發(fā)布時(shí)間：2022-07-27 19:29

　　牦牛是我國(guó)青藏高原及其毗鄰高山、亞高山等高寒地區(qū)特有的珍稀牛種,也是世界上生存于高海拔環(huán)境中的稀有家畜。牦牛經(jīng)過長(zhǎng)時(shí)間的自然選擇,對(duì)高海拔地區(qū)高寒缺氧的惡劣環(huán)境有著極強(qiáng)的適應(yīng)能力,使其成為研究極端環(huán)境適應(yīng)性的極佳模式物種。然而由于長(zhǎng)期過度的選育和純繁,導(dǎo)致現(xiàn)有家養(yǎng)牦牛品質(zhì)退化嚴(yán)重,極大地影響了青藏高原及其周邊地區(qū)農(nóng)牧業(yè)生產(chǎn)的穩(wěn)定性。而家養(yǎng)牦牛的野生祖先——野牦牛至今仍然存活,并且具有更為優(yōu)良的生產(chǎn)性狀,如:體型較大,抗病能力強(qiáng)等,使得引入野牦牛的遺傳資源進(jìn)而改良家養(yǎng)牦牛成為可能。我們課題組已經(jīng)發(fā)表了家牦牛全基因組序列圖譜以及13頭野牦牛的基因組重測(cè)序數(shù)據(jù),但野牦牛的全基因組序列圖譜仍然沒有破譯,妨礙了在牦牛育種研究中的應(yīng)用�；诘诙咄繙y(cè)序技術(shù),對(duì)野牦牛進(jìn)行了全基因組序列圖譜的繪制工作。共產(chǎn)生了761Gb的原始數(shù)據(jù),測(cè)序深度為220×,組裝產(chǎn)生的野牦�；蚪M序列Contig N50長(zhǎng)度為63.2kb,Scaffold N50長(zhǎng)度為16.3Mb,總堿基數(shù)為2.83Gb。利用BUSCO軟件對(duì)組裝進(jìn)行評(píng)估,結(jié)果表明96.8%的哺乳動(dòng)物高度保守的基因部分或完整地存在于野牦�；蚪M組裝中,說... 

【文章頁(yè)數(shù)】：55 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
第一章 研究背景
    1.1 基因組學(xué)概述
        1.1.1 基因組學(xué)的理論基礎(chǔ)
        1.1.2 測(cè)序技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用
        1.1.3 基于第二代測(cè)序技術(shù)的組裝
        1.1.4 泛基因組研究進(jìn)展
    1.2 牦牛
        1.2.1 牦牛的起源、分類和分布
        1.2.2 牦牛組學(xué)研究進(jìn)展
    1.3 研究意義與科學(xué)問題
第二章 材料與方法
    2.1 基因組測(cè)序
        2.1.1 樣品采集與基因組DNA的提取
        2.1.2 DNA文庫(kù)的構(gòu)建及基因組測(cè)序
    2.2 基因組組裝
        2.2.1 測(cè)序數(shù)據(jù)過濾
        2.2.2 基因組大小評(píng)估
        2.2.3 基因組組裝
    2.3 基因組注釋
        2.3.1 重復(fù)序列注釋
        2.3.2 基因注釋
        2.3.3 基因功能注釋
    2.4 泛基因組
        2.4.1 泛基因組的構(gòu)建
        2.4.2 基因存在/缺失變異的鑒定
        2.4.3 可變基因的功能富集分析
第三章 研究結(jié)果
    3.1 基因組測(cè)序及組裝
        3.1.1 測(cè)序數(shù)據(jù)描述
        3.1.2 基因組組裝
    3.2 基因組注釋
        3.2.1 重復(fù)序列注釋
        3.2.2 基因結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
        3.2.3 基因功能注釋
    3.3 泛基因組
        3.3.1 泛基因組的構(gòu)建
        3.3.2 核心和可變基因比較分析
第四章 討論與展望
    4.1 野牦�；蚪M
    4.2 牦牛泛基因組
    4.3 展望
參考文獻(xiàn)
在學(xué)期間的研究成果
致謝



本文編號(hào)：3666041