基因組數(shù)據(jù)在畜禽遺傳育種中的應(yīng)用越來越廣泛,基因型填充作為基因組數(shù)據(jù)處理的重要工具,填充結(jié)果的好壞直接影響后續(xù)分析,為了得到好的填充結(jié)果,需要制定完善的填充策略。本研究通過模擬數(shù)據(jù)探討參考群體大小、目標(biāo)群體與參考群體間遺傳關(guān)系（距離）遠(yuǎn)近、目標(biāo)位點(diǎn)數(shù)目（比例）、最小等位基因頻率以及填充算法等因素對基因型填充效果的影響。結(jié)果表明,目標(biāo)位點(diǎn)數(shù)目與填充效果呈顯著的正相關(guān)（P<0.05）,是影響基因型填充準(zhǔn)確性的主要因素;參考群體大小是影響B(tài)eagle5.1填充錯誤率的主要因素,目標(biāo)位點(diǎn)數(shù)目是影響Minimac4填充錯誤率的主要因素;目標(biāo)群體和參考群體的遺傳距離對Beagle5.1填充效果的影響較Minimac4更為顯著;一般情況下,最小等位基因頻率越高的位點(diǎn)填充錯誤率越高;在參考群體個體數(shù)量少且目標(biāo)位點(diǎn)數(shù)目多的情況下,Minimac4的填充速度優(yōu)于Beagle5.1,但隨參考群體個體數(shù)目增加有逆趨勢。在保證填充質(zhì)量的前提下,Beagle5.1對本研究中幾種因素的標(biāo)準(zhǔn)要求相對較低。相對地,當(dāng)目標(biāo)群體位點(diǎn)數(shù)目較低,參考群體個體數(shù)目較多時,Beagle5.1的填充效果更好,而Minimac4... 

【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2020,51(09)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：11 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 數(shù)據(jù)模擬
    1.2 因素設(shè)置
    1.3 填充軟件
    1.4 填充效果評估
2 結(jié) 果
    2.1 各因素對基因型填充準(zhǔn)確性的影響
    2.2 各因素對基因型填充錯誤率的影響
    2.3 不同水平兩種軟件填充耗時比較
3 討 論
4 結(jié) 論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Imputation from SNP chip to sequence: a case study in a Chinese indigenous chicken population[J]. Shaopan Ye,Xiaolong Yuan,Xiran Lin,Ning Gao,Yuanyu Luo,Zanmou Chen,Jiaqi Li,Xiquan Zhang,Zhe Zhang.  Journal of Animal Science and Biotechnology. 2018(02)
[2]基因型填充方法介紹及比較[J]. 何桑,丁向東,張勤.  中國畜牧雜志. 2013(23)



本文編號：3635239