轉(zhuǎn)座元件(Transposable elements,TEs)是能夠在其原始宿主細(xì)胞內(nèi)移動(dòng)的DNA序列,根據(jù)不同的結(jié)構(gòu)和轉(zhuǎn)座機(jī)制分為RNA轉(zhuǎn)座子(I類)和DNA轉(zhuǎn)座子(II類)。哺乳動(dòng)物基因組中的轉(zhuǎn)座子主要是RNA轉(zhuǎn)座子,其轉(zhuǎn)座時(shí)均需要借助RNA中間體進(jìn)行。研究表明,反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子對(duì)哺乳動(dòng)物蛋白編碼基因的進(jìn)化、結(jié)構(gòu)和功能有很大貢獻(xiàn),其中短散在重復(fù)序列(short interspersed repeated sequences,SINE)是哺乳動(dòng)物基因組中重要的反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子,蛋白編碼基因中SINE的插入可能影響其功能。因此,本文挑選VRT和KTN1兩個(gè)蛋白編碼基因,研究轉(zhuǎn)座子對(duì)其序列和結(jié)構(gòu)變異的貢獻(xiàn),探究SINE的插入對(duì)豬生長(zhǎng)繁殖性能是否產(chǎn)生影響,并開(kāi)發(fā)新型有價(jià)值的豬基因組分子標(biāo)記。主要結(jié)果如下:1、通過(guò)BLAST獲得不同品種豬VRTN基因和KTN1基因及其側(cè)翼序列,用C1 ustralx程序進(jìn)行多序列比對(duì),并通過(guò)RepeatMasker注釋轉(zhuǎn)座子插入位點(diǎn)。在VR N基因中發(fā)現(xiàn)3個(gè)大的結(jié)構(gòu)突變,由SINE轉(zhuǎn)座子插入引起,命名為VRTN-sRTI P1、VRTN-sRTIP2和VRTN-sR...

【文章頁(yè)數(shù)】：57 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
文獻(xiàn)綜述
    第一章 轉(zhuǎn)座子概述
        1 轉(zhuǎn)座子
            1.1 轉(zhuǎn)座子的定義
            1.2 轉(zhuǎn)座子分類
            1.3 轉(zhuǎn)座子對(duì)基因組和基因進(jìn)化的影響
            1.4 轉(zhuǎn)座子技術(shù)的應(yīng)用
            1.5 短散在重復(fù)序列(SINE)概述
            1.6 VRTN基因研究進(jìn)展
            1.7 KTN1基因研究進(jìn)展
實(shí)驗(yàn)部分
    第二章 SINE-VRTN與生長(zhǎng)繁殖性能的關(guān)聯(lián)分析及生物信息學(xué)分析
        1 材料與方法
            1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
            1.2 主要儀器設(shè)備
            1.3 主要試劑
            1.4 基因組提取
            1.5 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)——PCR及瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)
            1.6 引物設(shè)計(jì)及合成
            1.7 統(tǒng)計(jì)分析
            1.8 獲取VRTN基因和側(cè)翼序列
            1.9 VRTN序列(包括基因和側(cè)翼區(qū))與不同物種進(jìn)行基因組比對(duì)分析
            1.10 逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子注釋
            1.11 基因結(jié)構(gòu)和啟動(dòng)子預(yù)測(cè)
        2 結(jié)果
            2.1 通過(guò)比較基因組比對(duì)發(fā)現(xiàn)VRTN基因3個(gè)大的結(jié)構(gòu)突變
            2.2 逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子注釋從SINE插入多態(tài)發(fā)現(xiàn)VRTN基因3個(gè)大片段結(jié)構(gòu)突變
            2.3 VRTN-sRTIPs在不同品種的不均勻分布
            2.4 VRTN基因中SINE插入情況在群體中與生長(zhǎng)繁殖性狀關(guān)聯(lián)分析
        3 討論
        4 小結(jié)
    第三章 SINE-KTN1與生產(chǎn)性能的關(guān)聯(lián)分析及生物信息學(xué)分析
        1 試驗(yàn)材料
            1.1 試驗(yàn)樣品
            1.2 基因組提取
            1.3 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)——PCR及瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)
            1.4 統(tǒng)計(jì)分析
            1.5 獲取KTN1基因和側(cè)翼序列
            1.6 KTN1序列(包括基因和側(cè)翼區(qū))在不同物種間保守性分析
            1.7 逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子注釋
            1.8 啟動(dòng)子預(yù)測(cè)
            1.9 多序列比對(duì)
        2 結(jié)果
            2.1 KTN1基因比較基因組比對(duì)
            2.2 KTN1基因在不同物種中相對(duì)比較保守
            2.3 轉(zhuǎn)座子對(duì)KTN1基因的貢獻(xiàn)
            2.4 KTN1基因中存在13個(gè)結(jié)構(gòu)突變
            2.5 群體多態(tài)性檢測(cè)
            2.6 KTN1基因中SINE插入情況在群體中與生長(zhǎng)繁殖性狀關(guān)聯(lián)分析
        3 討論
        4 小結(jié)
全文結(jié)論
本研究創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文目錄
附錄



本文編號(hào)：3829134