為尋找與巴馬香豬產活仔數相關的分子標記,試驗利用全基因組關聯(lián)分析(GWAS)定位并篩選了影響產活仔數性狀的候選基因,采集297頭具有多胎產仔記錄的巴馬香豬耳組織樣品,提取DNA并利用豬50K SNP芯片進行基因分型,分型結果經質控與基因型填充后,使用Tassel軟件對巴馬香豬產活仔數性狀進行全基因組關聯(lián)分析。結果顯示,巴馬香豬平均窩產活仔數在1～9胎內隨著胎次增加逐漸升高;經質控過濾后共獲得32 816個SNPs位點,利用全基因組關聯(lián)分析共篩選到8個與巴馬香豬產活仔數相關的SNPs位點,分別在基因組或染色體水平達到顯著;對關聯(lián)顯著SNP位點上下游500 kb內的編碼基因進行富集分析,并依據豬繁殖性狀相關QTL區(qū)域及基因功能,最終篩選到4個基因(CAPZB、MSH3、CITED2和HSD17B7)作為影響巴馬香豬產活仔數的候選基因。

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗動物
    1.2 DNA提取與芯片分型
    1.3 數據整理
    1.4 芯片數據質控和基因型填充
    1.5 全基因組關聯(lián)分析
    1.6 R語言繪圖
    1.7 富集分析
    1.8 候選基因確定
2 結 果
    2.1 巴馬香豬各胎次平均窩產活仔數統(tǒng)計
    2.2 混合線性模型分析
    2.3 富集分析
    2.4 QTL分析
3 討 論
4 結 論



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