禽多重耐藥大腸桿菌病給養(yǎng)禽業(yè)造成較大損失,清熱中藥赤芍具有廣譜抗菌作用,并且能與抗生素聯合（相加或協同）抑制耐藥大腸桿菌已被研究所證實。本試驗從多重耐藥外排泵的角度探究赤芍主要成分芍藥苷的抗菌增敏機制,從轉錄組和IBT定量蛋白組聯合分析探討赤芍對禽源多重耐藥大腸桿菌的耐藥消除機制。本試驗通過微量棋盤稀釋法檢測赤芍水提物及其主要成分芍藥苷與抗生素聯合應用對臨床分離的禽多重耐藥大腸桿菌E320和質控菌株大腸桿菌ATCC35218的抑制作用進行研究,試驗結果證實赤芍水提物和芍藥苷與磷霉素鈉聯合用藥均具有協同抑制多重耐藥大腸桿菌E320的作用（FICI≤0.5）,赤芍水提物聯合頭孢曲松鈉對E320呈現相加作用（0.5<FICI≤1）,且赤芍水提物聯合磷霉素鈉能夠協同抑制大腸桿菌ATCC35218（磷霉素鈉敏感菌株）;利用YASARA軟件,以大腸桿菌多重耐藥Acr AB-TolC系統中的外排泵轉運子AcrB為靶標,將其與芍藥苷進行分子對接模擬,分子對接結果顯示芍藥苷與AcrB蛋白受體的結合能達到8.333 kJ/mol,作用主要位點是AcrB蛋白受體上Phe628、Phe615、Val61... 

【文章來源】：河北農業(yè)大學河北省

【文章頁數】：92 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
1 引言
    1.1 國內外研究現狀
        1.1.1 大腸桿菌耐藥機制
        1.1.2 中草藥治療耐藥大腸桿菌情況
        1.1.3 赤芍水提物和芍藥苷應用現狀
    1.2 研究目的和意義
2 材料與方法
    2.1 材料
        2.1.1 主要試劑、藥品及菌株
        2.1.2 主要設備儀器
        2.1.3 生物信息軟件
    2.2 方法
        2.2.1 藥物處理
        2.2.2 最小抑菌濃度(MIC)測定
        2.2.3 聯合抑菌試驗
        2.2.4 赤芍主要單體與AcrB分子對接
        2.2.5 芍藥苷對尼羅紅外排抑制試驗
        2.2.6 AcrB及正負調控基因引物設計
        2.2.7 qPCR檢測芍藥苷和磷霉素鈉對AcrB表達量的影響
        2.2.8 赤芍水提物作用大腸桿菌E320 篩選出耐藥消除菌株
        2.2.9 轉錄組測序
        2.2.10 qPCR驗證轉錄組結果
        2.2.11 IBT定量蛋白質組學
        2.2.12 轉錄組與蛋白組聯合分析
3 結果
    3.1 藥物對大腸桿菌的MIC
    3.2 藥物聯合抑菌試驗
        3.2.1 赤芍水提物、芍藥苷聯合磷霉素鈉對大腸桿菌ATCC35218 的抑菌作用
        3.2.2 赤芍水提物、芍藥苷聯合磷霉素鈉對大腸桿菌E320 的抑菌作用
    3.3 赤芍單體與AcrB分子對接
    3.4 芍藥苷對尼羅紅外排抑制作用
    3.5 qPCR檢測AcrB及 AcrB正負調控基因的表達量
    3.6 赤芍水提物篩選耐藥消除菌株
    3.7 轉錄組結果
        3.7.1 測序數據過濾結果
        3.7.2 參考基因組比對結果
        3.7.3 新轉錄本(novel transcript)預測結果
        3.7.4 與參考基因集(reference gene set)比對、評估及定量分析結果
        3.7.5 Gene表達水平分析
        3.7.6 差異表達基因分析結果
        3.7.7 ncRNA表達水平分析
    3.8 qPCR驗證轉錄組結果
    3.9 IBT定量蛋白組結果
        3.9.1 蛋白質鑒定結果
        3.9.2 蛋白質IBT定量
        3.9.3 Protein定量重復性分析
        3.9.4 Protein的 GO注釋分析
        3.9.5 Protein的 COG注釋分析
        3.9.6 Protein的 Pathway注釋分析
        3.9.7 赤芍水提物差異蛋白的GO富集分析
        3.9.8 差異蛋白passway富集分析
        3.9.9 差異蛋白COG注釋分析
        3.9.10 差異表達蛋白亞細胞定位
    3.10 轉錄組和蛋白組相關性分析
        3.10.1 蛋白組和轉錄組關聯分析參數
        3.10.2 表達關聯分析
        3.10.3 蛋白質組與轉錄組聚類分析
4 討論
    4.1 芍藥苷對耐藥大腸桿菌的抗菌增敏活性分析
        4.1.1 芍藥苷與AcrB分子對接分析
        4.1.2 尼羅紅外排試驗分析
        4.1.3 外排泵相關基因表達量分析
    4.2 赤芍水提物對耐藥大腸桿菌的耐藥消除機制分析
        4.2.1 抗性增敏基因分析
        4.2.2 下調蛋白增敏機制分析
5 結論
參考文獻
在讀期間發(fā)表的學術論文
作者簡介
致謝
附錄


【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3634488