蛋白質(zhì)相互作用是細(xì)胞中最重要的功能元件之一。目前，科學(xué)家特別關(guān)注miRNA調(diào)控蛋白質(zhì)相互作用雙色網(wǎng)絡(luò)的研究。這不僅有助于理解miRNA在蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的微調(diào)作用，而且也可以為疫病診斷提供科學(xué)依據(jù)。高致病性豬繁殖與呼吸綜合征（HP-PRRS）和豬流感（SI）嚴(yán)重危害養(yǎng)豬業(yè)。在本研究中，我們預(yù)測出豬的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，并構(gòu)建出miRNA調(diào)控蛋白質(zhì)相互作用的雙色網(wǎng)絡(luò)，研究了高致病性豬繁殖與呼吸綜合征病毒（HP-PRRSV）和甲型H1N1亞型豬流感病毒（SIV）感染豬的系統(tǒng)生物學(xué)分子機(jī)制，為理解疾病的生物過程提供參考。論文的研究內(nèi)容如下：（1）本研究使用三種方法預(yù)測豬的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)：基于同源比對、domain-motif互作（D-MIST）和motif-motif互作（M-MIST）的方法，分別預(yù)測出20213、331484和218705對蛋白質(zhì)相互作用，并將它們合并為一個(gè)網(wǎng)絡(luò)，得到567441對互作。接著對網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)涮匦赃M(jìn)行分析，并用PFAM DOMAIN注釋和GO注釋對網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行驗(yàn)證。在PFAM DOMAIN驗(yàn)證中，分別有70、10495和863對互作與PFAM DOMAIN互... 

【文章頁數(shù)】：125 頁

【學(xué)位級別】：博士

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摘要
ABSTRACT
第一章 miRNA 調(diào)控蛋白質(zhì)相互作用“雙色網(wǎng)絡(luò)”及疫病系統(tǒng)生物學(xué)分子機(jī)制研究
    1.1 蛋白質(zhì)相互作用研究現(xiàn)狀
        1.1.1 蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測的相關(guān)研究
        1.1.2 蛋白質(zhì)相互作用對功能及關(guān)鍵蛋白的預(yù)測
        1.1.3 蛋白質(zhì)相互作用研究所面臨的挑戰(zhàn)
    1.2 miRNA 調(diào)控蛋白質(zhì)相互作用雙色網(wǎng)絡(luò)
        1.2.1 miRNA 的靶標(biāo)預(yù)測
        1.2.2 雙色網(wǎng)路
    1.3 HP‐PRRSV 與甲型 H1N1 豬流感病毒感染仔豬的系統(tǒng)生物學(xué)研究
    1.4 論文的研究內(nèi)容
    1.5 本研究的目的和意義
第二章 豬蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的預(yù)測及特征
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 數(shù)據(jù)來源
        2.1.2 設(shè)備和軟件
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 基于同源比對方法預(yù)測豬的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)
        2.2.2 基于 D-MIST 方法預(yù)測豬的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)
        2.2.3 基于 M-MIST 方法預(yù)測豬的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)
    2.3 驗(yàn)證方法
        2.3.1 Pfam 數(shù)據(jù)庫方法
        2.3.2 GO 注釋方法
    2.4 準(zhǔn)確性和精確性
    2.5 結(jié)果與分析
        2.5.1 同源比對方法預(yù)測的結(jié)果
        2.5.2 D-MIST 方法預(yù)測的結(jié)果
        2.5.3 M-MIST 方法預(yù)測的結(jié)果
        2.5.4 合并的結(jié)果
        2.5.5 分析
    2.6 豬蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的應(yīng)用
        2.6.1 差異蛋白質(zhì)在豬蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)路中的應(yīng)用
        2.6.2 差異磷酸化蛋白質(zhì)在豬蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用
    2.7 討論
    2.8 本章小結(jié)
第三章 豬的 miRNA 調(diào)控蛋白質(zhì)相互作用雙色網(wǎng)絡(luò)的研究
    3.1 實(shí)驗(yàn)材料
    3.2 實(shí)驗(yàn)方法
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 miRNA 調(diào)控蛋白互作雙色網(wǎng)絡(luò)通路分析
        3.3.2 miRNA 靶標(biāo)的疾病蛋白 GO 功能富集分析
        3.3.3 miRNA 調(diào)控疾病蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)
        3.3.4 miRNA 調(diào)控疾病蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)的聚類
    3.4 miRNA 調(diào)控蛋白質(zhì)相互作用雙色網(wǎng)絡(luò)的應(yīng)用
    3.5 討論
    3.6 本章小結(jié)
第四章 HP‐PRRSV 感染豬發(fā)病過程蛋白質(zhì)與磷酸化蛋白質(zhì)演化網(wǎng)絡(luò)的系統(tǒng)生物學(xué)分析64
    4.1 實(shí)驗(yàn)材料
    4.2 實(shí)驗(yàn)方法
        4.2.1 差異蛋白
        4.2.2 差異磷酸化蛋白
    4.3 結(jié)果
        4.3.1 差異蛋白
        4.3.2 差異磷酸化蛋白
    4.4 討論
    4.5 本章小結(jié)
第五章 HP‐PRRSV 感染豬發(fā)病過程 miRNA 調(diào)控蛋白質(zhì)分子演化網(wǎng)絡(luò)的系統(tǒng)生物學(xué)分析74
    5.1 實(shí)驗(yàn)材料
    5.2 實(shí)驗(yàn)方法
    5.3 結(jié)果
    5.4 討論
    5.5 本章小結(jié)
第六章 HP‐PRRSV 感染豬 PAM 病變過程 miRNA 調(diào)控磷酸化蛋白網(wǎng)絡(luò)的系統(tǒng)生物學(xué)分析82
    6.1 實(shí)驗(yàn)材料
    6.2 實(shí)驗(yàn)方法
    6.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
    6.4 討論
    6.5 本章小結(jié)
第七章 豬流感病毒（SIV）感染 PAM 差異 miRNA 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的系統(tǒng)生物學(xué)分析
    7.1 實(shí)驗(yàn)材料
    7.2 實(shí)驗(yàn)方法
        7.2.1 差異 miRNA 介導(dǎo)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        7.2.2 差異 miRNA 介導(dǎo)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的比較
    7.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        7.3.1 差異 miRNA 介導(dǎo)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        7.3.2 差異 miRNA 介導(dǎo)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的比較
    7.4 討論
    7.5 本章小結(jié)
第八章 總結(jié)與展望
    8.1 創(chuàng)新點(diǎn)
    8.2 展望
參考文獻(xiàn)
附錄
    附錄 1 蛋白質(zhì)度的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
主要縮略詞和中英文對照表
致謝
作者簡歷



本文編號：3671240