旨在探究安格斯牛生長(zhǎng)相關(guān)的受選擇基因,為肉牛生長(zhǎng)相關(guān)主效基因的鑒定提供參考。本試驗(yàn)共采集72頭南陽(yáng)牛母牛和14頭黑安格斯牛母牛血樣并提取基因組DNA。利用SLAF-seq(specific-locus amplified fragment sequencing)技術(shù)獲得全基因組SNP標(biāo)記并對(duì)試驗(yàn)個(gè)體基因型進(jìn)行分型。通過(guò)計(jì)算各SNP位點(diǎn)的遺傳分化系數(shù)(Fst值)和核苷酸多態(tài)性(πratio)篩選兩品種間的差異基因組區(qū)域,并與動(dòng)物QTL數(shù)據(jù)庫(kù)中牛生長(zhǎng)性狀QTLs進(jìn)行比對(duì),重合區(qū)域作為候選區(qū)域。隨后對(duì)候選區(qū)域內(nèi)基因進(jìn)行功能注釋以篩選候選基因,并根據(jù)"Expression Atlas"數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)候選基因的組織表達(dá)情況進(jìn)行分析。經(jīng)篩選后,本試驗(yàn)共得到69 762個(gè)SNPs,以Fst值和πratio值的99%分位數(shù)為閾值篩選得到33個(gè)兩品種間高度差異的基因組區(qū)域,其中16個(gè)基因組區(qū)域與生長(zhǎng)性狀相關(guān)QTLs重合。這些區(qū)域共包含27個(gè)基因,其中4個(gè)基因(FXR1、ADAR、IGF1和MNF1)與骨生長(zhǎng)、肌肉發(fā)育和生長(zhǎng)調(diào)控有關(guān)。FXR1和MNF1均在骨骼肌組織中高表達(dá),ADAR和IGF1分別在腦組織和肝臟...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗(yàn)材料
    1.2 DNA提取
    1.3 簡(jiǎn)化基因組測(cè)序
    1.4 選擇性清除分析
    1.5 候選基因篩選
2 結(jié) 果
    2.1 �；蚪MSNP標(biāo)記的開發(fā)與篩選
    2.2 兩品種牛的選擇性清除分析
    2.3 牛生長(zhǎng)形狀相關(guān)候選基因篩選
3 討 論
4 結(jié) 論



本文編號(hào)：3876008