利用基因組DNA混合池擴增產(chǎn)物直接測序的方法對55頭牦牛DQA2基因的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP)進行分析,并利用生物信息學軟件預測分析了SNP位點對DQA2基因mRNA和蛋白質(zhì)二級結構的影響。結果顯示:牦牛DQA2基因多態(tài)性較高,共檢測到14個SNP位點,僅有1個SNP位點位于內(nèi)含子1上,其余13個均位于外顯子區(qū)域,其中,9個SNP位點為錯義突變,導致相應氨基酸發(fā)生改變。二級結構預測結果表明:8個SNP位點增大了mRNA二級結構的穩(wěn)定性,4個位點降低了mRNA二級結構的穩(wěn)定性。錯義突變SNP位點均改變了牦牛DQA2蛋白質(zhì)二級結構,突變前后二級結構各組分中無規(guī)則卷曲所占比例最高,其次為延伸鏈,β-轉(zhuǎn)角的比例最低。研究結果為探究牦牛主要組織相容性復合體(major histocompatibility complex,MHC)基因的致病機制和免疫機制提供了有利條件,也為篩選牦�？共》肿訕擞浱峁┝死碚摶A。

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗材料
    1.2 引物設計
    1.3 基因組DNA混合池的構建和聚合酶鏈式反應擴增
    1.4 DQA2基因擴增序列測定與分析
    1.5 等位基因頻率估算
    1.6 mRNA和蛋白質(zhì)二級結構預測
2 結果與分析
    2.1 牦牛DQA2基因擴增結果
    2.2 牦牛DQA2基因SNP位點篩選和等位基因頻率估算
    2.3 牦牛DQA2基因mRNA二級結構和蛋白質(zhì)二級結構預測
3 討論



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