發(fā)布時(shí)間：2022-08-13 17:13

　　旨在從circRNA層面加深哺乳動(dòng)物對(duì)高原低氧環(huán)境適應(yīng)性的認(rèn)識(shí),探索西藏牛和三江牛大腦組織中差異表達(dá)的circRNA及相關(guān)調(diào)控網(wǎng)絡(luò),為研究circRNA在西藏牛低氧適應(yīng)性方面的分子調(diào)控機(jī)制奠定理論基礎(chǔ)。本研究分別采集3頭4.5歲健康、雌性西藏牛和三江牛的大腦組織作為試驗(yàn)樣本,構(gòu)建cDNA文庫(kù)進(jìn)行高通量測(cè)序,利用生物信息學(xué)方法對(duì)宿主基因進(jìn)行GO和KEGG分析,預(yù)測(cè)差異表達(dá)circRNA下游靶向基因,構(gòu)建circRNA-miRNA和circRNA-miRNA-mRNA可視化調(diào)控網(wǎng)絡(luò),輔以RNaseR酶抗性檢測(cè)和實(shí)時(shí)熒光定量PCR（qRT-PCR）驗(yàn)證測(cè)序數(shù)據(jù)的可靠性。結(jié)果,在西藏牛和三江牛的6個(gè)樣本中,共篩選獲得858個(gè)顯著差異的circRNAs,其中上調(diào)表達(dá)394個(gè),下調(diào)表達(dá)464個(gè)。其宿主基因共參與49個(gè)功能亞類,注釋到31條顯著富集的信號(hào)通路（P<0.05）,主要涉及MAPK信號(hào)通路、谷氨酸能突觸、Rap1信號(hào)通路、磷脂酶D信號(hào)通路及cGMP-PKG信號(hào)通路等生物學(xué)過程。靶基因預(yù)測(cè)結(jié)果顯示,350個(gè)上調(diào)和364個(gè)下調(diào)差異表達(dá)circRNAs分別靶向結(jié)合492和508個(gè)miRNA... 

【文章頁(yè)數(shù)】：15 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗(yàn)動(dòng)物和樣品制備
    1.2 西藏牛和三江牛大腦組織RNA提取及質(zhì)控
    1.3 西藏牛和三江牛大腦組織cDNA文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序
    1.4 西藏牛和三江牛大腦組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
    1.5 circRNA靶向miRNA的預(yù)測(cè)及互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
    1.6 circRNA的驗(yàn)證
2 結(jié) 果
    2.1 西藏牛和三江牛大腦組織中circRNA測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估
    2.2 西藏牛和三江牛大腦組織中差異表達(dá)circRNA的分析與驗(yàn)證
    2.3 差異表達(dá)circRNA宿主基因的GO和KEGG富集注釋
    2.4 miRNA的靶點(diǎn)預(yù)測(cè)及circRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)分析
    2.5 circRNA的RNaseR酶抗性驗(yàn)證
3 討 論
4 結(jié) 論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]西藏牛亞科部分群體線粒體DNA遺傳多樣性研究[J]. 黃興,柴志欣,信金偉,王會(huì),王吉坤,姬秋梅,鐘金城.  西南民族大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2019(02)
[2]感染大腸桿菌F17湖羊羔羊脾臟中差異circRNA分析[J]. 鄒雙霞,金澄艷,鮑建軍,王悅,陳煒昊,吳天弋,王利宏,呂曉陽(yáng),高雯,王步忠,朱國(guó)強(qiáng),戴國(guó)俊,師東方,孫偉.  中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(06)
[3]三江黃牛DKK1、DKK4和MyoG基因遺傳多態(tài)性分析[J]. 郭琳,柴志欣,鐘金城,何世明,吳錦波,蹇尚林,冉強(qiáng).  家畜生態(tài)學(xué)報(bào). 2018(06)
[4]環(huán)狀RNA及其在畜禽中的研究進(jìn)展[J]. 吳艷,潘愛鑾,杜金平,皮勁松,梁振華,申杰,張昊,蒲躍進(jìn),孫靜.  西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2018(03)
[5]環(huán)狀RNA研究進(jìn)展[J]. 張進(jìn)威,龍科任,王訊,李明洲,馬繼登.  畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2016(11)
[6]娟姍牛雜交改良西藏本地黃牛的效果調(diào)查[J]. 王莉,旦增洛桑,馬金英,黃豐立,奧斯曼,宋天增.  中國(guó)奶牛. 2015(02)
[7]缺氧對(duì)谷氨酸能和GABA能突觸傳遞的影響[J]. 李晶,杜永平,張?jiān)缕?  中國(guó)病理生理雜志. 2013(02)



本文編號(hào)：3677429