為了解廣西壯族自治區(qū)豬德爾塔冠狀病毒(PDCoV)流行毒株的遺傳變異情況,采集2017—2019年廣西各地病豬腹瀉病料,采用RT-PCR方法檢測PDCoV,并對陽性樣品進(jìn)行擴(kuò)增、測序,共獲得S、M、N基因序列各16株。同源性分析顯示,S、M、N基因核苷酸序列同源性在廣西流行毒株之間分別為95.8%～99.9%、95.9%～100%和97.9%～99.9%,在廣西流行毒株與國內(nèi)外參考毒株之間分別為95.1%～100%、95.0%～100%和96.3%～99.9%。序列比對顯示,廣西流行毒株S1蛋白區(qū)域存在氨基酸序列的突變及插入,不同流行毒株之間存在一定差異。基于S、M、N基因核苷酸序列繪制遺傳進(jìn)化樹,獲得相似的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)圖,均可分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三個群,Ⅰ群毒株來自美國、日本、韓國等,Ⅱ群毒株來自中國,Ⅲ群毒株來自中國、越南、老撾、泰國等;廣西流行毒株主要分布在Ⅱ群,個別毒株分布在Ⅲ群,部分毒株單獨(dú)形成一個小分支。遺傳進(jìn)化速率計算顯示,廣西流行毒株及國內(nèi)外參考毒株S、M、N基因的平均進(jìn)化速率為2.57×10^-4、2.07×10^-4、1.70×10

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 病料
    1.2 試劑
    1.3 引物設(shè)計
    1.4 臨床病料的檢測
    1.5 S、M、N基因的擴(kuò)增及測序
    1.6 序列分析
2 結(jié)果
    2.1 臨床病料的檢測
    2.2 S、M、N基因的序列測定
    2.3 S、M、N基因序列同源性分析
    2.4 序列比對
    2.5 遺傳進(jìn)化樹的繪制
    2.6 S、M、N基因進(jìn)化速率分析
3 討論



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