大熊貓繁殖能力極低,種群數(shù)量較少,雖然近年來大熊貓人工繁育技術(shù)已取得顯著成果,但總體還存在大熊貓屢配不孕等繁殖問題。陰道定植著數(shù)量巨大、不同種屬的微生物,其對機(jī)體健康具有重要的作用。細(xì)菌性或真菌性陰道病是一種陰道微生物群落紊亂性疾病,可能與眾多的不良后果如早產(chǎn)及感染性疾病等有關(guān),尤其疾病的發(fā)生發(fā)展與菌群組成和豐度有密不可分的聯(lián)系。大熊貓的繁殖障礙因素很多,本研究擬通過培養(yǎng)和非培養(yǎng)方法研究大熊貓陰道內(nèi)微生物,掌握其種群和豐度,為研究微生物在大熊貓繁殖障礙中的作用奠定基礎(chǔ)。采用454高通量測序及生物信息學(xué)分析方法研究21只大熊貓陰道微生物種類及其優(yōu)勢菌種,同時研究了大熊貓陰道內(nèi)可培養(yǎng)真菌種群及其部分高豐度真菌生物學(xué)特性。結(jié)果表明:(1)在21只大熊貓陰道樣本中共檢測到16 S rRNA優(yōu)化序列224 110條,共分為6 650個OTUs,23個門,618個屬,2 147個種,但其中有3個門,136個屬,184個種無法鑒定。在各個不同分類水平上確定了優(yōu)勢種類。優(yōu)勢的門分別是:厚壁菌門(54.44%)、變形菌門(39.13%)、擬桿菌門(5.70%)、放線菌門(4.07%)等;優(yōu)勢的屬分別是:...

【文章頁數(shù)】：202 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
前言
上篇 文獻(xiàn)綜述
    第一章 分子生態(tài)學(xué)技術(shù)在生殖道微生物群落結(jié)構(gòu)領(lǐng)域的研究進(jìn)展
        1 DNA指紋圖譜技術(shù)在生殖道微生物研究中的進(jìn)展
            1.1 T-RFLP技術(shù)在生殖道微生物研究中的進(jìn)展
            1.2 DGGE/TGGE在生殖道微生物中的進(jìn)展
            1.3 RAPD在生殖道微生物研究中的進(jìn)展
            1.4 AFLP在生殖道微生物中的進(jìn)展
            1.5 SSCP在生殖道微生物研究中的進(jìn)展
        2 核酸探針技術(shù)在生殖道微生物研究中的進(jìn)展
            2.1 熒光原位雜交技術(shù)在生殖道微生物研究中的進(jìn)展
            2.2 基因芯片技術(shù)在生殖道微生物研究中的進(jìn)展
        3 基于PCR的技術(shù)在生殖道微生物研究中的進(jìn)展
            3.1 實(shí)時熒光定量PCR技術(shù)在生殖道微生物研究中的進(jìn)展
    第二章 組學(xué)時代泌尿生殖道微生物研究進(jìn)展
        1 宏基因組學(xué)的產(chǎn)生背景
        2 宏基因組中的泌尿生殖道微生物研究進(jìn)展
            2.1 女性陰道微生物群落組成及多樣性分析
            2.2 女性尿液微生物群落組成及多樣性分析
            2.3 男性泌尿生殖道微生物群落組成及多樣性分析
            2.4 動物陰道微生物群落組成及多樣性分析
            2.5 宏基因組在檢測陰道微生物分型中的應(yīng)用
        3 宏轉(zhuǎn)錄組研究陰道微生物群落功能
    小結(jié)
    參考文獻(xiàn)
下篇 試驗研究
    第三章 454高通量測序研究大熊貓陰道細(xì)菌多樣性
        1 材料與方法
            1.1 材料
                1.1.1 主要儀器
                1.1.2 主要試劑
                1.1.3 大熊貓陰道樣本的來源
                1.1.4 大熊貓陰道樣本的采集
            1.2 方法
                1.2.1 基因組DNA抽提及鑒定
                1.2.2 454焦磷酸測序
                1.2.3 生物信息學(xué)分析
        2 結(jié)果
            2.1 樣品采集結(jié)果
            2.2 PCR預(yù)試驗電泳檢測
            2.3 標(biāo)準(zhǔn)曲線
            2.4 定量
            2.5 統(tǒng)計分析結(jié)果
                2.5.1 焦磷酸測序結(jié)果
                2.5.2 OTU聚類分析
                2.5.3 多樣性分析(Alpha-diversity)結(jié)果
                2.5.4 稀釋性曲線(Rarefaction cuve)分析結(jié)果
                2.5.5 Shannon-Wiener曲線分析結(jié)果
                2.5.6 分類學(xué)分析(Taxonomy)
                2.5.7 群落結(jié)構(gòu)分析(CommunityStructure)
                2.5.8 Heatmap
                2.5.9 PCA分析(Principal Component Analysis)結(jié)果
        3 討論
            3.1 生物信息學(xué)分析討論
            3.2 產(chǎn)乳酸的微生物分析
            3.3 產(chǎn)乳酸的微生物在生殖道中的作用
            3.4 微生物引起大熊貓繁殖困難的可能原因分析
            3.5 研究方法分析
        小結(jié)
        參考文獻(xiàn)
    第四章 454高通量測序研究大熊貓陰道真核生物多樣性
        1 材料與方法
            1.1 材料
                1.1.1 主要儀器
                1.1.2 材料
                1.1.3 大熊貓陰道樣本的來源
                1.1.4 大熊貓陰道樣本的采集
            1.2 方法
                1.2.1 基因組DNA抽提及鑒定
                1.2.2 454焦磷酸測序
                1.2.3 PCR正式試驗
                1.2.4 熒光定量
                1.2.5 生物信息學(xué)分析
        2 結(jié)果
            2.1 樣品采集結(jié)果
            2.2 PCR擴(kuò)增結(jié)果
                2.2.1 預(yù)試驗9個樣本DNA提取結(jié)果
                2.2.2 重復(fù)試驗12個樣本DNA提取結(jié)果
            2.3 標(biāo)準(zhǔn)曲線
            2.4 定量
            2.5 統(tǒng)計分析結(jié)果
                2.5.1 焦磷酸測序結(jié)果
                2.5.2 OTU聚類分析
                2.5.3 多樣性分析(Alpha-diversity)結(jié)果
                2.5.4 稀釋性曲線(Rarefaction curve)分析結(jié)果
                2.4.5 shannon-Wiener曲線分析結(jié)果
                2.5.6 分類學(xué)分析(Taxonomy)
                2.5.7 群落結(jié)構(gòu)分析(Community Structure)
                2.5.8 Heatmap
                2.5.9 PCA分析(Principal Component Analysis)結(jié)果
        3 討論
            3.1 生物信息分析結(jié)果
            3.2 在各個水平上的分類
                3.2.1 在門水平上的分類
                3.2.2 在屬水平上的分類
                3.2.3 在種水平上的分類
            3.3 大熊貓繁殖障礙相關(guān)微生物種群與致病性分析
        小結(jié)
        參考文獻(xiàn)
    第五章 大熊貓陰道真菌的分離與鑒定
        1 材料與方法
            1.1 材料
                1.1.1 主要儀器
                1.1.2 主要試劑
                1.1.3 主要培養(yǎng)基
                1.1.4 部分溶液的配制
                1.1.5 PCR引物
            1.2 方法
                1.2.1 采樣
                1.2.2 真菌的分離培養(yǎng)
                1.2.3 真菌的形態(tài)學(xué)鑒定
                1.2.4 真菌rDNA序列分析
                1.2.5 測序鑒定
        2 結(jié)果
            2.1 霉菌的形態(tài)學(xué)特征
            2.2 類酵母樣真菌的形態(tài)學(xué)特征
            2.3 酵母樣真菌的形態(tài)學(xué)特征
            2.4 電泳結(jié)果
            2.5 真菌鑒定結(jié)果
        3 討論
            3.1 大熊貓陰道可培養(yǎng)真菌種類組成分析
            3.2 真菌鑒定方法對研究結(jié)果的影響
            3.3 大熊貓陰道真菌種群及對繁殖的影響
            3.4 大熊貓陰道樣本中最常見真菌種群
        小結(jié)
        參考文獻(xiàn)
    第六章 大熊貓陰道鏈格孢菌的生物學(xué)特性研究
        1 材料與方法
            1.1 試驗菌株
            1.2 主要儀器
            1.3 培養(yǎng)基
            1.4 生態(tài)因子對鏈格孢菌菌落生長的影響
                1.4.1 不同培養(yǎng)基對鏈格孢菌生長的影響
                1.4.2 不同溫度對鏈格孢菌生長的影響
                1.4.3 不同pH對鏈格孢菌生長的影響
                1.4.4 不同碳源對鏈格孢菌生長的影響
                1.4.5 不同氮源對鏈格孢菌生長的影響
        2 結(jié)果與分析
            2.1 生態(tài)因子對鏈格孢菌菌落生長的影響
                2.1.1 不同培養(yǎng)基對鏈格孢菌生長的影響
                2.1.2 不同溫度對鏈格孢菌生長的影響
                2.1.3 不同pH對鏈格孢菌生長的影響
                2.1.4 不同碳源對鏈格孢菌生長的影響
                2.1.5 不同氮源對鏈格孢菌生長的影響
        3 討論
        小結(jié)
        參考文獻(xiàn)
    第七章 大熊貓陰道鏈狀假絲酵母菌的生物學(xué)特性
        1 材料與方法
            1.1 實(shí)驗菌種
            1.2 材料及器材
                1.2.1 試驗材料
                1.2.2 器材
                1.2.3 培養(yǎng)基
            1.3 試驗方法
                1.3.1 菌種活化
                1.3.2 菌落觀察
                1.3.3 菌體菌絲觀察
                1.3.4 生長曲線
                1.3.5 芽管試驗
                1.3.6 鏈狀假絲酵母菌的生化特性
        2 試驗結(jié)果
            2.1 菌落形態(tài)
                2.1.1 SDA培養(yǎng)基上的菌落形態(tài)
                2.1.2 玉米培養(yǎng)基上的菌落形態(tài)
            2.2 菌體
                2.2.1 菌體形態(tài)
                2.2.2 菌體大小
            2.3 菌絲
                2.3.1 假菌絲形態(tài)
                2.3.2 真菌絲形態(tài)
                2.3.3 鏈狀假絲酵母菌假菌絲與真菌絲的特點(diǎn)
            2.4 孢子
            2.5 生長
            2.5 芽管試驗
            2.6 鏈狀假絲酵母菌的生化特性
                2.6.1 碳源同化試驗
                2.6.2 糖酵解試驗
                2.6.3 尿素試驗
                2.6.4 耐放線菌酮試驗
                2.6.5 顯色試驗
        3 討論
            3.1 菌體形態(tài)大小差異
            3.2 假菌絲分枝點(diǎn)
            3.3 菌體菌絲關(guān)系
            3.4 生長過程
            3.5 生化試驗
        小結(jié)
        參考文獻(xiàn)
全文總結(jié)
創(chuàng)新之處
攻讀博士期間發(fā)表論文、成果、科研項目及參加學(xué)術(shù)會議
致謝



本文編號：3744260