肌內(nèi)脂肪(Intramuscular fat,IMF)和皮下脂肪是豬的兩個重要的肉質(zhì)相關(guān)性狀。肌內(nèi)脂肪含量影響p H值、肉色、嫩度、氣味等相關(guān)肉質(zhì)性狀,而皮下脂肪也與豬肉質(zhì)性狀和經(jīng)濟價值相關(guān)聯(lián)。眾所周知,我國地方豬種脂肪沉積能力強于外來引進豬種,其肉質(zhì)也較好,受到消費者青睞。此外,脂肪沉積受到多基因、信號通路和Lnc RNAs的調(diào)控。研究不同豬種脂肪沉積分子機制,為豬的育種提供理論基礎(chǔ)。GEO數(shù)據(jù)庫是世界上最大的公共數(shù)據(jù)庫,并對使用者免費開放。通過對GEO數(shù)據(jù)庫與豬相關(guān)的基因芯片和RNA-seq數(shù)據(jù)進行數(shù)據(jù)整合和再分析,有利于闡明不同豬種脂肪沉積的分子機制。在本研究中,通過對大白豬和我國地方豬種的背最長肌(longissimus dorsi,LD)GEO數(shù)據(jù)進行分析,我們篩選出了AMPK、PPAR和脂肪酸代謝三個與豬IMF沉積相關(guān)的信號通路。q RT-PCR芯片檢測發(fā)現(xiàn):在大白豬LD中,AMPK信號通路中與脂肪酸氧化相關(guān)基因表達上調(diào),PPAR信號通路中與脂肪酸氧化和轉(zhuǎn)運相關(guān)基因表達上調(diào),脂肪酸代謝信號通路中與脂肪酸分解和氧化相關(guān)基因表達上調(diào),此外,與脂肪酸合成相關(guān)基因表達下調(diào)。這些結(jié)果...

【文章頁數(shù)】：181 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
中文摘要
abstract
英文縮略詞表
前言
第一篇 文獻綜述
    第1章 豬的脂肪沉積研究進展
        1.1 豬肉肉質(zhì)含義
        1.2 肌肉組成及其與肉質(zhì)關(guān)系
        1.3 IMF含量的影響因素
            1.3.1 遺傳因素對IMF含量的影響
            1.3.2 性別和年齡對IMF含量的影響
            1.3.3 不同組織部位對IMF含量的影響
            1.3.4 營養(yǎng)水平和飼養(yǎng)環(huán)境對IMF含量的影響
            1.3.5 飼養(yǎng)環(huán)境對IMF含量的影響
            1.3.6 小結(jié)
        1.4 皮下脂肪與豬胴體性狀的關(guān)系
        1.5 豬的脂肪沉積相關(guān)基因與基因組學(xué)研究進展
            1.5.1 脂肪沉積相關(guān)基因
            1.5.2 脂肪沉積相關(guān)長鏈非編碼RNA
            1.5.3 脂肪沉積相關(guān)信號通路
        1.6 我國地方豬種與外來引進豬種概況
            1.6.1 我國地方豬種概況
            1.6.2 我國外來引進豬種概況
            1.6.2 小結(jié)
    第2章 GEO公共數(shù)據(jù)庫及其應(yīng)用
        2.1 GEO公共數(shù)據(jù)庫
        2.2 基因芯片技術(shù)的應(yīng)用
        2.3 RNA-seq技術(shù)的應(yīng)用
        2.4 qRT-PCR array技術(shù)及應(yīng)用
第二篇 研究內(nèi)容
    第1章 豬肌內(nèi)脂肪GEO數(shù)據(jù)挖掘和基因表達模式鑒定
        1.1 材料
            1.1.1 GEO數(shù)據(jù)收集
            1.1.2 生物信息學(xué)和統(tǒng)計分析方法
            1.1.3 動物樣本采集
            1.1.4 主要儀器
            1.1.5 主要試劑
            1.1.6 引物的設(shè)計
        1.2 方法
            1.2.1 DEGs的獲得
            1.2.2 差異基因信號通路和GO富集
            1.2.3 IMF含量測定
            1.2.4 RNA提取和q RT-PCR芯片驗證
            1.2.5 Western blot分析
        1.3 結(jié)果
            1.3.1 GEO數(shù)據(jù)集中差異表達分析結(jié)果
            1.3.2 GEO數(shù)據(jù)中DEGs的通路富集
            1.3.3 不同品種豬LD中IMF含量測定
            1.3.4 不同品種豬LD中 AMPK信號通路的驗證
            1.3.5 AMPK信號通路q RT-PCR芯片DEGs的 GO分析
            1.3.6 不同品種豬LD中 PPAR信號通路的驗證
            1.3.7 PPAR信號通路q RT-PCR芯片DEGs的 GO分析
            1.3.8 不同品種豬LD中脂肪酸代謝信號通路的驗證
            1.3.9 脂肪酸代謝信號通路q RT-PCR芯片DEGs的 GO分析
            1.3.10 三個信號通路共享基因情況分析
            1.3.11 兩個豬種中幾個關(guān)鍵蛋白的western blot分析
        1.4 討論
            1.4.1 AMPK信號通路
            1.4.2 PPAR信號通路
            1.4.3 脂肪酸代謝信號通路
            1.4.4 不足與展望
        1.5 小結(jié)
    第2章 豬皮下脂肪GEO數(shù)據(jù)挖掘和基因表達模式鑒定
        2.1 材料
            2.1.1 GEO數(shù)據(jù)收集
            2.1.2 生物信息學(xué)和統(tǒng)計分析方法
            2.1.3 動物樣本采集
            2.1.4 主要儀器
            2.1.5 主要試劑
            2.1.6 引物的設(shè)計
        2.2 方法
            2.2.1 DEGs的獲得
            2.2.2 DEGs信號通路富集和PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
            2.2.3 RNA提取和q RT-PCR芯片驗證
        2.3 結(jié)果
            2.3.1 GEO數(shù)據(jù)中差異表達分析結(jié)果
            2.3.2 GEO數(shù)據(jù)中DEGs的信號通路富集
            2.3.3 GEO數(shù)據(jù)中DEGs的 PPI網(wǎng)絡(luò)
            2.3.4 GEO數(shù)據(jù)中DEGs的共表達分析
            2.3.4 不同品種豬皮下脂肪組織中q RT-PCR芯片結(jié)果
        2.4 討論
        2.5 小結(jié)
    第3章 豬脂肪沉積相關(guān)Lnc RNAs數(shù)據(jù)挖掘
        3.1 材料
            3.1.1 GEO數(shù)據(jù)收集
            3.1.2 生物信息學(xué)分析
            3.1.3 動物樣本采集
            3.1.4 主要儀器
            3.1.5 主要試劑
            3.1.6 引物的設(shè)計
        3.2 方法
            3.2.1 DEGs和差異表達Lnc RNAs分析
            3.2.2 Lnc RNA-m RNA共表達分析
            3.2.3 RNA提取和q RT-PCR芯片驗證
        3.3 結(jié)果
            3.3.1 IMF數(shù)據(jù)差異表達m RNAs結(jié)果
            3.3.2 IMF數(shù)據(jù)差異表達Lnc RNAs結(jié)果
            3.3.3 IMF數(shù)據(jù)Lnc RNA-m RNA共表達分析結(jié)果
            3.3.4 皮下脂肪數(shù)據(jù)差異表達mRNAs結(jié)果
            3.3.5 皮下脂肪數(shù)據(jù)差異表達Lnc RNAs結(jié)果
            3.3.6 皮下脂肪數(shù)據(jù)Lnc RNA-m RNA共表達分析結(jié)果
            3.3.7 脂肪沉積相關(guān)的幾個Lnc RNAs的 q RT-PCR檢測結(jié)果
            3.3.8 脂肪沉積相關(guān)Lnc RNAs與人、小鼠的同源比對分析
        3.4 討論
        3.5 小結(jié)
結(jié)論
參考文獻
附錄
導(dǎo)師簡介
作者簡介
致謝



本文編號：3842337