廣西類禽型H1N1豬流感病毒分離鑒定和基因序列的測定分析
發(fā)布時間:2022-07-07 14:26
本研究從廣西采集的365份豬棉拭子樣品接種雞胚,收集尿囊液,分離了3株具有血凝活性的流感病毒。用RT-PCR對分離的3株病毒的NA部分基因進行測序分析,鑒定出分離的3株流感病毒均是類禽H1N1豬流感病毒,分別命名G14、G21和G30。通過對G14、G21、G30三株流感病毒的HA基因的進化樹分析發(fā)現(xiàn)3株病毒和A/swine Zhejiang/1/2007的親緣性最近。通過對三株病毒的各基因的關鍵點分析發(fā)現(xiàn):G14、G21、G30三株病毒的氨基酸受體相同,分別是148-152(GVTAA)、167(W)、197(H)、204(D)、208(L)、209(Y)。G14、G21、G30三株流感病毒氨基酸受體和親緣性最近的A/swine/Hungary/19774/2006和A/swine/Zhejiang/1/2007的氨基酸受體結合位點一致并沒有發(fā)生變化。G14、G21、G30三株病毒HA1蛋白的氨基酸裂解位點也較為保守,裂解位點為PSIQYR↓GLFGAI,此變異沒有堿性氨基酸的存在,不符合高致病性流感毒株的分子特征,且裂解位點周圍氨基酸序列非常保守,并且三株毒株均一致。通過對三株分離...
【文章頁數(shù)】:82 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
第一章 綜述
1.1 流感病毒的概述
1.1.1 流感病毒的發(fā)展和分布
1.1.2 流感病毒的結構
1.1.3 流感病毒的分類和化學組成
1.1.4 流感病毒的培養(yǎng)
1.1.5 流感病毒理化因子的特性
1.1.6 流感病毒的分子生物學功能和特性
1.1.7 基因組結構
1.1.8 流感病毒的遺傳變異
1.2 豬流感的診斷技術
1.2.1 臨床診斷
1.2.2 實驗室診斷技術
1.2.3 分子生物學檢測技術
1.3 豬流感H1N1(古典H1N1/類禽H1N1/類人H1N1)流行病概述
1.4 本研究的意義和目的
第二章 材料和方法
2.1 材料
2.1.1 病料和血清來源
2.1.2 標準血清和抗原
2.1.3 SPF雞胚
2.1.4 實驗儀器和試劑
2.1.5 引物設計與合成
2.1.6 用于對比的參考毒株
2.2 實驗方法
2.2.1 實驗技術路線
2.2.2 H1N1亞型流感病毒的檢測
2.2.3 質粒的提取
2.2.4 酶切和PCR鑒定
第三章 結果和分析
3.1 病毒的分離與RT-PCR的檢測結果
3.2 病毒的全基因擴增和克隆
3.2.1 HA基因的擴增圖
3.2.2 NA基因的擴增圖
3.2.3 M基因的擴增圖
3.2.4 NS基因的擴增圖
3.2.5 NP基因的擴增圖
3.2.6 PB2基因的擴增圖
3.2.7 PB1基因的擴增圖
3.2.8 PA基因的擴增圖
3.3 豬流感病毒G14、G21、G30基因的遺傳分析
3.3.1 G14、G21、G30三株病毒HA基因的分析
3.3.2 G14、G21、G30三株病毒NA基因的分析
3.3.3 G14、G21、G30三株病毒NP基因的分析
3.3.4 G14、G21、G30三株病毒M基因的分析
3.3.5 G14、G21、G30三株病毒NS基因的分析
3.3.6 G14、G21、G30三株病毒PA基因的分析
3.3.7 G14、G21、G30三株病毒PB1基因的分析
3.3.8 G14、G21、G30三株病毒PB2基因的分析
第四章 討論
4.1 豬流感H1N1的流行病學調查
4.2 HA基因的遺傳變異分析
4.3 NA基因的遺傳變異分析
4.4 PB1、PB2、NS和M基因的遺傳變異分析
4.5 PA蛋白的遺傳變異分析
4.6 NP蛋白的遺傳變異分析
第五章 結論
參考文獻
致謝
本文編號:3656584
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【學位級別】:碩士
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摘要
ABSTRACT
第一章 綜述
1.1 流感病毒的概述
1.1.1 流感病毒的發(fā)展和分布
1.1.2 流感病毒的結構
1.1.3 流感病毒的分類和化學組成
1.1.4 流感病毒的培養(yǎng)
1.1.5 流感病毒理化因子的特性
1.1.6 流感病毒的分子生物學功能和特性
1.1.7 基因組結構
1.1.8 流感病毒的遺傳變異
1.2 豬流感的診斷技術
1.2.1 臨床診斷
1.2.2 實驗室診斷技術
1.2.3 分子生物學檢測技術
1.3 豬流感H1N1(古典H1N1/類禽H1N1/類人H1N1)流行病概述
1.4 本研究的意義和目的
第二章 材料和方法
2.1 材料
2.1.1 病料和血清來源
2.1.2 標準血清和抗原
2.1.3 SPF雞胚
2.1.4 實驗儀器和試劑
2.1.5 引物設計與合成
2.1.6 用于對比的參考毒株
2.2 實驗方法
2.2.1 實驗技術路線
2.2.2 H1N1亞型流感病毒的檢測
2.2.3 質粒的提取
2.2.4 酶切和PCR鑒定
第三章 結果和分析
3.1 病毒的分離與RT-PCR的檢測結果
3.2 病毒的全基因擴增和克隆
3.2.1 HA基因的擴增圖
3.2.2 NA基因的擴增圖
3.2.3 M基因的擴增圖
3.2.4 NS基因的擴增圖
3.2.5 NP基因的擴增圖
3.2.6 PB2基因的擴增圖
3.2.7 PB1基因的擴增圖
3.2.8 PA基因的擴增圖
3.3 豬流感病毒G14、G21、G30基因的遺傳分析
3.3.1 G14、G21、G30三株病毒HA基因的分析
3.3.2 G14、G21、G30三株病毒NA基因的分析
3.3.3 G14、G21、G30三株病毒NP基因的分析
3.3.4 G14、G21、G30三株病毒M基因的分析
3.3.5 G14、G21、G30三株病毒NS基因的分析
3.3.6 G14、G21、G30三株病毒PA基因的分析
3.3.7 G14、G21、G30三株病毒PB1基因的分析
3.3.8 G14、G21、G30三株病毒PB2基因的分析
第四章 討論
4.1 豬流感H1N1的流行病學調查
4.2 HA基因的遺傳變異分析
4.3 NA基因的遺傳變異分析
4.4 PB1、PB2、NS和M基因的遺傳變異分析
4.5 PA蛋白的遺傳變異分析
4.6 NP蛋白的遺傳變異分析
第五章 結論
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本文編號:3656584
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