腹瀉是導(dǎo)致仔豬死亡的常見傳染性腸道疾病,對(duì)養(yǎng)豬業(yè)造成了極大的經(jīng)濟(jì)損失,已成為阻礙養(yǎng)豬業(yè)健康發(fā)展的絆腳石。C型產(chǎn)氣莢膜梭菌(Clostridium perfringens type C,C.perfringens type C)是引起仔豬細(xì)菌性腹瀉的常見病原菌之一,該菌經(jīng)消化道感染仔豬,在其腸道中大量繁殖,所產(chǎn)生的毒素破壞腸道組織并經(jīng)體液循環(huán)系統(tǒng)運(yùn)輸而損害遠(yuǎn)端器官(如脾臟),從而引起仔豬腹瀉及全身性器官的損傷。接種疫苗和使用抗生素可一定程度上減少并控制仔豬C型產(chǎn)氣莢膜梭菌性腹瀉的發(fā)生,但無抗和綠色健康養(yǎng)殖成為未來養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展的方向之一,養(yǎng)殖過程中需盡可能減少藥物對(duì)環(huán)境的污染以及豬只對(duì)疫苗和藥物的依耐性。另外,脾臟lncRNA(long non-coding RNA)、mRNA和miRNA(microRNA)在大腸桿菌和沙門氏菌引起仔豬腹瀉的過程中起重要調(diào)控功能,然而有關(guān)脾臟lncRNA、mRNA和miRNA在仔豬感染C型產(chǎn)氣莢膜梭菌導(dǎo)致腹瀉的調(diào)控機(jī)制研究較少。因此,從仔豬腹瀉的調(diào)控機(jī)制著手,找出抵抗C型產(chǎn)氣莢膜梭菌的相關(guān)分子,培育出抵抗C型產(chǎn)氣莢膜梭菌的豬品系將成為防治仔豬腹瀉的新途徑。本...

【文章頁數(shù)】：138 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Summary
縮略詞表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 仔豬腹瀉的危害及主要原因
    2 產(chǎn)氣莢膜梭菌簡介
        2.1 產(chǎn)氣莢膜梭菌的毒素種類及其分型
        2.2 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌
        2.3 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌的致病機(jī)理
    3 脾臟在產(chǎn)氣莢膜梭菌性疾病中的作用
    4 LncRNA測(cè)序概述
        4.1 LncRNA簡介
        4.2 LncRNA的來源
        4.3 LncRNA的分類
        4.4 LncRNA的作用方式
        4.5 LncRNA參與的生物學(xué)過程
        4.6 LncRNA在宿主抵抗感染性疾病中的研究進(jìn)展
    5 mRNA在宿主抵抗感染性疾病中的研究進(jìn)展
    6 miRNA測(cè)序概述
        6.1 miRNA簡介
        6.2 miRNA的特征
        6.3 miRNA的轉(zhuǎn)錄和加工
            6.3.1 miRNA的轉(zhuǎn)錄
            6.3.2 miRNA的加工
        6.4 miRNA的作用方式
        6.5 miRNA在宿主抵抗感染性疾病中的研究進(jìn)展
    7 本研究選題背景、研究內(nèi)容及目的意義
        7.1 選題背景
        7.2 研究內(nèi)容
        7.3 目的意義
第二章 脾臟lncRNA和 mRNA測(cè)序及功能分析
    1 試驗(yàn)材料
        1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
        1.2 實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備與試劑
            1.2.1 主要儀器設(shè)備
            1.2.2 主要試劑
            1.2.3 主要溶液配制
    2 試驗(yàn)方法
        2.1 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌培養(yǎng)
        2.2 仔豬攻毒試驗(yàn)
        2.3 樣品采集
        2.4 總RNA提取
        2.5 總RNA質(zhì)量與濃度檢測(cè)
            2.5.1 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)
            2.5.2 核酸蛋白檢測(cè)儀檢測(cè)
            2.5.3 毛細(xì)管電泳檢測(cè)
        2.6 LncRNA文庫構(gòu)建及測(cè)序
            2.6.1 LncRNA文庫構(gòu)建
            2.6.2 LncRNA文庫測(cè)序
        2.7 LncRNA測(cè)序數(shù)據(jù)處理及生物信息學(xué)分析
            2.7.1 LncRNA測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量檢測(cè)
            2.7.2 基因組比對(duì)
            2.7.3 轉(zhuǎn)錄本拼接
            2.7.4 已知mRNA鑒定
            2.7.5 LncRNA鑒定
            2.7.6 新mRNA鑒定和可變剪切分析
            2.7.7 LncRNA和 mRNA表達(dá)水平分析
            2.7.8 LncRNA基因組特征分析
            2.7.9 LncRNA靶基因預(yù)測(cè)
            2.7.10 GO功能和KEGG信號(hào)通路富集分析
            2.7.11 LncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
            2.7.12 腹瀉抗性相關(guān)lncRNA篩選
        2.8 RT-qPCR實(shí)驗(yàn)
            2.8.1 測(cè)序結(jié)果的RT-qPCR驗(yàn)證
            2.8.2 腹瀉抗性相關(guān)lncRNA靶基因信號(hào)通路關(guān)鍵基因表達(dá)量檢測(cè)
            2.8.3 LncRNA組織表達(dá)譜構(gòu)建
    3 結(jié)果與分析
        3.1 LncRNA文庫構(gòu)建及測(cè)序數(shù)據(jù)處理結(jié)果
            3.1.1 總RNA提取及質(zhì)量檢測(cè)結(jié)果
            3.1.2 測(cè)序數(shù)據(jù)概述
            3.1.3 測(cè)序錯(cuò)誤率結(jié)果
            3.1.4 基因組比對(duì)結(jié)果
            3.1.5 樣品間相關(guān)性分析結(jié)果
        3.2 LncRNA篩選及其基因組特征分析結(jié)果
            3.2.1 LncRNA篩選結(jié)果
            3.2.2 LncRNA基因組特征分析結(jié)果
        3.3 LncRNA和 mRNA差異表達(dá)分析結(jié)果
            3.3.1 差異表達(dá)lncRNA和 mRNA數(shù)量統(tǒng)計(jì)結(jié)果
            3.3.2 差異表達(dá)lncRNA和 mRNA聚類結(jié)果
            3.3.3 差異表達(dá)lncRNA和 mRNA染色體分布結(jié)果
        3.4 差異表達(dá)lncRNA和 mRNA功能分析結(jié)果
            3.4.1 差異表達(dá)lncRNA功能分析結(jié)果
            3.4.2 差異表達(dá)mRNA功能分析結(jié)果
        3.5 腹瀉抗性相關(guān)lncRNA篩選結(jié)果
            3.5.1 潛在腹瀉抗性相關(guān)lncRNA信息
            3.5.2 潛在腹瀉抗性相關(guān)lncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)結(jié)果
            3.5.3 腹瀉抗性相關(guān)lncRNA的逐步篩選結(jié)果
        3.6 測(cè)序結(jié)果的RT-qPCR驗(yàn)證結(jié)果
        3.7 腹瀉抗性相關(guān)lncRNA靶基因信號(hào)通路關(guān)鍵基因表達(dá)量檢測(cè)結(jié)果
        3.8 LncRNA組織表達(dá)譜結(jié)果
    4 討論
        4.1 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估
        4.2 LncRNA篩選及其基因組特征
        4.3 LncRNA組織表達(dá)譜
        4.4 LncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)
        4.5 脾臟組織lncRNA和 mRNA功能富集
        4.6 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌性腹瀉抗性相關(guān)lncRNA
    5 小結(jié)
第三章 脾臟miRNA測(cè)序及功能分析
    1 試驗(yàn)材料
    2 試驗(yàn)方法
        2.1 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌培養(yǎng)
        2.2 仔豬攻毒試驗(yàn)
        2.3 樣品采集
        2.4 總RNA提取
        2.5 總RNA質(zhì)量與濃度檢測(cè)
        2.6 miRNA文庫構(gòu)建及測(cè)序
            2.6.1 miRNA文庫構(gòu)建
            2.6.2 miRNA文庫測(cè)序
        2.7 miRNA測(cè)序數(shù)據(jù)處理及生物信息學(xué)分析
            2.7.1 測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量檢測(cè)
            2.7.2 參考序列比對(duì)獲取已知miRNA和新miRNA
            2.7.3 small RNA分類注釋
            2.7.4 miRNA家族分析
            2.7.5 miRNA表達(dá)水平及差異分析
            2.7.6 miRNA靶基因預(yù)測(cè)
            2.7.7 miRNA靶基因GO功能和KEGG信號(hào)通路富集分析
            2.7.8 腹瀉抗性相關(guān)miRNA篩選
        2.8 miRNA的 RT-qPCR驗(yàn)證及靶基因表達(dá)量檢測(cè)
            2.8.1 miRNA的 RT-qPCR驗(yàn)證
            2.8.2 miRNA靶基因表達(dá)量檢測(cè)
    3 結(jié)果與分析
        3.1 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制及長度分析結(jié)果
            3.1.1 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制結(jié)果
            3.1.2 small RNA長度分析結(jié)果
        3.2 small RNA基因組定位及分類注釋結(jié)果
            3.2.1 small RNA基因組定位結(jié)果
            3.2.2 small RNA分類注釋結(jié)果
        3.3 已知miRNA和新miRNA首位堿基及各位堿基偏好性分布結(jié)果
        3.4 miRNA家族分析結(jié)果
        3.5 miRNA差異表達(dá)分析結(jié)果
            3.5.1 miRNA表達(dá)水平分析結(jié)果
            3.5.2 樣品間相關(guān)性分析結(jié)果
            3.5.3 差異表達(dá)miRNA統(tǒng)計(jì)結(jié)果
            3.5.4 差異表達(dá)miRNA聚類結(jié)果
        3.6 miRNA靶基因預(yù)測(cè)及富集分析結(jié)果
            3.6.1 miRNA靶基因預(yù)測(cè)結(jié)果
            3.6.2 miRNA靶基因GO功能富集分析結(jié)果
            3.6.3 miRNA靶基因KEGG信號(hào)通路富集分析結(jié)果
        3.7 腹瀉抗性相關(guān)miRNA篩選結(jié)果
            3.7.1 潛在腹瀉抗性相關(guān)miRNA的信息結(jié)果
            3.7.2 腹瀉抗性相關(guān)miRNA的逐步篩選結(jié)果
        3.8 miRNA的 RT-qPCR驗(yàn)證及其靶基因表達(dá)量檢測(cè)結(jié)果
            3.8.1 miRNA的 RT-qPCR驗(yàn)證結(jié)果
            3.8.2 miRNA靶基因表達(dá)量檢測(cè)結(jié)果
    4 討論
        4.1 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控及small RNA長度
        4.2 豬脾臟miRNA
        4.3 豬脾臟miRNA靶基因預(yù)測(cè)
        4.4 脾臟組織miRNA功能富集
        4.5 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌性腹瀉抗性相關(guān)miRNA
    5 小結(jié)
第四章 全文結(jié)論
第五章 創(chuàng)新點(diǎn)及展望
    1 創(chuàng)新點(diǎn)
    2 展望
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡介
導(dǎo)師簡介



本文編號(hào)：3776196