發(fā)布時(shí)間：2022-02-08 23:22

　　重復(fù)序列是真核生物基因組中的重要組成部分,并以多拷貝形式而出現(xiàn)的核酸序列,對(duì)基因遺傳變異、轉(zhuǎn)錄調(diào)控和物種進(jìn)化等方面具有重要的意義。重復(fù)序列的結(jié)構(gòu)特征和進(jìn)化關(guān)系在模式動(dòng)物、人類、植物等物種中都有報(bào)道,但在牛亞科物種中研究較少。本研究旨在揭示牛亞科物種重復(fù)序列特征,研究轉(zhuǎn)座子和串聯(lián)重復(fù)序列的進(jìn)化關(guān)系,為牛亞科物種重復(fù)序列的研究提供理論支撐。本文以普通牛、瘤牛、牦牛、水牛、野牛、大額牛六個(gè)牛亞科物種為研究對(duì)象,采用比較基因組學(xué)對(duì)它們的基因組序列進(jìn)行分析,研究了串聯(lián)重復(fù)序列和轉(zhuǎn)座子在六個(gè)牛亞科物種中的結(jié)構(gòu)特征和分布,以及兩者之間在基因組中的進(jìn)化關(guān)系等,結(jié)果如下:1.通過鑒定六個(gè)牛亞科基因組中重復(fù)序列,得到重復(fù)序列在普通牛中的含量最高,為49.13%,其次為水牛46.82%、大額牛46.66%、瘤牛42.70%、野牛42.36%、牦牛42.34%。其中轉(zhuǎn)座子在基因組中的含量在40.57%-45.71%之間,高于串聯(lián)重復(fù)序列的含量（1.50%-3.42%）。2.在串聯(lián)重復(fù)序列分析上,采用TRF和RepeatMasker軟件鑒別了六個(gè)牛亞科基因組中的串聯(lián)重復(fù)序列,其在基因組中所占比例由高到低分別為:... 

【文章來源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：62 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖2-1串聯(lián)重復(fù)序列平均每個(gè)位點(diǎn)的序列長(zhǎng)度Fig.2-1Thesequencelengthofeachlocusintandemrepeats

中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第二章牛亞科串聯(lián)重復(fù)序列的分布和特征122.3.2微衛(wèi)星的分布和特征基因組中微衛(wèi)星重復(fù)單元較短（1-6bp之間），以串聯(lián)的形式排列在基因組中，其序列總長(zhǎng)度在18.03Mb-23.05Mb之間，所占比例為0.67%-0.85%，其總數(shù)量在50萬左右（表2-2），遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于小衛(wèi)星和衛(wèi)星序列。牛亞科中的微衛(wèi)星數(shù)量在不同物種間略有差異，水牛中的數(shù)量最高，為508,830個(gè)，其次是普通牛（490,638個(gè)），牦牛的微衛(wèi)星數(shù)量最少，為474,360個(gè)（表2-2）。在一至六堿基微衛(wèi)星中，我們對(duì)其豐度和平均長(zhǎng)度進(jìn)行了分析，如圖2-2所示。牛亞科中以二堿基微衛(wèi)星序列的豐度最高，在基因組中分布最為廣泛，這與其他真核生物中的結(jié)果一致高(ADAMSetal.,2016)，其中牦牛豐度最高，為70.93Loci/Mbp，三、五、六堿基微衛(wèi)星則相應(yīng)較低。但是平均位點(diǎn)長(zhǎng)度以普通牛六堿基最高。圖2-2微衛(wèi)星豐度（a）和每個(gè)位點(diǎn)的平均長(zhǎng)度（b）Fig.2-2Theabundanceandtheaveragelengthofeachlociofmicrosatellites注：loci/Mbp表示平均每Mbp序列所對(duì)應(yīng)的重復(fù)序列位點(diǎn)數(shù)，bp/locus表示平均每個(gè)位點(diǎn)的序列長(zhǎng)度，圖中紅色越深表示相應(yīng)的值越高，藍(lán)色越深表示相應(yīng)的值越低。

中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文 第二章 牛亞科串聯(lián)重復(fù)序列的分布和特征 在單堿基微衛(wèi)星中，A/T的含量高于G/C的含量。在二堿基微衛(wèi)星中，牛亞科基因組中豐度最高的是AC（31.51-38.16Loci/Mbp）重復(fù)拷貝類別，與人及其它哺乳動(dòng)物相同，而植物中是以AT最豐富(WANG et al., 1994)。然后依次是AT、AC、CG，但是AT（52.79-56.53bp/Locus）拷貝類別每個(gè)位點(diǎn)的平均長(zhǎng)度高于其他三種，尤以普通牛最高。無論是豐度還是位點(diǎn)平均長(zhǎng)度，拷貝類別AT均高于CG,表明在二堿基微衛(wèi)星中，CG拷貝類別不是占據(jù)主導(dǎo)地位，可能與CG堿基之間由三個(gè)氫鍵連接，而AT之間由兩個(gè)氫鍵相連有關(guān)，有利于降低微衛(wèi)星的復(fù)雜度。

【參考文獻(xiàn)】：
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