仔豬腹瀉是生豬養(yǎng)殖場(chǎng)中常見(jiàn)的疾病,也是影響?zhàn)B豬業(yè)經(jīng)濟(jì)效益的重要因素之一,對(duì)其有效防治是目前關(guān)注和研究的重點(diǎn)。隨著抗生素在養(yǎng)殖業(yè)中的廣泛使用,多重耐藥細(xì)菌不斷出現(xiàn),并可通過(guò)食物鏈將其耐藥性傳播給人類(lèi),對(duì)食品安全和公共衛(wèi)生安全造成嚴(yán)重威脅。本研究以廣東某生豬養(yǎng)殖場(chǎng)的腹瀉和健康哺乳仔豬為研究對(duì)象,利用高通量測(cè)序技術(shù)分析腹瀉仔豬與健康仔豬的糞便菌群差異,篩選出與仔豬腹瀉相關(guān)的病原菌組成,再?gòu)牟杉募S便樣本中分離出致病菌,并采用紙片擴(kuò)散法(K-B)對(duì)分離菌株進(jìn)行17種抗生素敏感試驗(yàn),最后對(duì)其中一株多重耐藥肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)KP4進(jìn)行全基因組測(cè)序。具體內(nèi)容如下:1、采用16S rRNA基因高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)8份腹瀉和8份健康哺乳仔豬的糞便樣本進(jìn)行測(cè)序,發(fā)現(xiàn)健康仔豬糞便菌群的多樣性顯著高于腹瀉仔豬(P<0.05);與健康仔豬糞便菌群組成相比,腹瀉仔豬糞便中變形菌門(mén)(Proteobacteria)的相對(duì)豐度顯著升高,而擬桿菌門(mén)(Bacteroidetes)顯著降低(P<0.05);在屬的分類(lèi)水平上,腹瀉仔豬糞便中埃希氏-志賀菌屬(Escherichia...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
英文縮寫(xiě)表
第一章 緒論
    1.1 仔豬腹瀉概述
    1.2 腸道菌群概況
        1.2.1 腸道菌群的組成和功能
        1.2.2 腸道菌群與仔豬腹瀉
        1.2.3 豬腸道菌群研究方法
        1.2.4 豬腸道菌群研究進(jìn)展
    1.3 豬源大腸桿菌研究進(jìn)展
        1.3.1 大腸桿菌概述
        1.3.2 大腸桿菌耐藥現(xiàn)狀
    1.4 肺炎克雷伯菌研究進(jìn)展
        1.4.1 肺炎克雷伯菌概述
        1.4.2 肺炎克雷伯菌的耐藥現(xiàn)狀及機(jī)制
        1.4.3 肺炎克雷伯菌的致病因子
        1.4.4 肺炎克雷伯菌研究進(jìn)展
    1.5 測(cè)序技術(shù)發(fā)展概況
        1.5.1 第一代測(cè)序技術(shù)
        1.5.2 第二代測(cè)序技術(shù)
        1.5.3 第三代測(cè)序技術(shù)
    1.6 本課題的研究意義及主要內(nèi)容
第二章 腹瀉仔豬與健康仔豬糞便菌群多樣性的比較
    2.1 引言
    2.2 實(shí)驗(yàn)材料與設(shè)備
        2.2.1 主要儀器與設(shè)備
        2.2.2 主要實(shí)驗(yàn)試劑
    2.3 實(shí)驗(yàn)方法
        2.3.1 樣品采集
        2.3.2 樣品總DNA提取
        2.3.3 16S rRNA基因擴(kuò)增
        2.3.4 Illumina Miseq測(cè)序
        2.3.5 數(shù)據(jù)處理與分析
    2.4 結(jié)果與分析
        2.4.1 測(cè)序數(shù)據(jù)整體分析
        2.4.2 Alpha多樣性分析
        2.4.3 Beta多樣性分析
        2.4.4 物種組成分析
        2.4.5 物種差異分析
        2.4.6 16S功能預(yù)測(cè)分析
    2.5 討論
    2.6 本章小結(jié)
第三章 大腸桿菌和肺炎克雷伯菌的分離及耐藥性分析
    3.1 引言
    3.2 實(shí)驗(yàn)材料與設(shè)備
        3.2.1 主要儀器與設(shè)備
        3.2.2 主要實(shí)驗(yàn)試劑
    3.3 實(shí)驗(yàn)方法
        3.3.1 樣本來(lái)源
        3.3.2 樣品制備及增菌
        3.3.3 細(xì)菌分離
        3.3.4 生化試驗(yàn)
        3.3.5 分子生物學(xué)鑒定
        3.3.6 藥敏試驗(yàn)
        3.3.7 菌種保存
        3.3.8 數(shù)據(jù)分析
    3.4 結(jié)果與分析
        3.4.1 大腸桿菌和肺炎克雷伯菌的分離情況
        3.4.2 肺炎克雷伯菌的耐藥表型
        3.4.3 大腸桿菌的耐藥表型
        3.4.4 分離菌株的多重耐藥性
    3.5 討論
    3.6 本章小結(jié)
第四章 多重耐藥肺炎克雷伯菌基因組分析
    4.1 引言
    4.2 實(shí)驗(yàn)材料和設(shè)備
        4.2.1 實(shí)驗(yàn)菌株
        4.2.2 儀器和設(shè)備
    4.3 實(shí)驗(yàn)方法
        4.3.1 細(xì)菌DNA的提取
        4.3.2 文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序
        4.3.3 原始下機(jī)數(shù)據(jù)處理
        4.3.4 基因組序列拼裝
        4.3.5 功能元件分析
        4.3.6 毒力基因和耐藥基因分析
        4.3.7 基因功能注釋
    4.4 結(jié)果與分析
        4.4.1 測(cè)序數(shù)據(jù)概況
        4.4.2 基因組概況
        4.4.3 功能元件分析
        4.4.4 毒力因子分析
        4.4.5 耐藥基因分析
        4.4.6 基因功能分析
    4.5 討論
    4.6 本章小結(jié)
結(jié)論與展望
    一、結(jié)論
    二、創(chuàng)新點(diǎn)
    三、展望
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間取得的研究成果
致謝
附件



本文編號(hào)：3806622