【目的】通過分析淅川烏骨雞全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù),獲取淅川烏骨雞轉(zhuǎn)座子的基本信息和特征分布,探究轉(zhuǎn)座子相關(guān)基因參與的通路。不僅對(duì)研究淅川烏骨雞轉(zhuǎn)座子的生物學(xué)功能具有重要的意義,而且為探索基因組擴(kuò)增、基因組功能及進(jìn)化研究提供重要基礎(chǔ)數(shù)據(jù)�！痉椒ā繉�(duì)淅川烏骨雞血液DNA進(jìn)行全基因組重測(cè)序,采用雙末端短序列比對(duì)基因組,運(yùn)用RepeatModeler、TEclass、RepeatMasker等使用流程對(duì)轉(zhuǎn)座子進(jìn)行鑒定、構(gòu)建、校正、分類和注釋,獲得淅川烏骨雞整個(gè)基因組所有的轉(zhuǎn)座子,對(duì)轉(zhuǎn)座子的特征、分布及和基因的關(guān)系等方面進(jìn)行分析。并對(duì)轉(zhuǎn)座子插入的所有基因進(jìn)行GO和KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)富集,分別結(jié)合GO和KEGG注釋結(jié)果對(duì)功能進(jìn)行描述�！窘Y(jié)果】經(jīng)鑒定、分類和注釋,淅川烏骨雞共鑒定到370 252個(gè)轉(zhuǎn)座子序列,分為19個(gè)超家族,主要為CR1、TcMar-Mariner、ERVL、ERV1等超家族,進(jìn)一步說明淅川烏骨雞轉(zhuǎn)座子類型主要是逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子;轉(zhuǎn)座子的數(shù)目和染色體長(zhǎng)度有關(guān),染色體越長(zhǎng),轉(zhuǎn)座子數(shù)目越多。在基因組中轉(zhuǎn)座子和基因的密度成反比,基因密集的區(qū)域中轉(zhuǎn)座子密度較低;基因組內(nèi)轉(zhuǎn)座子的插入并非隨機(jī)的,LTR/... 

【文章頁(yè)數(shù)】：10 頁(yè)

【文章目錄】：
0 引言
1 材料與方法
    1.1 試驗(yàn)材料
    1.2 血液DNA提取
    1.3 DNA文庫(kù)構(gòu)建和全基因組重測(cè)序
    1.4 全基因組轉(zhuǎn)座子的鑒定和注釋
    1.5 轉(zhuǎn)座子家族區(qū)分
    1.6 轉(zhuǎn)座子與基因的關(guān)系
    1.7 轉(zhuǎn)座子相關(guān)基因GO功能注釋及KEGG Pathway分析
2 結(jié)果
    2.1 基因組中TEs的鑒定
    2.2 淅川烏骨雞轉(zhuǎn)座子的全基因組注釋
    2.3 轉(zhuǎn)座子與基因關(guān)系的分析
    2.4 轉(zhuǎn)座子插入基因組位置偏好性
    2.5轉(zhuǎn)座子相關(guān)基因GO功能注釋及分析
    2.6 轉(zhuǎn)座子相關(guān)基因功能Pathway分析
3 討論
    3.1 轉(zhuǎn)座子所占基因組比例
    3.2 轉(zhuǎn)座子和基因的關(guān)系
    3.3 Pathway富集分析
4 結(jié)論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]斑馬魚轉(zhuǎn)座子時(shí)空表達(dá)特性[J]. 高波,王偉,錢躍,陳才,鐘繼漢,沈丹,陳偉,宋成義.  生物信息學(xué). 2017(04)
[2]LINE-1編碼的逆轉(zhuǎn)錄酶在腫瘤形成過程中的作用[J]. 葉仲杰,劉啟鵬,岑山,李曉宇.  遺傳. 2017(05)
[3]逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子LINE-1與腫瘤的發(fā)生和發(fā)展[J]. 劉茜,王瑾暉,李曉宇,岑山.  遺傳. 2016(02)



本文編號(hào)：3684633