發(fā)布時(shí)間：2023-02-28 20:45

　　畜禽血糖-肌糖原-乳酸軸影響機(jī)體穩(wěn)態(tài)、生長性能和屠宰后肉品質(zhì)。血糖、肌糖原和乳酸都為典型低遺傳力數(shù)量性狀。肌糖原等性狀代謝的分子調(diào)控機(jī)理尚未系統(tǒng)揭示。本研究利用全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)和轉(zhuǎn)錄組表達(dá)譜鑒定調(diào)控血糖-肌糖原-乳酸軸代謝的候選功能基因,揭示肉雞血糖-肌糖原-乳酸軸的分子遺傳機(jī)理,以期為雞肌肉組織糖代謝相關(guān)性狀的遺傳改良和綜合營養(yǎng)調(diào)控策略提供理論基礎(chǔ)。本研究主要包括以下兩個(gè)試驗(yàn):以474只98日齡京星黃雞母雞為素材,測定血糖、胸肌組織肌糖原與乳酸含量;利用全基因組重測序技術(shù)篩選基因組SNPs和INDELs,用Linkage disequilibrium修正的Bonferroni方法校正P值并計(jì)算SNP(1.43E-6,1/699341)和INDEL(1.32E-6,1/755733)的潛在關(guān)聯(lián)P值閾值。GWAS關(guān)聯(lián)分析顯示,與血糖性狀達(dá)到潛在關(guān)聯(lián)水平的SNP位點(diǎn)6個(gè),基因注釋分別定位到UBE3D和ACAD9基因附近;與肌糖原達(dá)到潛在關(guān)聯(lián)水平的SNPs和INDELs分別為9個(gè)和3個(gè),基因注釋分別定位到CPNE4、FOSL2和NKD1等基因附近。血糖性狀潛在關(guān)聯(lián)的SNP(chr...

【文章頁數(shù)】：82 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 血糖-肌糖原-乳酸代謝軸代謝概述
        1.1.1 糖代謝對機(jī)體生命活動(dòng)的重要性
        1.1.2 血糖-肌糖原-乳酸軸代謝
    1.2 血糖、肌糖原代謝調(diào)控的研究進(jìn)展
    1.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析在功能基因定位研究中的作用
        1.3.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析在功能基因定位中的優(yōu)勢和挑戰(zhàn)
        1.3.2 GWAS分析在農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)動(dòng)物功能基因定位中的應(yīng)用進(jìn)展
    1.4 轉(zhuǎn)錄組測序與GWAS聯(lián)合分析在功能基因定位研究中的應(yīng)用
        1.4.1 轉(zhuǎn)錄組測序
        1.4.2 轉(zhuǎn)錄組與GWAS聯(lián)合分析
    1.5 研究目的和意義
    1.6 研究內(nèi)容和技術(shù)路線
        1.6.1 研究內(nèi)容
        1.6.2 技術(shù)路線
第二章 血糖、肌糖原、乳酸性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析
    2.1 引言
    2.2 試驗(yàn)材料與方法
        2.2.1 試驗(yàn)動(dòng)物
        2.2.2 儀器設(shè)備
        2.2.3 試劑及溶液配制
        2.2.4 樣品采集
        2.2.5 表型測定
        2.2.6 DNA樣品制備
        2.2.7 全基因組重測序數(shù)據(jù)
        2.2.8 熒光定量PCR
    2.3 GWAS數(shù)據(jù)分析
        2.3.1 表型數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析
        2.3.2 GWAS數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
        2.3.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析
        2.3.4 生物信息學(xué)分析與位置候選基因鑒別
    2.4 結(jié)果
        2.4.1 DNA檢測結(jié)果
        2.4.2 基因分型及質(zhì)量控制
        2.4.3 表型數(shù)據(jù)分析
        2.4.4 群體結(jié)構(gòu)和群體分層檢測
        2.4.5 血糖、肌糖原和乳酸性狀的GWAS分析
    2.5 討論
    2.6 小結(jié)
第三章 結(jié)合轉(zhuǎn)錄組表達(dá)譜鑒定肌糖原含量相關(guān)關(guān)鍵基因
    3.1 前言
    3.2 試驗(yàn)方法
        3.2.1 試驗(yàn)動(dòng)物和樣品
        3.2.2 主要儀器與試劑
        3.2.3 總RNA的提取
    3.3 轉(zhuǎn)錄組測序過程
        3.3.1 測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制
        3.3.2 比對到參考基因組
        3.3.3 表達(dá)水平統(tǒng)計(jì)
        3.3.4 差異基因表達(dá)水平聚類以及候選基因的功能分析
        3.3.5 WGCNA分析
    3.4 結(jié)果
        3.4.1 RNA的提取與質(zhì)檢
        3.4.2 測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量評估
        3.4.3 差異表達(dá)分析
        3.4.4 基因功能注釋
        3.4.5 胸肌組織中候選基因表達(dá)量與肌糖原含量相關(guān)性
        3.4.6 加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建以及模塊鑒定
        3.4.7 胸肌組織中鑒定到與肌糖原性狀相關(guān)的基因模塊
    3.5 討論
    3.6 小結(jié)
第四章 全文結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡歷



本文編號(hào)：3751804