結(jié)構(gòu)
    2.3 JEV sfRNA序列比對
    2.4 JEV sfRNA核苷酸相似性統(tǒng)計與變異趨勢分析
    2.5 JEV sfRNA系統(tǒng)進化樹的構(gòu)建
3 討論



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