貴州地方白羽雞種MSTN基因SNP位點(diǎn)快速篩查及其蛋白功能預(yù)測
發(fā)布時間:2023-04-16 21:37
【目的】明確貴州地方白羽雞種肌肉生長抑制素(MSTN)基因的多態(tài)性,篩選出改良白羽雞肉質(zhì)品質(zhì)的分子遺傳標(biāo)記,為選擇培育優(yōu)良肉質(zhì)雞種提供參考依據(jù)。【方法】以興義矮腳雞白羽品系、羅曼蛋雞及興義矮腳雞白羽品系與羅曼蛋雞雜交的自交后代(F2)為研究對象,提取3個雞種的血液基因組DNA構(gòu)建DNA混合池,PCR擴(kuò)增MSTN基因全部外顯子序列,直接測序篩選SNP位點(diǎn)并進(jìn)行生物信息學(xué)分析,探究SNP位點(diǎn)突變對MSTN基因mRNA二級結(jié)構(gòu)及編碼蛋白結(jié)構(gòu)和功能的影響�!窘Y(jié)果】在雞MSTN基因第1外顯子(Exon-1)篩查到6個SNPs位點(diǎn),分別為G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6個SNPs位點(diǎn)均為同義突變。在A234G位點(diǎn)處檢測到興義矮腳雞白羽系和F2代存在多態(tài)性,但羅曼蛋雞未發(fā)生變異;在C297T位點(diǎn)處檢測到羅曼蛋雞存在多態(tài)性,以C為優(yōu)勢等位基因,而興義矮腳雞白羽品系和F2代均未發(fā)生變異;G51A、G60A、G159C和C324T等4個SNPs位點(diǎn)在3個雞種中均存在多態(tài)性。A234G位點(diǎn)突變對雞MSTN基因m RNA二級結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性無影響,G51A位點(diǎn)突變致使MSTN...
【文章頁數(shù)】:9 頁
【文章目錄】:
0 引言
1 材料與方法
1.1 試驗(yàn)材料
1.2 基因組DNA提取
1.3 引物設(shè)計(jì)及PCR擴(kuò)增
1.4 序列校對及等位基因頻率估算
1.5 生物信息學(xué)分析
2 結(jié)果與分析
2.1 PCR擴(kuò)增結(jié)果
2.2 測序分析結(jié)果
2.3 等位基因頻率估算結(jié)果
2.4 生物信息學(xué)分析結(jié)果
2.4.1 m RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測分析結(jié)果
2.4.2 MSTN蛋白理化性質(zhì)預(yù)測分析結(jié)果
2.4.3 信號肽預(yù)測分析結(jié)果
2.4.4 MSTN蛋白跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果
2.4.5 MSTN蛋白亞細(xì)胞定位分析結(jié)果
2.4.6 MSTN蛋白二級結(jié)構(gòu)分析結(jié)果
3 討論
4 結(jié)論
本文編號:3791925
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0 引言
1 材料與方法
1.1 試驗(yàn)材料
1.2 基因組DNA提取
1.3 引物設(shè)計(jì)及PCR擴(kuò)增
1.4 序列校對及等位基因頻率估算
1.5 生物信息學(xué)分析
2 結(jié)果與分析
2.1 PCR擴(kuò)增結(jié)果
2.2 測序分析結(jié)果
2.3 等位基因頻率估算結(jié)果
2.4 生物信息學(xué)分析結(jié)果
2.4.1 m RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測分析結(jié)果
2.4.2 MSTN蛋白理化性質(zhì)預(yù)測分析結(jié)果
2.4.3 信號肽預(yù)測分析結(jié)果
2.4.4 MSTN蛋白跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果
2.4.5 MSTN蛋白亞細(xì)胞定位分析結(jié)果
2.4.6 MSTN蛋白二級結(jié)構(gòu)分析結(jié)果
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本文編號:3791925
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