牛體內(nèi)、外囊胚全轉(zhuǎn)錄組測序及分析
發(fā)布時(shí)間:2022-02-08 13:03
體外胚胎生產(chǎn)技術(shù)以一種高效簡單的輔助生殖技術(shù)獲得廣泛應(yīng)用。體外受精技術(shù)是體外胚胎生產(chǎn)技術(shù)的重要組成部分。對動物養(yǎng)殖中的優(yōu)良畜種的培育有重要的實(shí)踐意義。同樣玻璃化冷凍技術(shù)相比于其他冷凍保存方法具有花費(fèi)較短的時(shí)間、簡單易操作、產(chǎn)生較高的效率等優(yōu)點(diǎn),從而成為備受關(guān)注的技術(shù)。但體外生產(chǎn)胚胎與體內(nèi)生產(chǎn)胚胎相比在卵裂率,妊娠率,產(chǎn)犢率等方面仍存在不足,這些可能與轉(zhuǎn)錄組異常相關(guān)(包括mRNA、lncRNA、circRNA)。本研究采用單細(xì)胞全轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)對牛體內(nèi)生產(chǎn)的囊胚、新鮮牛卵母細(xì)胞體外培養(yǎng)受精的囊胚、玻璃化冷凍牛卵母細(xì)胞體外培養(yǎng)受精的囊胚進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組分析(包括mRNA、lncRNA、circRNA),同時(shí)由獲得的數(shù)據(jù)進(jìn)行差異表達(dá)mRNA,lncRNA,circRNA的生物信息學(xué)分析并進(jìn)行初步探索,本試驗(yàn)主要研究結(jié)果如下:1、對牛體內(nèi)、外囊胚進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測序?qū)ζ鋗RNA模式進(jìn)行探討及生物學(xué)信息分析,與In vivo組和IVF組中差異表達(dá)基因有78個(gè),其中60個(gè)上調(diào),18個(gè)下調(diào);In vivo組和VIVF組中差異表達(dá)基因表達(dá)362,其中305個(gè)上調(diào),57個(gè)下調(diào);IVF組和V...
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁數(shù)】:74 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
Invivo、IVF、V-IVF組與組之間共有的差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)Fig.2-1NumberofdifferentiallyexpressedgenessharedbetweengroupsofInvivo、IVFV-IVFgroupDMRcluster
中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第二章牛體內(nèi)、外囊胚mRNA的表達(dá)模式20圖2-4Invivo和IVF組間DEG的KEGG富集散點(diǎn)圖Fig.2-4KEGGenrichmentplotofDEGofInvivoandIVF注:縱軸代表通路名稱,橫軸代表富集因子(RichRatio),點(diǎn)的顏色和大小分別代表富集在某通路的富集顯著性和差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)2.4.6.2牛體內(nèi)生產(chǎn)囊胚、玻璃化冷凍卵母細(xì)胞IVF囊胚差異表達(dá)基因的KEGG富集圖如圖2-5所示,體內(nèi)生產(chǎn)囊胚、玻璃化冷凍卵母細(xì)胞IVF囊胚的差異表達(dá)基因的KEGG富集散點(diǎn)圖富集通路是核糖體、溶酶體。圖2-5Invivo和V-IVF組間DEGS的KEGG富集散點(diǎn)圖Fig.2-5KEGGenrichmentplotofDEGsofInvivoandV-IVF注:縱軸代表通路名稱,橫軸代表富集因子(RichRatio),點(diǎn)的顏色和大小分別代表富集在某通路的富集顯著性和差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)
中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第二章牛體內(nèi)、外囊胚mRNA的表達(dá)模式20圖2-4Invivo和IVF組間DEG的KEGG富集散點(diǎn)圖Fig.2-4KEGGenrichmentplotofDEGofInvivoandIVF注:縱軸代表通路名稱,橫軸代表富集因子(RichRatio),點(diǎn)的顏色和大小分別代表富集在某通路的富集顯著性和差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)2.4.6.2牛體內(nèi)生產(chǎn)囊胚、玻璃化冷凍卵母細(xì)胞IVF囊胚差異表達(dá)基因的KEGG富集圖如圖2-5所示,體內(nèi)生產(chǎn)囊胚、玻璃化冷凍卵母細(xì)胞IVF囊胚的差異表達(dá)基因的KEGG富集散點(diǎn)圖富集通路是核糖體、溶酶體。圖2-5Invivo和V-IVF組間DEGS的KEGG富集散點(diǎn)圖Fig.2-5KEGGenrichmentplotofDEGsofInvivoandV-IVF注:縱軸代表通路名稱,橫軸代表富集因子(RichRatio),點(diǎn)的顏色和大小分別代表富集在某通路的富集顯著性和差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Single-Cell Sequencing Technologies: Current and Future[J]. Jialong Liang,Wanshi Cai,Zhongsheng Sun. Journal of Genetics and Genomics. 2014(10)
[2]牛體外胚胎生產(chǎn)技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 侯銀仙. 畜牧獸醫(yī)科技信息. 2013(09)
[3]環(huán)氧合酶-1和環(huán)氧合酶-2在兔早期妊娠子宮內(nèi)膜及早期胚胎中的表達(dá)[J]. 滕春波,徐立濱,李世杰,楊增明. 中國獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2003(05)
碩士論文
[1]牛體內(nèi)、外囊胚全基因組甲基化測序及分析[D]. 趙亞涵.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2019
本文編號:3615114
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁數(shù)】:74 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
Invivo、IVF、V-IVF組與組之間共有的差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)Fig.2-1NumberofdifferentiallyexpressedgenessharedbetweengroupsofInvivo、IVFV-IVFgroupDMRcluster
中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第二章牛體內(nèi)、外囊胚mRNA的表達(dá)模式20圖2-4Invivo和IVF組間DEG的KEGG富集散點(diǎn)圖Fig.2-4KEGGenrichmentplotofDEGofInvivoandIVF注:縱軸代表通路名稱,橫軸代表富集因子(RichRatio),點(diǎn)的顏色和大小分別代表富集在某通路的富集顯著性和差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)2.4.6.2牛體內(nèi)生產(chǎn)囊胚、玻璃化冷凍卵母細(xì)胞IVF囊胚差異表達(dá)基因的KEGG富集圖如圖2-5所示,體內(nèi)生產(chǎn)囊胚、玻璃化冷凍卵母細(xì)胞IVF囊胚的差異表達(dá)基因的KEGG富集散點(diǎn)圖富集通路是核糖體、溶酶體。圖2-5Invivo和V-IVF組間DEGS的KEGG富集散點(diǎn)圖Fig.2-5KEGGenrichmentplotofDEGsofInvivoandV-IVF注:縱軸代表通路名稱,橫軸代表富集因子(RichRatio),點(diǎn)的顏色和大小分別代表富集在某通路的富集顯著性和差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)
中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第二章牛體內(nèi)、外囊胚mRNA的表達(dá)模式20圖2-4Invivo和IVF組間DEG的KEGG富集散點(diǎn)圖Fig.2-4KEGGenrichmentplotofDEGofInvivoandIVF注:縱軸代表通路名稱,橫軸代表富集因子(RichRatio),點(diǎn)的顏色和大小分別代表富集在某通路的富集顯著性和差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)2.4.6.2牛體內(nèi)生產(chǎn)囊胚、玻璃化冷凍卵母細(xì)胞IVF囊胚差異表達(dá)基因的KEGG富集圖如圖2-5所示,體內(nèi)生產(chǎn)囊胚、玻璃化冷凍卵母細(xì)胞IVF囊胚的差異表達(dá)基因的KEGG富集散點(diǎn)圖富集通路是核糖體、溶酶體。圖2-5Invivo和V-IVF組間DEGS的KEGG富集散點(diǎn)圖Fig.2-5KEGGenrichmentplotofDEGsofInvivoandV-IVF注:縱軸代表通路名稱,橫軸代表富集因子(RichRatio),點(diǎn)的顏色和大小分別代表富集在某通路的富集顯著性和差異表達(dá)基因個(gè)數(shù)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Single-Cell Sequencing Technologies: Current and Future[J]. Jialong Liang,Wanshi Cai,Zhongsheng Sun. Journal of Genetics and Genomics. 2014(10)
[2]牛體外胚胎生產(chǎn)技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 侯銀仙. 畜牧獸醫(yī)科技信息. 2013(09)
[3]環(huán)氧合酶-1和環(huán)氧合酶-2在兔早期妊娠子宮內(nèi)膜及早期胚胎中的表達(dá)[J]. 滕春波,徐立濱,李世杰,楊增明. 中國獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2003(05)
碩士論文
[1]牛體內(nèi)、外囊胚全基因組甲基化測序及分析[D]. 趙亞涵.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2019
本文編號:3615114
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