不同類型的豬種生長(zhǎng)速度和骨骼肌表型差異很大。本研究以通城豬（脂肪型）、長(zhǎng)白豬（瘦肉型）和五指山豬（小型豬）成年期骨骼肌作為研究對(duì)象，探索不同豬種間骨骼肌發(fā)育產(chǎn)生差異的分子機(jī)制。利用MeDIP-seq技術(shù)分析比較不同豬種成年期骨骼肌的甲基化圖譜，分析甲基化對(duì)不同豬種骨骼肌發(fā)育的調(diào)控影響。利用RNA-seq技術(shù)分析不同豬種間成年期骨骼肌的基因表達(dá)圖譜，分析不同豬種間基因的差異表達(dá)模式，篩選鑒定不同豬種間成年期骨骼肌的差異表達(dá)基因。結(jié)合MeDIP-seq和RNA-seq的數(shù)據(jù)，分析甲基化對(duì)不同豬種骨骼肌發(fā)育基因的表達(dá)調(diào)控，進(jìn)一步研究甲基化對(duì)豬骨骼肌的調(diào)控機(jī)制。同時(shí)利用亞硫酸鹽測(cè)序（BSP）和實(shí)時(shí)熒光定量PCR（QPCR）的方法對(duì)高通量測(cè)序的結(jié)果進(jìn)行試驗(yàn)驗(yàn)證。 MeDIP-seq分析結(jié)果表明，通城豬、長(zhǎng)白豬和五指山豬分別有38,327,405（62.6%）、41,130,862（67.18%）、38,431,456（62.77%）個(gè)reads可以比對(duì)上豬參考基因組（Sscrofa10.2）的唯一位置，基因組范圍內(nèi)染色體的甲基化程度和染色體的長(zhǎng)度成負(fù)相關(guān)（P=0.001），和基因密度和重復(fù)元件密...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

圖2-2RNA-seq信息分析流程

圖3-1MeDIP-Seq測(cè)序reads在全基因組每條染色體上的分布

圖3-2不同豬種唯一比對(duì)Reads在基因元件上的分布

圖3-3不同豬種唯一比對(duì)Reads在重復(fù)元件上的分布

本文編號(hào)：3882789