轉座元件(Transposable elements,TEs)是能夠在其原始宿主細胞內移動的DNA序列,根據不同的結構和轉座機制分為RNA轉座子(I類)和DNA轉座子(II類)。哺乳動物基因組中的轉座子主要是RNA轉座子,其轉座時均需要借助RNA中間體進行。研究表明,反轉錄轉座子對哺乳動物蛋白編碼基因的進化、結構和功能有很大貢獻,其中短散在重復序列(short interspersed repeated sequences,SINE)是哺乳動物基因組中重要的反轉錄轉座子,蛋白編碼基因中SINE的插入可能影響其功能。因此,本文挑選VRT和KTN1兩個蛋白編碼基因,研究轉座子對其序列和結構變異的貢獻,探究SINE的插入對豬生長繁殖性能是否產生影響,并開發(fā)新型有價值的豬基因組分子標記。主要結果如下:1、通過BLAST獲得不同品種豬VRTN基因和KTN1基因及其側翼序列,用C1 ustralx程序進行多序列比對,并通過RepeatMasker注釋轉座子插入位點。在VR N基因中發(fā)現3個大的結構突變,由SINE轉座子插入引起,命名為VRTN-sRTI P1、VRTN-sRTIP2和VRTN-sR...

【文章頁數】：57 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
文獻綜述
    第一章 轉座子概述
        1 轉座子
            1.1 轉座子的定義
            1.2 轉座子分類
            1.3 轉座子對基因組和基因進化的影響
            1.4 轉座子技術的應用
            1.5 短散在重復序列(SINE)概述
            1.6 VRTN基因研究進展
            1.7 KTN1基因研究進展
實驗部分
    第二章 SINE-VRTN與生長繁殖性能的關聯分析及生物信息學分析
        1 材料與方法
            1.1 試驗動物
            1.2 主要儀器設備
            1.3 主要試劑
            1.4 基因組提取
            1.5 聚合酶鏈式反應——PCR及瓊脂糖凝膠電泳檢測
            1.6 引物設計及合成
            1.7 統(tǒng)計分析
            1.8 獲取VRTN基因和側翼序列
            1.9 VRTN序列(包括基因和側翼區(qū))與不同物種進行基因組比對分析
            1.10 逆轉錄轉座子注釋
            1.11 基因結構和啟動子預測
        2 結果
            2.1 通過比較基因組比對發(fā)現VRTN基因3個大的結構突變
            2.2 逆轉錄轉座子注釋從SINE插入多態(tài)發(fā)現VRTN基因3個大片段結構突變
            2.3 VRTN-sRTIPs在不同品種的不均勻分布
            2.4 VRTN基因中SINE插入情況在群體中與生長繁殖性狀關聯分析
        3 討論
        4 小結
    第三章 SINE-KTN1與生產性能的關聯分析及生物信息學分析
        1 試驗材料
            1.1 試驗樣品
            1.2 基因組提取
            1.3 聚合酶鏈式反應——PCR及瓊脂糖凝膠電泳檢測
            1.4 統(tǒng)計分析
            1.5 獲取KTN1基因和側翼序列
            1.6 KTN1序列(包括基因和側翼區(qū))在不同物種間保守性分析
            1.7 逆轉錄轉座子注釋
            1.8 啟動子預測
            1.9 多序列比對
        2 結果
            2.1 KTN1基因比較基因組比對
            2.2 KTN1基因在不同物種中相對比較保守
            2.3 轉座子對KTN1基因的貢獻
            2.4 KTN1基因中存在13個結構突變
            2.5 群體多態(tài)性檢測
            2.6 KTN1基因中SINE插入情況在群體中與生長繁殖性狀關聯分析
        3 討論
        4 小結
全文結論
本研究創(chuàng)新點
參考文獻
致謝
攻讀學位期間發(fā)表的學術論文目錄
附錄



本文編號：3829134