為尋找與巴馬香豬產(chǎn)活仔數(shù)相關(guān)的分子標(biāo)記,試驗(yàn)利用全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)定位并篩選了影響產(chǎn)活仔數(shù)性狀的候選基因,采集297頭具有多胎產(chǎn)仔記錄的巴馬香豬耳組織樣品,提取DNA并利用豬50K SNP芯片進(jìn)行基因分型,分型結(jié)果經(jīng)質(zhì)控與基因型填充后,使用Tassel軟件對(duì)巴馬香豬產(chǎn)活仔數(shù)性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果顯示,巴馬香豬平均窩產(chǎn)活仔數(shù)在1～9胎內(nèi)隨著胎次增加逐漸升高;經(jīng)質(zhì)控過(guò)濾后共獲得32 816個(gè)SNPs位點(diǎn),利用全基因組關(guān)聯(lián)分析共篩選到8個(gè)與巴馬香豬產(chǎn)活仔數(shù)相關(guān)的SNPs位點(diǎn),分別在基因組或染色體水平達(dá)到顯著;對(duì)關(guān)聯(lián)顯著SNP位點(diǎn)上下游500 kb內(nèi)的編碼基因進(jìn)行富集分析,并依據(jù)豬繁殖性狀相關(guān)QTL區(qū)域及基因功能,最終篩選到4個(gè)基因(CAPZB、MSH3、CITED2和HSD17B7)作為影響巴馬香豬產(chǎn)活仔數(shù)的候選基因。

【文章頁(yè)數(shù)】：11 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
    1.2 DNA提取與芯片分型
    1.3 數(shù)據(jù)整理
    1.4 芯片數(shù)據(jù)質(zhì)控和基因型填充
    1.5 全基因組關(guān)聯(lián)分析
    1.6 R語(yǔ)言繪圖
    1.7 富集分析
    1.8 候選基因確定
2 結(jié) 果
    2.1 巴馬香豬各胎次平均窩產(chǎn)活仔數(shù)統(tǒng)計(jì)
    2.2 混合線性模型分析
    2.3 富集分析
    2.4 QTL分析
3 討 論
4 結(jié) 論



本文編號(hào)：3837725