肌內(nèi)脂肪(Intramuscular fat,IMF)和皮下脂肪是豬的兩個(gè)重要的肉質(zhì)相關(guān)性狀。肌內(nèi)脂肪含量影響p H值、肉色、嫩度、氣味等相關(guān)肉質(zhì)性狀,而皮下脂肪也與豬肉質(zhì)性狀和經(jīng)濟(jì)價(jià)值相關(guān)聯(lián)。眾所周知,我國(guó)地方豬種脂肪沉積能力強(qiáng)于外來(lái)引進(jìn)豬種,其肉質(zhì)也較好,受到消費(fèi)者青睞。此外,脂肪沉積受到多基因、信號(hào)通路和Lnc RNAs的調(diào)控。研究不同豬種脂肪沉積分子機(jī)制,為豬的育種提供理論基礎(chǔ)。GEO數(shù)據(jù)庫(kù)是世界上最大的公共數(shù)據(jù)庫(kù),并對(duì)使用者免費(fèi)開放。通過(guò)對(duì)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)與豬相關(guān)的基因芯片和RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)整合和再分析,有利于闡明不同豬種脂肪沉積的分子機(jī)制。在本研究中,通過(guò)對(duì)大白豬和我國(guó)地方豬種的背最長(zhǎng)肌(longissimus dorsi,LD)GEO數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,我們篩選出了AMPK、PPAR和脂肪酸代謝三個(gè)與豬IMF沉積相關(guān)的信號(hào)通路。q RT-PCR芯片檢測(cè)發(fā)現(xiàn):在大白豬LD中,AMPK信號(hào)通路中與脂肪酸氧化相關(guān)基因表達(dá)上調(diào),PPAR信號(hào)通路中與脂肪酸氧化和轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)基因表達(dá)上調(diào),脂肪酸代謝信號(hào)通路中與脂肪酸分解和氧化相關(guān)基因表達(dá)上調(diào),此外,與脂肪酸合成相關(guān)基因表達(dá)下調(diào)。這些結(jié)果...

【文章頁(yè)數(shù)】：181 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
中文摘要
abstract
英文縮略詞表
前言
第一篇 文獻(xiàn)綜述
    第1章 豬的脂肪沉積研究進(jìn)展
        1.1 豬肉肉質(zhì)含義
        1.2 肌肉組成及其與肉質(zhì)關(guān)系
        1.3 IMF含量的影響因素
            1.3.1 遺傳因素對(duì)IMF含量的影響
            1.3.2 性別和年齡對(duì)IMF含量的影響
            1.3.3 不同組織部位對(duì)IMF含量的影響
            1.3.4 營(yíng)養(yǎng)水平和飼養(yǎng)環(huán)境對(duì)IMF含量的影響
            1.3.5 飼養(yǎng)環(huán)境對(duì)IMF含量的影響
            1.3.6 小結(jié)
        1.4 皮下脂肪與豬胴體性狀的關(guān)系
        1.5 豬的脂肪沉積相關(guān)基因與基因組學(xué)研究進(jìn)展
            1.5.1 脂肪沉積相關(guān)基因
            1.5.2 脂肪沉積相關(guān)長(zhǎng)鏈非編碼RNA
            1.5.3 脂肪沉積相關(guān)信號(hào)通路
        1.6 我國(guó)地方豬種與外來(lái)引進(jìn)豬種概況
            1.6.1 我國(guó)地方豬種概況
            1.6.2 我國(guó)外來(lái)引進(jìn)豬種概況
            1.6.2 小結(jié)
    第2章 GEO公共數(shù)據(jù)庫(kù)及其應(yīng)用
        2.1 GEO公共數(shù)據(jù)庫(kù)
        2.2 基因芯片技術(shù)的應(yīng)用
        2.3 RNA-seq技術(shù)的應(yīng)用
        2.4 qRT-PCR array技術(shù)及應(yīng)用
第二篇 研究?jī)?nèi)容
    第1章 豬肌內(nèi)脂肪GEO數(shù)據(jù)挖掘和基因表達(dá)模式鑒定
        1.1 材料
            1.1.1 GEO數(shù)據(jù)收集
            1.1.2 生物信息學(xué)和統(tǒng)計(jì)分析方法
            1.1.3 動(dòng)物樣本采集
            1.1.4 主要儀器
            1.1.5 主要試劑
            1.1.6 引物的設(shè)計(jì)
        1.2 方法
            1.2.1 DEGs的獲得
            1.2.2 差異基因信號(hào)通路和GO富集
            1.2.3 IMF含量測(cè)定
            1.2.4 RNA提取和q RT-PCR芯片驗(yàn)證
            1.2.5 Western blot分析
        1.3 結(jié)果
            1.3.1 GEO數(shù)據(jù)集中差異表達(dá)分析結(jié)果
            1.3.2 GEO數(shù)據(jù)中DEGs的通路富集
            1.3.3 不同品種豬LD中IMF含量測(cè)定
            1.3.4 不同品種豬LD中 AMPK信號(hào)通路的驗(yàn)證
            1.3.5 AMPK信號(hào)通路q RT-PCR芯片DEGs的 GO分析
            1.3.6 不同品種豬LD中 PPAR信號(hào)通路的驗(yàn)證
            1.3.7 PPAR信號(hào)通路q RT-PCR芯片DEGs的 GO分析
            1.3.8 不同品種豬LD中脂肪酸代謝信號(hào)通路的驗(yàn)證
            1.3.9 脂肪酸代謝信號(hào)通路q RT-PCR芯片DEGs的 GO分析
            1.3.10 三個(gè)信號(hào)通路共享基因情況分析
            1.3.11 兩個(gè)豬種中幾個(gè)關(guān)鍵蛋白的western blot分析
        1.4 討論
            1.4.1 AMPK信號(hào)通路
            1.4.2 PPAR信號(hào)通路
            1.4.3 脂肪酸代謝信號(hào)通路
            1.4.4 不足與展望
        1.5 小結(jié)
    第2章 豬皮下脂肪GEO數(shù)據(jù)挖掘和基因表達(dá)模式鑒定
        2.1 材料
            2.1.1 GEO數(shù)據(jù)收集
            2.1.2 生物信息學(xué)和統(tǒng)計(jì)分析方法
            2.1.3 動(dòng)物樣本采集
            2.1.4 主要儀器
            2.1.5 主要試劑
            2.1.6 引物的設(shè)計(jì)
        2.2 方法
            2.2.1 DEGs的獲得
            2.2.2 DEGs信號(hào)通路富集和PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
            2.2.3 RNA提取和q RT-PCR芯片驗(yàn)證
        2.3 結(jié)果
            2.3.1 GEO數(shù)據(jù)中差異表達(dá)分析結(jié)果
            2.3.2 GEO數(shù)據(jù)中DEGs的信號(hào)通路富集
            2.3.3 GEO數(shù)據(jù)中DEGs的 PPI網(wǎng)絡(luò)
            2.3.4 GEO數(shù)據(jù)中DEGs的共表達(dá)分析
            2.3.4 不同品種豬皮下脂肪組織中q RT-PCR芯片結(jié)果
        2.4 討論
        2.5 小結(jié)
    第3章 豬脂肪沉積相關(guān)Lnc RNAs數(shù)據(jù)挖掘
        3.1 材料
            3.1.1 GEO數(shù)據(jù)收集
            3.1.2 生物信息學(xué)分析
            3.1.3 動(dòng)物樣本采集
            3.1.4 主要儀器
            3.1.5 主要試劑
            3.1.6 引物的設(shè)計(jì)
        3.2 方法
            3.2.1 DEGs和差異表達(dá)Lnc RNAs分析
            3.2.2 Lnc RNA-m RNA共表達(dá)分析
            3.2.3 RNA提取和q RT-PCR芯片驗(yàn)證
        3.3 結(jié)果
            3.3.1 IMF數(shù)據(jù)差異表達(dá)m RNAs結(jié)果
            3.3.2 IMF數(shù)據(jù)差異表達(dá)Lnc RNAs結(jié)果
            3.3.3 IMF數(shù)據(jù)Lnc RNA-m RNA共表達(dá)分析結(jié)果
            3.3.4 皮下脂肪數(shù)據(jù)差異表達(dá)mRNAs結(jié)果
            3.3.5 皮下脂肪數(shù)據(jù)差異表達(dá)Lnc RNAs結(jié)果
            3.3.6 皮下脂肪數(shù)據(jù)Lnc RNA-m RNA共表達(dá)分析結(jié)果
            3.3.7 脂肪沉積相關(guān)的幾個(gè)Lnc RNAs的 q RT-PCR檢測(cè)結(jié)果
            3.3.8 脂肪沉積相關(guān)Lnc RNAs與人、小鼠的同源比對(duì)分析
        3.4 討論
        3.5 小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
導(dǎo)師簡(jiǎn)介
作者簡(jiǎn)介
致謝



本文編號(hào)：3842337