我國地方家禽遺傳資源非常豐富，分別具有特色的優(yōu)良性狀，但繁殖性能普遍較低，成為制約其產(chǎn)業(yè)化開發(fā)的瓶頸之一。運(yùn)用傳統(tǒng)育種手段，經(jīng)過長期的持續(xù)選擇，家禽繁殖性狀的選育上已經(jīng)獲得重要的遺傳進(jìn)展，有些品種甚至已接近生理極限。隨著分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展，篩選與繁殖性狀緊密相關(guān)的分子標(biāo)記或功能基因，為這些性狀的選擇提供了新的、快捷的途徑。 本研究以山東地方雞種為研究對象，采用直接測序、PCR-RFLP、RT-PCR和第二代Solexa測序技術(shù)，從DNA水平、mRNA水平以及全基因轉(zhuǎn)錄組和miRNA水平對雞繁殖性狀的遺傳機(jī)制進(jìn)行深入研究。 一、VLDLR、BMPR-IB和BMP15基因的多態(tài)性與遺傳效應(yīng) 選擇山東3個地方雞種(濟(jì)寧百日雞、汶上蘆花雞、萊蕪黑雞)和海蘭褐蛋雞為實(shí)驗(yàn)動物，共計1536只，分別檢測VLDLR、BMPR-IB和BMP15基因的多態(tài)性，并分析與濟(jì)寧百日雞繁殖性狀的相關(guān)性。 VLDLR基因檢測到4個SNPs位點(diǎn)：分別是內(nèi)含子1內(nèi)的C2500T (V2500)、外顯子6內(nèi)G8467A (V8467)、內(nèi)含子15內(nèi)G12321A (V12321)和內(nèi)含子17內(nèi)A13876G(V13...

【文章頁數(shù)】：132 頁

【學(xué)位級別】：博士

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符號說明
中文摘要
summary
文獻(xiàn)綜述
    1 影響雞繁殖性狀的因素
        1.1 光照
        1.2 溫度
        1.3 飼料營養(yǎng)
        1.4 遺傳因素
    2 影響雞繁殖性狀的相關(guān)基因
        2.1 極低密度脂蛋白受體
        2.2 骨形態(tài)發(fā)生蛋白受體IB
        2.3 骨形態(tài)發(fā)生蛋白 15
    3 關(guān)于miRNA
        3.1 miRNA的發(fā)現(xiàn)
        3.2 miRNA的命名
        3.3 miRNA的特征
        3.4 miRNA的生物合成機(jī)制
        3.5 miRNA的作用機(jī)制及其功能
        3.6 miRNA在家禽中的相關(guān)研究
    4 本研究的目的和意義
第一章 VLDLR、BMPR-IB和BMP15 基因多態(tài)性與遺傳效應(yīng)分析
    前言
    1 試驗(yàn)材料
        1.1 實(shí)驗(yàn)群體
        1.2 主要儀器設(shè)備
        1.3 主要藥品和限制性內(nèi)切酶
        1.4 主要試劑及配制
        1.5 主要數(shù)據(jù)庫及分析軟件
    2 試驗(yàn)方法
        2.1 性狀測定記錄
        2.2 血液基因組DNA抽提
        2.3 DNA池構(gòu)建
        2.4 引物信息
        2.5 基因型分析
        2.6 DNA片段的克隆測序
        2.7 單倍型構(gòu)建及關(guān)聯(lián)分析
    3 結(jié)果與分析
        3.1 基因組DNA的提取
        3.2 VLDLR基因多態(tài)位點(diǎn)與繁殖性狀關(guān)聯(lián)分析
        3.3 BMPR-IB基因多態(tài)位點(diǎn)與繁殖性狀關(guān)聯(lián)分析
        3.4 BMP15 基因多態(tài)位點(diǎn)與繁殖性狀關(guān)聯(lián)分析
    4 討論
    5 結(jié)論
第二章 VLDLR、BMPR-IB和BMP15 基因的表達(dá)分析
    前言
    1 試驗(yàn)材料
        1.1 試驗(yàn)群體
        1.2 主要儀器設(shè)備
        1.3 主要試劑
    2 試驗(yàn)方法
        2.1 性狀測定記錄
        2.2 樣本總RNA抽提
        2.3 RNA質(zhì)量檢測
        2.4 反轉(zhuǎn)錄
        2.5 RealTimePCR
    3 結(jié)果與分析
        3.1 總RNA電泳圖
        3.2 熒光定量PCR擴(kuò)增的標(biāo)準(zhǔn)曲線及溶解曲線
        3.3 雞VLDLR基因表達(dá)規(guī)律
        3.4 雞BMP15 基因表達(dá)規(guī)律
        3.5 雞BMPR-IB基因表達(dá)規(guī)律
    4 討論
    5 結(jié)論
第三章 高、低產(chǎn)汶上蘆花雞卵巢組織的轉(zhuǎn)錄組分析
    前言
    1 試驗(yàn)材料
    2 試驗(yàn)方法
        2.1 卵巢組織總RNA制備提取
        2.2 高、低產(chǎn)雞卵巢組織轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)路線
        2.3 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析流程
    3 結(jié)果與分析
        3.1 RNA質(zhì)量檢測
        3.2 原始測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出量
        3.3 獲得基因的GO注釋及分類統(tǒng)計
        3.4 獲得基因的pathway注釋分析
        3.5 差異表達(dá)基因
        3.6 基因差異基因的GO注釋及分類統(tǒng)計
    4 討論
    5 結(jié)論
第四章 高、低產(chǎn)汶上蘆花雞卵巢差異表達(dá)miRNAs分析
    前言
    1 試驗(yàn)材料
    2 試驗(yàn)方法
        2.1 卵巢組織總RNA制備提取
        2.2 小RNA測序技術(shù)路線
        2.3 小RNA測序數(shù)據(jù)分析流程
    3 結(jié)果與分析
        3.1 RNA質(zhì)量檢測
        3.2 原始測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出量
        3.3 序列長度分布統(tǒng)計
        3.4 Clean reads的堿基偏好
        3.5 NcRNA的過濾去除
        3.6 高、低產(chǎn)卵巢組織中的miRNAs分析
        3.7 高、低產(chǎn)卵巢組織中的差異表達(dá)miRNAs分析
    4 討論
    5 結(jié)論
第五章 全文結(jié)論
    1 結(jié)論
    2 有待解決的問題
參考文獻(xiàn)
作者簡歷
導(dǎo)師簡介
致謝



本文編號：3745531