本文關鍵詞：略陽雞皮膚和肌肉組織轉錄組研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：略陽雞是產于陜西漢中地區(qū)的一個優(yōu)良地方品種,在陜西省略陽縣獨特的地理環(huán)境條件下經長期風土馴化和長期精心選育飼養(yǎng)而形成,具有“六端烏”(烏冠、烏喙、烏趾、烏舌、烏皮、烏骨)的特征,是略陽縣獨有的一種生物資源。又因其原產于略陽縣黑河流域,故俗稱黑河烏雞。烏雞體內富含的黑色素,食用后可以促進人體內血色素和紅血球的增生,促進身體健康,具有極高的滋補和藥用價值。因而黑色素作為烏雞價值的承載者,烏雞體內黑色素的含量越多越好。但是,近年來略陽雞群體中烏質性狀出現(xiàn)明顯退化,對烏雞生產造成很大的經濟損失。同時,由于略陽雞屬于地方品種,較肉雞生長速度緩慢,生產力低下,直接影響了養(yǎng)殖戶的養(yǎng)殖積極性。純化群體烏質性狀和提高生長速度是目前略陽雞育種工作的核心內容。本研究通過對16周齡黑色皮膚和白色皮膚略陽雞類群的皮膚及胸肌組織進行轉錄組高通量測序。依據(jù)測序結果,篩選、分析色素相關基因ASIP、TYR、KIT、OCA2、TYRP1、KITLG、MITF、MC1R等在皮膚組織的差異表達,以及調控肌肉沉積主效基因——MUSTN1基因在肌肉組織中的差異表達,并通過熒光實時定量PCR反應對差異表達基因進行了驗證。取得以下結果:1.檢測得到只在黑色皮膚略陽雞個體中表達的基因81個,只在白色皮膚個體中表達的基因82個,在二者中都檢測到的基因有506個。2.檢測得到在白色皮膚略陽雞和黑色皮膚略陽雞的肌肉組織中表達的基因個數(shù)分別為18608和22563,并發(fā)現(xiàn)28個差異表達基因。3.略陽雞黑色皮膚與白色皮膚中,除了TYRP1基因,調控色素沉著的主效基因(ASIP、TYR、KIT、OCA2、KITLG、MITF、MC1R)在兩種不同膚色皮膚組織中均可以表達。4.熒光實時定量PCR驗證表明,皮膚組織中ASIP、TYR、KIT和OCA2的表達量黑色皮膚較白色皮膚顯著上調(P0.05),KITLG、MITF和MC1R在不同膚色中差異不顯著(P0.05),TYRP1在皮膚組織中未檢測到表達,與測序結果一致。5.肌肉和皮膚組織測序結果均表明,MUSTN1基因在略陽雞皮膚和肌肉中均差異表達,且在黑皮膚個體中均極顯著上調(P0.01),揭示MUSTN1基因在肌肉和皮膚組織中的表達與膚色性狀密切相關。6.通過熒光實時定量PCR檢測表明,在16周齡黑皮膚略陽雞類群中,MUSTN1基因在皮膚組織中的表達量顯著高于在腿肌和胸肌中的表達量(P0.05);在胸肌組織中,MUSTN1基因在白色皮膚類群中的表達量顯著高于黑色皮膚類群中的表達量(P0.05)。7.通過對兩組測序數(shù)據(jù)的進一步分析發(fā)現(xiàn),MITF基因在略陽雞兩個膚色類群中存在可變剪接,剪接存在于5’UTR區(qū)和第一外顯子之間。以上結果對略陽雞烏質性狀及肌肉性狀的選種選育提供了重要的參考價值,同時為烏雞黑色素沉著和肌肉沉積機理的進一步深入研究提供科學的理論依據(jù)。
【關鍵詞】：略陽雞 轉錄組測序 皮膚 肌肉 熒光定量
【學位授予單位】：西北農林科技大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S831
【目錄】：

• 摘要6-8
• ABSTRACT8-12
• 第一章 文獻綜述12-22
• 1.1 略陽雞概況12-13
• 1.1.1 略陽雞的歷史起源與現(xiàn)狀12-13
• 1.1.2 目前略陽雞養(yǎng)殖過程中存在的問題13
• 1.2 黑色素合成機制13-14
• 1.3 色素性狀相關基因在雞遺傳育種中的研究進展14-18
• 1.3.1 TYR家族基因15-16
• 1.3.2 KIT和KITLG基因16
• 1.3.3 ASIP基因16-17
• 1.3.4 MC1R基因17
• 1.3.5 OCA2基因17
• 1.3.6 MITF基因17-18
• 1.4 肌肉沉積主效調控基因—MUSTN1基因18-19
• 1.5 轉錄組測序技術機理及在家禽遺傳育種中的應用19-20
• 1.6 本研究的目的與意義20-22
• 第二章 略陽雞皮膚組織轉錄組研究22-39
• 2.1 本研究技術路線22-23
• 2.2 材料與方法23-25
• 2.2.1 試驗動物和樣品23
• 2.2.2 主要試驗試劑及其配制23
• 2.2.3 儀器設備23-24
• 2.2.4 總RNA的提取24
• 2.2.5 熒光定量PCR特異性引物24-25
• 2.2.6 模板CDNA25
• 2.3 轉錄組測序25-27
• 2.4 驗證試驗27-28
• 2.4.1 RNA的提取27
• 2.4.2 模板CDNA的制備27
• 2.4.3 PCR反應27
• 2.4.4 熒光定量PCR反應27-28
• 2.4.5 數(shù)據(jù)處理28
• 2.5 結果與分析28-35
• 2.5.1 皮膚組織轉錄組測序28-33
• 2.5.2 差異表達基因的驗證33-35
• 2.6 討論35-39
• 2.6.1 MC1R基因對雞膚色的調控35-36
• 2.6.2 主效色素調控基因對雞膚色的調控36-37
• 2.6.3 MITF基因的可變剪接分析37-39
• 第三章 略陽雞肌肉組織轉錄組研究39-48
• 3.1 技術路線39
• 3.2 材料與方法39-40
• 3.2.1 試驗動物和樣品39
• 3.2.2 主要試驗試劑及其配制39
• 3.2.3 儀器設備39
• 3.2.4 總RNA的提取39
• 3.2.5 熒光定量PCR特異性引物39-40
• 3.2.6 模板CDNA40
• 3.3 轉錄組測序40
• 3.4 MUSTN1基因的表達驗證40
• 3.4.1 RNA的提取40
• 3.4.2 模板CDNA的制備40
• 3.4.3 PCR反應40
• 3.4.4 熒光定量PCR反應40
• 3.4.5 數(shù)據(jù)處理40
• 3.5 結果與分析40-46
• 3.5.1 肌肉組織轉錄組測序40-44
• 3.5.2 MUSTN1基因的表達驗證44-46
• 3.6 討論46-48
• 第四章 結論48-49
• 參考文獻49-54
• 附錄54-57
• 致謝57-58
• 作者簡介58

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本文編號：386353