三株傳染性喉氣管炎病毒全基因組序列測定及分析
發(fā)布時間:2022-10-06 17:56
雞傳染性喉氣管炎(ILT)是由雞傳染性喉氣管炎病毒(Infectious laryngotracheitis virus,ILTV)引起的雞的急性上呼吸道傳染病,感染雞的死亡和產(chǎn)蛋下降可造成嚴(yán)重的經(jīng)濟損失。ILT呈世界范圍內(nèi)流行,我國于上世紀(jì)50年代發(fā)現(xiàn)本病,現(xiàn)在許多省份流行,是危害養(yǎng)禽業(yè)的重要疫病之一。 近年來,關(guān)于ILTV的流行病學(xué)研究表明,ILTV疫苗株免疫雞群后會引起ILT的暴發(fā),這些研究都是基于ILTV的ICP4、TK及其部分糖蛋白基因。隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展,自2011年以來,國外已陸續(xù)發(fā)表18株ILTV病毒全基因組序列,而國內(nèi)ILTV毒株的遺傳背景模糊,尚未有ILTV全基因組序列的報道。 2009年,本實驗室于中國江蘇某養(yǎng)殖場分離出一株ILTV,命名為LJS09。為進一步了解我國ILTV毒株的分子遺傳特性及我國ILTV強毒株、流行毒株和疫苗株的分子差異,本研究選擇我國強毒株WG、流行毒株LJS09和疫苗株K317,并對其全基因組序列進行測定分析。 本實驗應(yīng)用91對引物對三株ILTV基因組進行了分段擴增及核酸序列的測定,并采用單引物擴增與常規(guī)PCR結(jié)合的...
【文章頁數(shù)】:65 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 引言
1.1 傳染性喉氣管炎概述
1.2 傳染性喉氣管炎病毒的生物學(xué)特性
1.2.1 病毒和毒株分類
1.2.2 病毒形態(tài)學(xué)
1.3 病毒復(fù)制
1.4 宿主范圍
1.5 流行病學(xué)
1.6 ILTV 的發(fā)病機理
1.7 ILTV 基因組學(xué)研究
1.8 ILTV 主要結(jié)構(gòu)蛋白的研究
1.9 研究目的和意義
第二章 三株傳染性喉氣管炎病毒基因組序列測定與分析
2.1 材料
2.1.1 毒株,菌種,質(zhì)粒,雞胚
2.1.2 試劑
2.1.3 實驗儀器
2.2 方法
2.2.1 病毒的分離與增殖
2.2.2 分離病毒的鑒定
2.2.3 引物設(shè)計
2.2.4 基因組的分段擴增
2.2.5 單引物擴增確定 TRS區(qū)與 UL區(qū)接頭
2.2.6 IRS和 TRS重復(fù)區(qū)的確定
2.2.7 PCR 產(chǎn)物鑒定及回收純化
2.2.8 PCR 產(chǎn)物連接與轉(zhuǎn)化
2.2.9 重組質(zhì)粒的提取、鑒定及序列測定
2.2.10 全基因組序列拼接、分析及比較
2.3 結(jié)果
2.3.1 分離病毒增殖
2.3.2 病毒基因組 DNA 鑒定
2.3.3 病毒電鏡觀察
2.3.4 間接免疫熒光檢測
2.3.5 TRS/UL區(qū)接頭的確定
2.3.6 重復(fù)區(qū)序列的確定
2.3.7 基因組序列分段擴增結(jié)果
2.3.8 三株 ILTV 基因組結(jié)構(gòu)組成
2.3.9 遺傳進化分析
2.3.10 開放閱讀框分析
2.3.11 單核苷酸多態(tài)性(SNP)分析
2.3.12 與細(xì)胞嗜性相關(guān)糖蛋白氨基酸突變分析
2.3.13 非編碼區(qū)分析
2.4 討論
第三章 全文結(jié)論
參考文獻
附錄
致謝
作者簡介
【參考文獻】:
期刊論文
[1]雞傳染性喉氣管炎研究進展[J]. 王云峰,石星明,王玫,童光志,楊桂花,孫鵬. 獸醫(yī)導(dǎo)刊. 2008(11)
[2]雞傳染性喉氣管炎病毒(ILTV)王崗株糖蛋白gB基因序列比較分析[J]. 張紹杰,孟松樹,仇華吉,王柳,倪鍵強,何召慶,王玫,童光志. 中國獸醫(yī)學(xué)報. 2000(06)
本文編號:3687117
【文章頁數(shù)】:65 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 引言
1.1 傳染性喉氣管炎概述
1.2 傳染性喉氣管炎病毒的生物學(xué)特性
1.2.1 病毒和毒株分類
1.2.2 病毒形態(tài)學(xué)
1.3 病毒復(fù)制
1.4 宿主范圍
1.5 流行病學(xué)
1.6 ILTV 的發(fā)病機理
1.7 ILTV 基因組學(xué)研究
1.8 ILTV 主要結(jié)構(gòu)蛋白的研究
1.9 研究目的和意義
第二章 三株傳染性喉氣管炎病毒基因組序列測定與分析
2.1 材料
2.1.1 毒株,菌種,質(zhì)粒,雞胚
2.1.2 試劑
2.1.3 實驗儀器
2.2 方法
2.2.1 病毒的分離與增殖
2.2.2 分離病毒的鑒定
2.2.3 引物設(shè)計
2.2.4 基因組的分段擴增
2.2.5 單引物擴增確定 TRS區(qū)與 UL區(qū)接頭
2.2.6 IRS和 TRS重復(fù)區(qū)的確定
2.2.7 PCR 產(chǎn)物鑒定及回收純化
2.2.8 PCR 產(chǎn)物連接與轉(zhuǎn)化
2.2.9 重組質(zhì)粒的提取、鑒定及序列測定
2.2.10 全基因組序列拼接、分析及比較
2.3 結(jié)果
2.3.1 分離病毒增殖
2.3.2 病毒基因組 DNA 鑒定
2.3.3 病毒電鏡觀察
2.3.4 間接免疫熒光檢測
2.3.5 TRS/UL區(qū)接頭的確定
2.3.6 重復(fù)區(qū)序列的確定
2.3.7 基因組序列分段擴增結(jié)果
2.3.8 三株 ILTV 基因組結(jié)構(gòu)組成
2.3.9 遺傳進化分析
2.3.10 開放閱讀框分析
2.3.11 單核苷酸多態(tài)性(SNP)分析
2.3.12 與細(xì)胞嗜性相關(guān)糖蛋白氨基酸突變分析
2.3.13 非編碼區(qū)分析
2.4 討論
第三章 全文結(jié)論
參考文獻
附錄
致謝
作者簡介
【參考文獻】:
期刊論文
[1]雞傳染性喉氣管炎研究進展[J]. 王云峰,石星明,王玫,童光志,楊桂花,孫鵬. 獸醫(yī)導(dǎo)刊. 2008(11)
[2]雞傳染性喉氣管炎病毒(ILTV)王崗株糖蛋白gB基因序列比較分析[J]. 張紹杰,孟松樹,仇華吉,王柳,倪鍵強,何召慶,王玫,童光志. 中國獸醫(yī)學(xué)報. 2000(06)
本文編號:3687117
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