免疫組學(xué)是研究免疫相關(guān)的全套分子及其作用靶分子的學(xué)科,研究內(nèi)容包括免疫基因組學(xué)、免疫蛋白質(zhì)組學(xué)和免疫信息學(xué)。免疫信息學(xué)主要研究免疫生物學(xué)及疫苗學(xué)與臨床免疫學(xué)中的問題,其基本研究方法包括數(shù)據(jù)庫構(gòu)建方法、計算統(tǒng)計方法和數(shù)學(xué)建模與計算機(jī)模擬方法。數(shù)據(jù)庫構(gòu)建包括數(shù)據(jù)收集和數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建、數(shù)據(jù)庫管理等技術(shù),這是免疫信息學(xué)研究的基礎(chǔ),通過免疫實驗獲得的大量數(shù)據(jù)只有有效的存儲起來,才能為后續(xù)工作提供基石。隨著豬全基因組測序的完成以及免疫組學(xué)的發(fā)展,所有實驗獲得的數(shù)據(jù)都存儲在生物數(shù)據(jù)庫中,各通用生物信息學(xué)網(wǎng)站的數(shù)據(jù)不斷豐富,若充分整合目前互聯(lián)網(wǎng)上豬免疫相關(guān)的數(shù)據(jù),構(gòu)建專題數(shù)據(jù)庫,將會給豬免疫相關(guān)工作帶來極大的便利,因此,本課題構(gòu)建了豬免疫組學(xué)信息平臺,并在該平臺中搭建生物信息學(xué)分析工具,為廣大研究者提供新的研究平臺�；贚inux+Apache+MySQL+PHP環(huán)境開發(fā)本信息平臺,通過對PDB和IEDB相關(guān)數(shù)據(jù)的整合,構(gòu)建抗體分子結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)庫,抗體輕鏈和重鏈CDR區(qū)序列數(shù)據(jù)庫,MHC分子結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)庫,B細(xì)胞表位信息和序列數(shù)據(jù)庫,T細(xì)胞表位信息和序列數(shù)據(jù)庫,這14個數(shù)據(jù)庫中分別包含抗體結(jié)構(gòu)1787...

【文章頁數(shù)】：83 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
英文縮寫說明
第一章 引言
    1.1 研究背景
        1.1.1 免疫學(xué)背景
        1.1.2 免疫組學(xué)和免疫信息學(xué)背景
    1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.2.1 豬相關(guān)數(shù)據(jù)庫研究現(xiàn)狀
        1.2.2 免疫相關(guān)數(shù)據(jù)庫研究現(xiàn)狀
    1.3 選題依據(jù)和主要研究內(nèi)容
        1.3.1 選題依據(jù)
        1.3.2 主要研究內(nèi)容
第二章 相關(guān)生物信息學(xué)研究技術(shù)理論
    2.1 序列比對算法
    2.2 同源建模
    2.3 線性B細(xì)胞表位預(yù)測方法
    2.4 本章小結(jié)
第三章 LAMP開發(fā)平臺概述及搭建
    3.1 LAMP開發(fā)平臺概述
        3.1.1 Linux操作系統(tǒng)
        3.1.2 Web服務(wù)器Apache
        3.1.3 MySQL數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)
        3.1.4 PHP后臺腳本編程語言
    3.2 LAMP開發(fā)環(huán)境搭建
        3.2.1 Apache的編譯與安裝
        3.2.2 安裝MySQL
        3.2.3 安裝PHP
    3.3 本章小結(jié)
第四章 豬免疫組學(xué)信息平臺數(shù)據(jù)整合
    4.1 材料與方法
        4.1.1 數(shù)據(jù)來源
        4.1.2 整合抗體分子結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)
        4.1.3 整合抗體CDR區(qū)序列數(shù)據(jù)
        4.1.4 整合MHC分子結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)
        4.1.5 整合豬B細(xì)胞表位信息數(shù)據(jù)及構(gòu)建MySQL數(shù)據(jù)庫
        4.1.6 整合豬T細(xì)胞表位信息數(shù)據(jù)及構(gòu)建MySQL數(shù)據(jù)庫
    4.2 結(jié)果與討論
        4.2.1 抗體分子的結(jié)構(gòu)庫和序列庫
        4.2.2 抗體CDR區(qū)的序列庫
        4.2.3 MHC分子的結(jié)構(gòu)庫和序列庫
        4.2.4 豬B細(xì)胞表位的詳細(xì)信息和序列信息數(shù)據(jù)
        4.2.5 豬T細(xì)胞表位的詳細(xì)信息和序列信息數(shù)據(jù)
    4.3 本章小結(jié)
第五章 豬免疫組學(xué)信息平臺的實現(xiàn)
    5.1 材料和方法
        5.1.1 安裝本地化BLAST工具并構(gòu)建本地BLAST可用的數(shù)據(jù)庫
        5.1.2 使用PHP語言調(diào)用Blast命令
        5.1.3 安裝MODELLER程序
        5.1.4 使用PHP語言調(diào)用MODELLER命令
        5.1.5 使用PHP語言調(diào)用線性B細(xì)胞表位預(yù)測命令
        5.1.6 使用PHP語言與MySQL數(shù)據(jù)庫交互進(jìn)行數(shù)據(jù)查詢
    5.2 結(jié)果與討論
        5.2.1 BLAST序列比對功能與序列比對網(wǎng)頁的實現(xiàn)
        5.2.2 MODELLER同源建模功能與同源建模網(wǎng)頁的實現(xiàn)
        5.2.3 豬線性B細(xì)胞表位預(yù)測網(wǎng)頁的實現(xiàn)
        5.2.4 信息查詢功能網(wǎng)頁的實現(xiàn)
    5.3 本章小結(jié)
第六章 豬免疫組學(xué)信息平臺的應(yīng)用實例
    6.1 材料和方法
        6.1.1 豬免疫球蛋白kappa可變區(qū)序列比對及同源建模
        6.1.2 中國荷包豬SLA-1分子序列比對及同源建模
        6.1.3 豬圓環(huán)病毒Ⅱ型衣殼蛋白的線性B細(xì)胞表位預(yù)測
        6.1.4 豬圓環(huán)病毒Ⅱ型衣殼蛋白B細(xì)胞線性表位信息查詢
        6.1.5 豬圓環(huán)病毒相關(guān)T細(xì)胞表位信息查詢
    6.2 結(jié)果與討論
        6.2.1 豬免疫球蛋白kappa可變區(qū)序列的同源建模
        6.2.2 中國荷包豬SLA-1分子序列比對及同源建模
        6.2.3 豬圓環(huán)病毒Ⅱ型衣殼蛋白的線性B細(xì)胞表位預(yù)測
        6.2.4 豬圓環(huán)病毒Ⅱ型衣殼蛋白B細(xì)胞表位信息查詢
        6.2.5 豬圓環(huán)病毒相關(guān)T細(xì)胞表位信息查詢
    6.3 本章小結(jié)
總結(jié)與展望
    總結(jié)
    展望
參考文獻(xiàn)
致謝
個人簡歷



本文編號：3760799